Dies ist der Befehl convertToExtent, der im kostenlosen OnWorks-Hosting-Provider über eine unserer zahlreichen kostenlosen Online-Workstations wie Ubuntu Online, Fedora Online, Windows-Online-Emulator oder MAC OS-Online-Emulator ausgeführt werden kann
PROGRAMM:
NAME/FUNKTION
sim4dbutils - Dienstprogramme zum Arbeiten mit sim4db-generierten Alignment-Dateien
convertPolishes - Konvertieren zwischen sim4db- und GFF3-Formaten
filterPolishes - Filter-Alignments basierend auf Sequenzidentität, Abdeckung und Länge.
mergePolishes - Alignments aus mehreren Dateien zusammenführen
sortPolishes - Sortieren von Alignments nach cDNA oder genomischem Sequenzindex oder Sequenzname
convertToExtent - Konvertieren vom sim4db-Format in ein einzeiliges tabulatorgetrenntes Format
fixPolishesIID - Aktualisiert eine sim4db-Datei, um den Sequenzindex einer bestimmten Fasta-Datei zu verwenden.
Kann auch verwendet werden, um eine Teilmenge der Ausrichtungen aus der sim4db-Datei zu extrahieren.
DepthOfPolishes - Gibt ein tabulatorgetrenntes Histogramm der Poliertiefe bei verschiedenen
Fenstergrößen bzw.
headPolishes - Drucken Sie die ersten N Ausrichtungen in einer Datei, ähnlich wie ganzer(1)
pickBestPolish - nur das 'beste' Alignment für jede cDNA melden
pickUniquePolish - meldet Ausrichtungen, für die es eine eindeutige beste Ausrichtung gibt
jede cDNA.
plotCoverageVsIdentity - Erzeugt (1) ein Histogramm der prozentualen Identität, (2) a
Histogramm der prozentualen Abdeckung und (3) eine Liste der prozentualen Identität und Abdeckung (für
in einem Streudiagramm verwenden).
uniqPolishes - Filtert alle Alignments für cDNA mit mehreren Alignments (-uniq) oder
mit einer einzigen Ausrichtung (-dupl). Ähnlich zu uniq(1)
realignPolishes - berechnet die in einer sim4db-Datei aufgelisteten Ausrichtungen neu.
reportAlignmentDifferences - erzeugt ein Histogramm der Fehlertypen in einem Satz von
Ausrichtungen Ungestützt und Veraltete
ComparePolishes - Korrelieren von Ausrichtungen in zwei Dateien.
convertToAtac - Konvertiert vom sim4db-Format in das ATAC-Format.
detectChimera - Untersucht Alignments auf Sequenzen, die chimär sein könnten.
mappedCoverage - Gibt die Menge der Abfragesequenz (EST, cDNA) an, die von . abgedeckt wird
Ausrichtungen.
parseSNP - Analysiert Ausrichtungen für SNPs.
removeDuplicate - durchsucht die Eingabe nach doppelten Ausrichtungen.
vennPolishes - Erzeugt ein Venn-Diagramm für mehrere sim4db-Dateien. Gebrauchte innen by
ESTMapper sauberPolituren
zusammenfassenPolnisch
BESCHREIBUNG
Diese Programme sind eine Reihe von Dienstprogrammen, mit denen Sie arbeiten können sim4db(1) generierte Alignment-Dateien.
Verwenden Sie convertToExtent online mit den onworks.net-Diensten
