libscane - ক্লাউডে অনলাইন

কার্যক্রম:

NAME এর

libscan - প্রোটিন পরিবারের জন্য ডায়াগনস্টিক অনুসন্ধান।

সাইনোপিসিস

libscan -মোড তালিকা - গ্রিব বুলিয়ান -হেনিক বুলিয়ান -হুম বুলিয়ান -স্যাম বুলিয়ান -pssm বুলিয়ান
-সিগ বুলিয়ান -হুমপথ স্ট্রিং -hmmextn স্ট্রিং -হুমউটপথ স্ট্রিং -hmmoutextn স্ট্রিং
-সম্পাথ স্ট্রিং -একই রকম স্ট্রিং -সমউটপাথ স্ট্রিং -samoutextn স্ট্রিং
- pssmpath স্ট্রিং -pssmextn স্ট্রিং - নাইটার পূর্ণসংখ্যা - মাড়াই ভাসা -ম্যাক্সিট পূর্ণসংখ্যা
-pssmoutpath স্ট্রিং -pssmouttextn স্ট্রিং -জিবিভিপথ স্ট্রিং -gbvextn স্ট্রিং
-জিবিভিগাপো ভাসা -gbvgape ভাসা -gbvoutpath স্ট্রিং -gbvouttextn স্ট্রিং
-hnfpath স্ট্রিং -hnfextn স্ট্রিং -hnfgapo ভাসা -hnfgape ভাসা -hnfoutpath স্ট্রিং
-hnfouttextn স্ট্রিং -সিগপথ স্ট্রিং -sigextn স্ট্রিং -মেয়াদী তালিকা -উপ matrixf
-সিগগাপো ভাসা -সিগগেপ ভাসা -sigoutpath স্ট্রিং -sigouttextn স্ট্রিং -ডিবি seqset
-scopf ইনফাইল

libscan -হেল্প

বর্ণনাঃ

libscan এটি EMBOSS এর একটি কমান্ড লাইন প্রোগ্রাম ("ইউরোপীয় আণবিক জীববিজ্ঞান ওপেন
সফটওয়্যার স্যুট"). এটি "প্রোটিন: 3D কাঠামো" কমান্ড গ্রুপ(গুলি) এর অংশ।

বিকল্প

-মোড তালিকা
libscan দুটি মোডের একটিতে চলে (i) ডাটাবেস অনুসন্ধান মোড বা (ii) লাইব্রেরি
স্ক্রীন মোডে. ডাটাবেস অনুসন্ধান মোডে libscan প্রতিটি এক বা একাধিক ডিরেক্টরি পড়ে
একক ধরনের বৈষম্যমূলক উপাদান ধারণ করে, অনুমোদিত প্রকারগুলি বিরল
সিকোয়েন্স সিগনেচার, গ্রিবসকভ প্রোফাইল, হেনিকফ প্রোফাইল বা লুকানো মার্কভ মডেল। ভিতরে
লাইব্রেরি স্ক্রিন মোড, লিবস্ক্যান একটি সিকোয়েন্স সেট রিড করে, প্রতিটি সিকোয়েন্সের বিপরীতে স্ক্রিন করে
লাইব্রেরি (বৈষম্যমূলক উপাদানের ডিরেক্টরি) এবং একটি লাইব্রেরি স্ক্যান ফাইল (এর
সর্বোচ্চ স্কোরিং পরিবার) প্রত্যেকের জন্য। ডিফল্ট মান: 2

- গ্রিব বুলিয়ান
ডিফল্ট মান: N

-হেনিক বুলিয়ান
ডিফল্ট মান: N

-হুম বুলিয়ান
ডিফল্ট মান: N

-স্যাম বুলিয়ান
ডিফল্ট মান: N

-pssm বুলিয়ান
ডিফল্ট মান: Y

-সিগ বুলিয়ান
ডিফল্ট মান: N

-হুমপথ স্ট্রিং
ডিফল্ট মান: ./lib/

-hmmextn স্ট্রিং
ডিফল্ট মান: .hmm

-হুমউটপথ স্ট্রিং
ডিফল্ট মান: ./

-hmmoutextn স্ট্রিং
ডিফল্ট মান: .hmmout

-সম্পাথ স্ট্রিং
ডিফল্ট মান: ./

-একই রকম স্ট্রিং
ডিফল্ট মান: .mod

-সমউটপাথ স্ট্রিং
ডিফল্ট মান: ./

-samoutextn স্ট্রিং
ডিফল্ট মান: .samout

- pssmpath স্ট্রিং
ডিফল্ট মান: /data/structure/lib/pssm/

-pssmextn স্ট্রিং
ডিফল্ট মান: .chk

- নাইটার পূর্ণসংখ্যা
ডিফল্ট মান: 1

- মাড়াই ভাসা
ডিফল্ট মান: 100

-ম্যাক্সিট পূর্ণসংখ্যা
ডিফল্ট মান: 1000

-pssmoutpath স্ট্রিং
ডিফল্ট মান: ./

-pssmouttextn স্ট্রিং
ডিফল্ট মান: .pssmout

-জিবিভিপথ স্ট্রিং
ডিফল্ট মান: ./

-gbvextn স্ট্রিং
ডিফল্ট মান: .grib

-জিবিভিগাপো ভাসা
ডিফল্ট মান: 10.0

-gbvgape ভাসা
ডিফল্ট মান: 0.5

-gbvoutpath স্ট্রিং
ডিফল্ট মান: ./

-gbvouttextn স্ট্রিং
ডিফল্ট মান: .gribout

-hnfpath স্ট্রিং
ডিফল্ট মান: ./

-hnfextn স্ট্রিং
ডিফল্ট মান: .henik

-hnfgapo ভাসা
ডিফল্ট মান: 10.0

-hnfgape ভাসা
ডিফল্ট মান: 0.5

-hnfoutpath স্ট্রিং
ডিফল্ট মান: ./

-hnfouttextn স্ট্রিং
ডিফল্ট মান: .henikout

-সিগপথ স্ট্রিং
ডিফল্ট মান: ./

-sigextn স্ট্রিং
ডিফল্ট মান: .sig

-মেয়াদী তালিকা
ডিফল্ট মান: 1

-উপ matrixf
ডিফল্ট মান: EBLOSUM62

-সিগগাপো ভাসা
ডিফল্ট মান: 10.0

-সিগগেপ ভাসা
ডিফল্ট মান: 0.5

-sigoutpath স্ট্রিং
ডিফল্ট মান: ./

-sigouttextn স্ট্রিং
ডিফল্ট মান: .sigout

-ডিবি seqset
ডাটাবেস অনুসন্ধান মোডে লিবস্ক্যান প্রতিটি বৈষম্যমূলক উপাদানকে একটি অনুক্রমের বিরুদ্ধে স্ক্যান করে
সেট লাইব্রেরি স্ক্রীন মোডে, libscan একটি সিকোয়েন্স সেট পড়ে এবং প্রতিটি সিকোয়েন্স স্ক্রিন করে
লাইব্রেরির বিরুদ্ধে (বিভেদকারী উপাদানের ডিরেক্টরি) ডিফল্ট মান: 49142.vdhf

-scopf ইনফাইল
উভয় মোডে, পরিবারের উৎস হিসেবে একটি 'scop শ্রেণীবিভাগ ফাইল' প্রয়োজন
শ্রেণীবিভাগ তথ্য। একটি স্কপ শ্রেণীবিভাগ ফাইলে শ্রেণীবিভাগ এবং অন্যান্য তথ্য রয়েছে
scop ডাটাবেস থেকে ডোমেনের জন্য। ফাইলটি embl-এর মতো বিন্যাসে এবং তৈরি হয়
scopparse দ্বারা ডোমেন সিকোয়েন্স তথ্য scopseqs ব্যবহার করে ফাইলে যোগ করা যেতে পারে।
ডিফল্ট মান: /data/structure/dcf/scop_raw.dcf

onworks.net পরিষেবা ব্যবহার করে অনলাইনে libscane ব্যবহার করুন