এটি হল কমান্ড মিনিয়াজম যা আমাদের একাধিক বিনামূল্যের অনলাইন ওয়ার্কস্টেশন যেমন উবুন্টু অনলাইন, ফেডোরা অনলাইন, উইন্ডোজ অনলাইন এমুলেটর বা MAC OS অনলাইন এমুলেটর ব্যবহার করে OnWorks ফ্রি হোস্টিং প্রদানকারীতে চালানো যেতে পারে।
কার্যক্রম:
NAME এর
miniasm - দীর্ঘ পঠিত সিকোয়েন্সের জন্য ডি নভো অ্যাসেম্বলার
সাইনোপিসিস
ক্ষুদ্রতা [-b12V] [-m minMatch] [-i minIden] [-s minSpan] [-c minCov] [-o minOvlp] [-h
ম্যাক্সহ্যাং] [-I intThres] [-g maxGapDiff] [-d maxBubDist] [-e minUtgSize] [-f ফাইল পড়া] [-n
n রাউন্ড] [-r ড্রপ রেশিও] [-F চূড়ান্ত ড্রপ অনুপাত] [-p আউটপুট তথ্য] mapping.paf > output.gfa
বর্ণনাঃ
Minias হল একটি খুব দ্রুত ওএলসি-ভিত্তিক ডি নভো অ্যাসেম্বলার যা শোরগোল দীর্ঘ পড়ার জন্য। এটা সব-বনাম- লাগে
সবাই ইনপুট হিসাবে PAF ফর্ম্যাটে স্ব-ম্যাপিং পড়ে এবং GFA-তে একটি সমাবেশ গ্রাফ আউটপুট করে
বিন্যাস মূলধারার সমাবেশকারীদের থেকে ভিন্ন, ক্ষুদ্রবাদের কোনো ঐক্যমত্য পদক্ষেপ নেই। এটা
চূড়ান্ত ইউনিটিগ সিকোয়েন্স তৈরি করতে পঠিত সিকোয়েন্সের টুকরোগুলোকে সহজভাবে সংযুক্ত করে। এইভাবে
প্রতি-বেস ত্রুটির হার কাঁচা ইনপুট পড়ার অনুরূপ।
বিকল্প
পূর্বনির্বাচন অপশন
-m INT এর থেকে কম থাকা ড্রপ ম্যাপিং INT মিল ঘাঁটি (PAF মধ্যে col10) [100]. এই
বিকল্প হিসাবে একই ভূমিকা আছে -L minimap এর
-s INT এর চেয়ে ছোট ম্যাপিং ড্রপ করুন INT-বিপি [1000]। এই বিকল্পটি দ্বিতীয়টিকেও প্রভাবিত করে
রিড ফিল্টারিং এবং ন্যূনতম ওভারল্যাপ দৈর্ঘ্যের রাউন্ড।
-i ভাসা রিড ফিল্টারিংয়ের সময়, নীচের col10/col11 সহ ম্যাপিংগুলিকে উপেক্ষা করুন৷ ভাসা [0.05]।
উপেক্ষিত ম্যাপিং এখনও পঠিত ওভারল্যাপের জন্য ব্যবহার করা হয়।
-c INT অন্যান্য পাঠ দ্বারা ন্যূনতম কভারেজ [3]। ফিল্টারিং প্রথম রাউন্ডে, miniasm
দ্বারা আচ্ছাদিত দীর্ঘতম অঞ্চল খুঁজে পায় INT বা আরো পড়া। দ্বিতীয় রাউন্ডে, এটি
উপরন্তু প্রতিটি অবশিষ্ট বেস দ্বারা আবৃত করা প্রয়োজন INT বেস অন্তত
minSpan/2 অন্যান্য পাঠের প্রান্ত থেকে।
অধিক্রমণ অপশন
-o INT ন্যূনতম ওভারল্যাপ দৈর্ঘ্য [একই হিসাবে minSpan]
-h INT সর্বোচ্চ ওভারহ্যাং দৈর্ঘ্য [1000]। একটি ওভারহ্যাং একটি আনম্যাপ করা অঞ্চল যা হওয়া উচিত৷
একটি সত্য ওভারল্যাপ বা সত্য কন্টেনমেন্ট দেওয়া ম্যাপ করা হয়েছে। যদি ওভারহ্যাং খুব দীর্ঘ হয়,
ম্যাপিং একটি অভ্যন্তরীণ মিল হিসাবে বিবেচিত এবং উপেক্ষা করা হবে।
-I ভাসা একটি ম্যাপিংয়ের জন্য ম্যাপিং দৈর্ঘ্যের সাথে ম্যাপিং+অভারহ্যাং দৈর্ঘ্যের ন্যূনতম অনুপাত
একটি নিয়ন্ত্রণ বা একটি ওভারল্যাপ হিসাবে বিবেচনা করা হয় [0.8]। এই বিকল্প একটি অনুরূপ ভূমিকা আছে
-h, ব্যতীত এটি অনুপাত নিয়ন্ত্রণ করে, দৈর্ঘ্য নয়।
চিত্রলেখ বিন্যাস অপশন
-g INT একটি ম্যাপিং [1000] এ দুটি পাঠের মধ্যে সর্বাধিক ব্যবধানের পার্থক্য। এই পরামিতি হল
শুধুমাত্র ট্রানজিটিভ হ্রাসের জন্য ব্যবহৃত হয়।
-d INT বুদবুদ পপিংয়ের জন্য সর্বাধিক অনুসন্ধানের দূরত্ব [50000]। থেকে দীর্ঘ বুদবুদ INT
পপ করা হবে না
-e INT একটি ইউনিটিগ ছোট হিসাবে বিবেচিত হয় যদি এটি এর থেকে কম গঠিত হয় INT পড়ে [৪]।
Minias বিভিন্ন ধাপে ছোট unitigs অপসারণ করার চেষ্টা করতে পারে.
-f ফাইল ইউনিটিগ সিকোয়েন্স তৈরির জন্য FASTA বা FASTQ ফর্ম্যাটে সিকোয়েন্স ফাইল পড়ুন
[খালি]. যদি এই বিকল্পটি অনুপস্থিত থাকে, miniasm একটি GFA আউটপুট ছাড়াই তৈরি করে
ক্রম।
-r ফ্লোট১, [ফ্লোট২]
সর্বাধিক এবং সর্বনিম্ন ওভারল্যাপ ড্রপ অনুপাত [0.7,0.5]। ওভারল্যাপ(v->w) ওভারল্যাপ হতে দিন
প্রান্তের দৈর্ঘ্য v->w এবং maxovlp(v)=max_w{overlap(v->w)} সবচেয়ে বড়টির দৈর্ঘ্য হবে
ওভারল্যাপ Minias drops overlap v->w যদি ওভারল্যাপ(v->w)/maxovlp(v) a এর নিচে হয়
থ্রেশহোল্ড এই বিকল্প দ্বারা নিয়ন্ত্রিত. Minias প্রযোজ্য n রাউন্ড সংক্ষিপ্ত বৃত্তাকার
মধ্যে একটি ক্রমবর্ধমান থ্রেশহোল্ড সঙ্গে ওভারল্যাপ অপসারণ FLOAT1 এবং FLOAT2.
-n INT সংক্ষিপ্ত ওভারল্যাপ অপসারণের রাউন্ড [3]।
-F ভাসা সংক্ষিপ্ত ইউনিটিগ অপসারণের পরে ওভারল্যাপ ড্রপ অনুপাত থ্রেশহোল্ড [0.8]
বিবিধ অপশন
-b ইঙ্গিত করুন যে ইনপুটে, একই ম্যাপিং দুইবার দেওয়া হতে পারে
-1 প্রি-অ্যাসেম্বলি রিড সিলেকশনের প্রথম রাউন্ড এড়িয়ে যান
-2 প্রি-অ্যাসেম্বলি রিড সিলেকশনের দ্বিতীয় রাউন্ড এড়িয়ে যান
-p STR আউটপুট তথ্য এবং বিন্যাস [ug]। সম্ভব STR মান অন্তর্ভুক্ত - বিছানা: পোস্ট-
বিড ফরম্যাটে ফিল্টার করা রিড অঞ্চল; Paf: পোস্ট-ফিল্টার করা মধ্যে ম্যাপিং
সার্চ; sg: GFA বিন্যাসে ওভারল্যাপ গ্রাফ পড়ুন; ug: GFA এ ইউনিটিগ গ্রাফ
বিন্যাস।
-V stdout সংস্করণ নম্বর প্রিন্ট করুন
ইনপুট বিন্যাসে
Minias প্যায়ারওয়াইজ ম্যাপিং ফরম্যাটে (PAF) ম্যাপিং পজিশন পড়ে, যা একটি TAB-
প্রতিটি লাইনের সাথে সীমাবদ্ধ পাঠ্য বিন্যাস যাতে বর্ণনা করা হয়েছে কমপক্ষে 12টি ক্ষেত্র থাকে
নিম্নলিখিত টেবিল:
┌────┬────────┬─────────────────────────────────── ─────────────────────────────┐
│পর্বতমালার টোল │ আদর্শ │ বিবরণ │
├────┼────────┼─────────────────────────────────── ──────────────────────────
│ 1 │ স্ট্রিং │ কোয়েরি সিকোয়েন্স নাম │
│ 2 │ int │ কোয়েরি ক্রম দৈর্ঘ্য │
│ 3 │ int │ কোয়েরি স্টার্ট কোঅর্ডিনেট (0-ভিত্তিক) │
│ 4 │ int │ কোয়েরি শেষ স্থানাঙ্ক (0-ভিত্তিক) │
│ 5 │ char │ `+' যদি একই স্ট্র্যান্ডে প্রশ্ন এবং লক্ষ্য থাকে; `-' যদি বিপরীত হয় │
│ 6 │ স্ট্রিং │ লক্ষ্য ক্রম নাম │
│ 7 │ int │ লক্ষ্য ক্রম দৈর্ঘ্য │
│ 8 │ int │ মূল স্ট্র্যান্ডে লক্ষ্য শুরু স্থানাঙ্ক │
│ 9 │ int │ মূল স্ট্র্যান্ডের লক্ষ্য শেষ স্থানাঙ্ক │
│ 10 │ int │ ম্যাপিং-এ মিলিত ঘাঁটির সংখ্যা │
│ 11 │ int │ নম্বর বেস, ফাঁক সহ, ম্যাপিং │
│ 12 │ int │ ম্যাপিং গুণমান (অনুপস্থিত জন্য 0 এর সাথে 255-255) │
└────┴────────┴─────────────────────────────────── ──────────────────────────
দয়া করে দেখুন মিনিম্যাপ(1) প্রতিটি ক্ষেত্রের বিশদ বিবরণের জন্য।
আউটপুট বিন্যাসে
Minias গ্রাফিক্যাল ফ্র্যাগমেন্ট অ্যাসেম্বলি ফরম্যাটে (GFA) সমাবেশকে আউটপুট করে। এটা
লাইন ভিত্তিক TAB- সীমাবদ্ধ বিন্যাস, অগ্রণী অক্ষর সহ লাইনের ধরন নির্দেশ করে।
নিম্নোক্ত সারণীটি ক্ষুদ্রতা দ্বারা ব্যবহৃত লাইনের ধরন দেয়:
┌─────┬─────────────┬───────────────────────────── ───────────────────────┐
│লাইন │ মন্তব্য │ ফিক্সড ক্ষেত্র │
├─────┼─────────────┼───────────────────────────── ───────────────────────┤
│ H │ হেডার │ N/A │
│ S │ সেগমেন্ট │ segName segSeq │
│ L │ ওভারল্যাপ │ segName1 segOri1 segName2 segOri2 ovlpCIGAR │
│ একটি │ সুবর্ণ পথ │ utgName utgStart readName:start-end readOri length │
└─────┴─────────────┴───────────────────────────── ───────────────────────┘
onworks.net পরিষেবাগুলি ব্যবহার করে অনলাইনে মিনিজম ব্যবহার করুন
