এটি হল নরক কমান্ড যা আমাদের একাধিক বিনামূল্যের অনলাইন ওয়ার্কস্টেশন যেমন উবুন্টু অনলাইন, ফেডোরা অনলাইন, উইন্ডোজ অনলাইন এমুলেটর বা MAC OS অনলাইন এমুলেটর ব্যবহার করে OnWorks ফ্রি হোস্টিং প্রদানকারীতে চালানো যেতে পারে।
কার্যক্রম:
NAME এর
ইনফারনাল - আরএনএ সিকোয়েন্স এবং সেকেন্ডারি স্ট্রাকচারের প্রোফাইল ব্যবহার করে সিকোয়েন্স বিশ্লেষণ
ঐক্য
সাইনোপিসিস
cmalign
একটি কোভেরিয়েন্স মডেলে ক্রম সারিবদ্ধ করুন
cmbuild
কাঠামোগতভাবে টীকাযুক্ত RNA মাল্টিপল সিকোয়েন্স থেকে কোভেরিয়েন্স মডেল(গুলি) তৈরি করুন
প্রান্তিককরণ(গুলি)
সেমি ক্যালিব্রেট
কোভেরিয়েন্স মডেল ই-মান নির্ধারণের জন্য সূচকীয় টেল ফিট করুন
cm রূপান্তর
ইনফারনাল কোভেরিয়েন্স মডেল ফাইলগুলিকে রূপান্তর করুন
cmemit
একটি কোভেরিয়েন্স মডেল থেকে নমুনা ক্রম
cmfetch
একটি ফাইল থেকে কোভেরিয়েন্স মডেল(গুলি) পুনরুদ্ধার করুন
cmpress
cmscan এর জন্য একটি কোভেরিয়েন্স মডেল ডাটাবেস প্রস্তুত করুন
cmscan
একটি কোভেরিয়েন্স মডেল ডাটাবেসের বিরুদ্ধে ক্রম(গুলি) অনুসন্ধান করুন৷
cm অনুসন্ধান
একটি সিকোয়েন্স ডাটাবেসের বিপরীতে কোভেরিয়েন্স মডেল(গুলি) অনুসন্ধান করুন
cmstat
একটি কোভেরিয়েন্স মডেল ফাইলের সারাংশ পরিসংখ্যান
বর্ণনাঃ
ইনফার্নাল হল স্ট্রাকচারাল RNA সিকোয়েন্স অ্যালাইনমেন্ট এবং ডাটাবেসের জন্য বিভিন্ন প্রোগ্রামের একটি স্যুট
হোমোলজি অনুসন্ধান। এটি সম্ভাব্য মডেল ব্যবহার করে যার নাম "কোভেরিয়েন্স মডেল" (CMs)
এর একাধিক প্রান্তিককরণ (বা একক ক্রম) এর সম্ভাব্য বিবর্তনীয় হোমোলগগুলিকে উপস্থাপন করে
একটি কাঠামোগত আরএনএ সিকোয়েন্স পরিবার।
RNA পরিবার এবং সংশ্লিষ্ট CM এর Rfam ডাটাবেস সহ
(http://rfam.sanger.ac.uk), ইনফারনাল পরিচিত স্ট্রাকচারালের হোমোলগ টীকা করতে ব্যবহার করা যেতে পারে
জিনোমে RNA পরিবার।
ইনফারনাল ক্রম পারিবারিক বিশ্লেষণের জন্য HMMER সফ্টওয়্যার স্যুটের সাথে ঘনিষ্ঠভাবে সম্পর্কিত
প্রোফাইল HMMs (http://hmmer.org), কিন্তু কাঠামোগত RNA ক্রম এর জন্য বিশেষভাবে ডিজাইন করা হয়েছে
পরিবারগুলি একটি পরিবারের সংরক্ষিত ক্রম মডেল করার পাশাপাশি প্রোফাইল HMMগুলি যেমন করে,
সিএমরা পরিবারের সংরক্ষিত, ভাল-নেস্টেড (নন-সিউডকনোটেড) সেকেন্ডারি কাঠামোর মডেল হিসাবে
আমরা হব. ফলস্বরূপ, সিএম অনুসন্ধান এবং প্রান্তিককরণ পদ্ধতিগুলি তুলনামূলকভাবে গণনামূলক
ব্যয়বহুল ইনফারনাল ফিল্টার হিসাবে প্রোফাইল HMM ব্যবহার করে এবং সীমাবদ্ধতা তৈরি করার জন্য
সিএম পদ্ধতি আরো ব্যবহারিক.
ইনফারনাল তিনটি প্রধান মোডে ব্যবহৃত হয়: একটি নতুন হোমোলগগুলির জন্য একটি সিকোয়েন্স ডাটাবেস অনুসন্ধান করতে
আরএনএ পরিবার (অথবা একটি জিনোমে হোমোলজ টীকা); একটি CM ডাটাবেস অনুসন্ধান করতে (যেমন Rfam) খুঁজে পেতে
প্রশ্ন ক্রম কোন পরিচিত পরিবারের অন্তর্গত; এবং স্বয়ংক্রিয়ভাবে বড় নির্মাণ
একটি CM ব্যবহার করে একাধিক প্রান্তিককরণ (যেমন কার্যকরভাবে সীমাহীন সংখ্যক সিকোয়েন্স সহ)
একটি সিকোয়েন্স পরিবারের প্রতিনিধি।
ধরুন আপনার কাছে একটি আরএনএ সিকোয়েন্সের কাঠামোগতভাবে টীকাযুক্ত একাধিক সিকোয়েন্স অ্যালাইনমেন্ট আছে
আগ্রহের পরিবার, এবং আপনি অতিরিক্ত হোমোলগগুলির জন্য একটি ক্রম ডাটাবেস অনুসন্ধান করতে চান।
সার্জারির cmbuild প্রোগ্রাম একাধিক প্রান্তিককরণ(গুলি) থেকে সহভক্তি মডেল(গুলি) তৈরি করে এবং সেমি ক্যালিব্রেট
ডাটাবেসের পরিসংখ্যানগত তাৎপর্য অনুমান করার জন্য গুরুত্বপূর্ণ পরামিতি নির্ধারণ করে
পরবর্তী অনুসন্ধানে মডেল হিট.
সার্জারির cm অনুসন্ধান প্রোগ্রাম একটি সিকোয়েন্স ডাটাবেসের বিরুদ্ধে সিএম(গুলি) অনুসন্ধান করে।
ধরুন আপনার ক্রম(গুলি) আছে যা আপনি একটি ইনফার্নাল-ভিত্তিক সিএম ডাটাবেস ব্যবহার করে বিশ্লেষণ করতে চান
যেমন Rfam (http://rfam.sanger.ac.uk)। দ্য cmpress প্রোগ্রাম একটি সহভারি মডেল ফরম্যাট করে
(যেমন ফাইলটি আপনি Rfam থেকে ডাউনলোড করবেন) একটি ইনফার্নাল বাইনারি ডাটাবেসে। দ্য
cmscan প্রোগ্রাম সেই ডাটাবেসের বিরুদ্ধে ক্রম(গুলি) অনুসন্ধান করে।
ধরুন আপনি অনেকগুলো সিকোয়েন্স সারিবদ্ধ করতে চান। আপনি একটি পরিচালনাযোগ্যভাবে ছোট নির্মাণ করতে পারেন
সিকোয়েন্সের একটি প্রতিনিধি সেটের কাঠামোগত প্রান্তিককরণ, এর সাথে একটি CM তৈরি করুন সেমিবিল্ড, এবং
ব্যবহার cmalign যে সিএম-এর সাথে যেকোন সংখ্যক সিকোয়েন্স সারিবদ্ধ করার জন্য প্রোগ্রাম।
বৃহৎ সিএম ডাটাবেসের সাথে কাজ করার জন্য ইনফার্নাল কিছু সহায়ক সরঞ্জামও অন্তর্ভুক্ত করে। cmfetch
একটি ডাটাবেস থেকে এক বা একাধিক সিএম নিয়ে আসে। cmstat একটি CM সম্পর্কে সারাংশ পরিসংখ্যান মুদ্রণ
ফাইল.
ইনফার্নালের পূর্ববর্তী সংস্করণের সাথে সামঞ্জস্যের জন্য, সেইসাথে HMMER-এর সাথে cm রূপান্তর
প্রোগ্রামটি CM ফাইলগুলিকে কয়েকটি অন্যান্য বিন্যাসে রূপান্তর করে।
সার্জারির cmemit প্রোগ্রাম একটি সিএম থেকে নমুনা দ্বারা "সমজাতীয়" ক্রম তৈরি করে (সিমুলেট করে)। এটা
এছাড়াও একটি "ঐকমত্য" ক্রম তৈরি করতে পারে।
প্রতিটি প্রোগ্রামের নিজস্ব ম্যান পেজ আছে।
onworks.net পরিষেবা ব্যবহার করে নারকীয় অনলাইন ব্যবহার করুন
