এটি হল gt-cds কমান্ড যা আমাদের একাধিক বিনামূল্যের অনলাইন ওয়ার্কস্টেশন যেমন উবুন্টু অনলাইন, ফেডোরা অনলাইন, উইন্ডোজ অনলাইন এমুলেটর বা MAC OS অনলাইন এমুলেটর ব্যবহার করে OnWorks ফ্রি হোস্টিং প্রদানকারীতে চালানো যেতে পারে।
কার্যক্রম:
NAME এর
gt-cds - GFF3 ফাইলে প্রদত্ত এক্সন বৈশিষ্ট্যগুলিতে CDS (কোডিং সিকোয়েন্স) বৈশিষ্ট্য যুক্ত করুন।
সাইনোপিসিস
gt সিডি [বিকল্প...] [GFF3_file]
বর্ণনাঃ
- মাইনরফ্লেন [মূল্য]
ন্যূনতম দৈর্ঘ্য সেট করুন একটি ওপেন রিডিং ফ্রেম (ORF) অবশ্যই CDS হিসাবে যোগ করতে হবে
বৈশিষ্ট্য (অ্যামিনো অ্যাসিডে পরিমাপ করা) (ডিফল্ট: 64)
-স্টার্টকোডন [হ্যাঁ|না]
প্রয়োজনের চেয়ে একটি ORF একটি স্টার্ট কোডন দিয়ে শুরু করতে হবে (ডিফল্ট: না)
-ফাইনালস্টপকোডন [হ্যাঁ|না]
চূড়ান্ত ORF একটি স্টপ কোডন দিয়ে শেষ হওয়া আবশ্যক (ডিফল্ট: না)
- seqfile [ফাইলের নাম]
সিকোয়েন্স ফাইল সেট করুন যেখান থেকে সিকোয়েন্স নিতে হবে (ডিফল্ট: অনির্ধারিত)
-encseq [ফাইলের নাম]
এনকোডেড সিকোয়েন্স ইনডেক্সনাম সেট করুন যেখান থেকে সিকোয়েন্স নিতে হবে (ডিফল্ট:
অনির্ধারিত)
- seqfiles
সিকোয়েন্স ফাইল সেট করুন যেখান থেকে ফিচার ব্যবহার করে বের করতে হবে -- তালিকাটি শেষ করতে
অনুক্রম ফাইলের
- ম্যাচডেস্ক [হ্যাঁ|না]
পছন্দসই সিকোয়েন্স আইডিগুলির জন্য ইনপুট ফাইলগুলি থেকে অনুক্রমের বিবরণ অনুসন্ধান করুন (ইন
GFF3), প্রথম ম্যাচ রিপোর্ট করা (ডিফল্ট: না)
-ম্যাচডেস্কস্টার্ট [হ্যাঁ|না]
পছন্দসই অনুক্রমের জন্য ইনপুট ফাইল থেকে অনুক্রমের বর্ণনার সাথে হুবহু মিলে যায়
আইডি (GFF3 এ) শুরু থেকে প্রথম হোয়াইটস্পেস পর্যন্ত (ডিফল্ট: না)
- usedesc [হ্যাঁ|না]
সিকোয়েন্স আইডি ম্যাপ করার জন্য সিকোয়েন্স বর্ণনা ব্যবহার করুন (GFF3-এ) আসল সিকোয়েন্সে
এন্ট্রি যদি একটি বিবরণে একটি ক্রম পরিসীমা থাকে (যেমন, III:1000001..2000000),
প্রথম অংশ সিকোয়েন্স আইডি হিসাবে ব্যবহার করা হয় (তৃতীয়) এবং অফসেট হিসাবে প্রথম পরিসরের অবস্থান
(1000001) (ডিফল্ট: না)
- অঞ্চল ম্যাপিং [স্ট্রিং]
সিকোয়েন্স-অঞ্চল সমন্বিত ফাইলকে সিকোয়েন্স ফাইল ম্যাপিং-এ সেট করুন (ডিফল্ট: অনির্ধারিত)
-v [হ্যাঁ|না]
শব্দযুক্ত হতে (ডিফল্ট: না)
-o [ফাইলের নাম]
নির্দিষ্ট ফাইলে আউটপুট পুনঃনির্দেশিত (ডিফল্ট: অনির্ধারিত)
-জিজিপ [হ্যাঁ|না]
gzip সংকুচিত আউটপুট ফাইল লিখুন (ডিফল্ট: না)
-bzip2 [হ্যাঁ|না]
bzip2 সংকুচিত আউটপুট ফাইল লিখুন (ডিফল্ট: না)
- বল [হ্যাঁ|না]
আউটপুট ফাইলে জোর করে লেখা (ডিফল্ট: না)
-হেল্প
সাহায্য প্রদর্শন এবং প্রস্থান
-version
সংস্করণ তথ্য প্রদর্শন করুন এবং প্রস্থান করুন
বিকল্পের জন্য ফাইল বিন্যাস - অঞ্চল ম্যাপিং:
অপশনে সরবরাহ করা ফাইল -regionmapping একটি "ম্যাপিং" সংজ্ঞায়িত করে। একটি ম্যাপিং মানচিত্র
অনুক্রম-অঞ্চল এন্ট্রি দেওয়া GFF3_file একটি ক্রম ফাইল ধারণকারী
অনুরূপ ক্রম। ম্যাপিংগুলি নিম্নলিখিত দুটি ফর্মগুলির মধ্যে একটিতে সংজ্ঞায়িত করা যেতে পারে:
ম্যাপিং = {
chr1 = "hs_ref_chr1.fa.gz",
chr2 = "hs_ref_chr2.fa.gz"
}
or
ফাংশন ম্যাপিং (ক্রম_অঞ্চল)
ফিরুন "hs_ref_"..sequence_region..".fa.gz"
শেষ
প্রথম ফর্ম একটি Lua সংজ্ঞায়িত করে (http://www.lua.org) "ম্যাপিং" নামের টেবিল যা প্রতিটি মানচিত্র
অনুরূপ ক্রম ফাইলের অনুক্রম অঞ্চল। দ্বিতীয়টি একটি Lua ফাংশন সংজ্ঞায়িত করে
"ম্যাপিং", যা ক্রম ফাইলের নামটি ফেরত দিতে হবে যখন এটি দিয়ে কল করা হয়
আর্গুমেন্ট হিসাবে sequence_region।
প্রতিবেদনের বাগ
বাগ রিপোর্ট করুন[ইমেল সুরক্ষিত]>.
onworks.net পরিষেবা ব্যবহার করে অনলাইনে gt-cds ব্যবহার করুন
