cdhit-454 – Online in der Cloud

PROGRAMM:

NAME/FUNKTION

cd-hit-454 – schnelle Gruppensequenzen, optimiert für 454-Daten

ZUSAMMENFASSUNG

cdhit-454 [Optionen]

BESCHREIBUNG

====== CD-HIT Version 4.6 (erstellt am 23) ======

Optionen

-i Dateinamen im Fasta-Format eingeben, erforderlich

-o Ausgabedateiname, erforderlich

-c Schwellenwert für Sequenzidentität, Standardwert 0.98 Dies ist eine „globale Sequenzidentität“.
berechnet als: Anzahl identischer Aminosäuren in Ausrichtung dividiert durch die Gesamtzahl
Länge der kürzeren Sequenz + Lücken

-b band_width der Ausrichtung, Standard 10

-M Speicherlimit (in MB) für das Programm, Standard 800; 0 für unbegrenzt;

-T Anzahl Threads, Standard 1; mit 0 werden alle CPUs verwendet

-n word_length, Standardwert 10, siehe Benutzerhandbuch für die Auswahl

-al Alignment-Coverage für die längere Sequenz, Standardwert 0.0, wenn auf 0.9 gesetzt, die
Das Alignment muss 90% der Sequenz abdecken

-AL Ausrichtungsabdeckungssteuerung für die längere Sequenz, Standard 99999999, wenn auf 60 gesetzt,
und die Länge der Sequenz 400 beträgt, dann muss das Alignment >= 340 (400-60) sein
Rückstände

-wie Alignment Coverage für die kürzere Sequenz, Standard 0.0, wenn auf 0.9 gesetzt, die
Das Alignment muss 90% der Sequenz abdecken

-WIE Ausrichtungsabdeckungssteuerung für die kürzere Sequenz, Standard 99999999, wenn auf 60 gesetzt,
und die Länge der Sequenz 400 beträgt, dann muss das Alignment >= 340 (400-60) sein
Rückstände

-B 1 oder 0, Standard 0, Standardmäßig werden Sequenzen im RAM gespeichert, wenn auf 1 gesetzt, Sequenz
auf der Festplatte gespeichert sind, wird empfohlen zu verwenden -B 1 für riesige Datenbanken

-g 1 oder 0, Standardwert 0 durch den Standardalgorithmus von cd-hit, eine Sequenz wird zu den
ersten Cluster, der den Schwellenwert erfüllt (schneller Cluster). Bei Einstellung auf 1 wird das Programm
gruppieren Sie es in den ähnlichsten Cluster, der den Schwellenwert erfüllt (genau, aber langsam
Modus), aber entweder 1 oder 0 ändert die Repräsentanten der endgültigen Cluster nicht

-D Maximale Größe pro Indel, Standard 1

-Spiel Matching-Score, Standard 2

-Nichtübereinstimmung
Nicht übereinstimmende Punktzahl, Standard -1

-Lücke Lückenöffnungsergebnis, Standard -3

-gap-ext
Gap Extension Score, Standard -1

-backen Backup-Cluster-Datei schreiben (1 oder 0, Standard 0)

-h diese Hilfe ausdrucken

Bei Fragen, Fehlern wenden Sie sich bitte an Weizhong Li unter [E-Mail geschützt]

Wenn Sie CD-Hit nützlich finden, zitieren Sie bitte:

"Clustering von hochhomologen Sequenzen, um die Größe großer Proteine ​​zu reduzieren
Datenbank", Weizhong Li, Lukasz Jaroszewski & Adam Godzik. Bioinformatik, (2001)
17:282-283 „Cd-hit: ein schnelles Programm zum Clustering und Vergleichen großer Mengen von
Protein- oder Nukleotidsequenzen“, Weizhong Li & Adam Godzik. Bioinformatik, (2006)
22:1658-1659 „Beifang Niu, Limin Fu, Shulei Sun und Weizhong Li. Künstliche und
natürliche Duplikate bei Pyrosequenzierungs-Lesevorgängen metagenomischer Daten. BMC Bioinformatik
(2010) 11: 187

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