dane - Online in der Cloud

PROGRAMM:

NAME/FUNKTION

dan - Berechnet die Schmelztemperatur der Nukleinsäure

ZUSAMMENFASSUNG

Dan -Reihenfolge Fortsetzung -Fenstergröße ganze Zahl -Schaltinkrement ganze Zahl -DNAkonz schweben
-Salzkonz schweben [-Produkt Umschalten] -Formamid schweben -Nichtübereinstimmung schweben -prodlen ganze Zahl
[-Thermo Umschalten] -Temperatur schweben -RNA boolean -Handlung Umschalten -mintemp schweben
-Graph Xygraph -outfile berichten

Dan -Hilfe

BESCHREIBUNG

Dan ist ein Kommandozeilenprogramm von EMBOSS („the European Molecular Biology Open Software
Suite"). Es ist Teil der Befehlsgruppe(n) "Nucleic:Properties,Nucleic:Composition".

OPTIONAL

zufuhr Abschnitt
-Reihenfolge Fortsetzung

Erforderlich Abschnitt
-Fenstergröße ganze Zahl
Die Werte des Schmelzpunkts und anderer thermodynamischer Eigenschaften der Sequenz sind
bestimmt, indem man eine kurze Sequenz, bekannt als Fenster, nimmt und die
Eigenschaften der Sequenz in diesem Fenster. Das Fenster wird inkrementell entlang der verschoben
Sequenz, wobei die Eigenschaften an jeder neuen Position berechnet werden. Standardwert: 20

-Schaltinkrement ganze Zahl
Dies ist der Betrag, um den das Fenster bei jedem Schritt verschoben wird, um die
Schmelzpunkt und andere Eigenschaften entlang der Sequenz. Standardwert: 1

-DNAkonz schweben
Standardwert: 50.

-Salzkonz schweben
Standardwert: 50.

Zusätzliche Abschnitt
Produkt Optionen
-Produkt Umschalten
Dies fordert zur Angabe von Prozent Formamid, Prozent zulässiger Fehlpaarungen und Produktlänge auf.

-Formamid schweben
Dies gibt den Prozentsatz an Formamid an, der in Berechnungen verwendet werden soll (es wird ignoriert, es sei denn
-Produkt verwendet wird). Standardwert: 0.

-Nichtübereinstimmung schweben
Dies gibt die prozentuale Abweichung an, die in Berechnungen verwendet werden soll (es wird ignoriert, es sei denn
-Produkt verwendet wird). Standardwert: 0.

-prodlen ganze Zahl
Dies gibt die in Berechnungen zu verwendende Produktlänge an (wird ignoriert, es sei denn,
-Produkt verwendet wird). Standardwert: $(Fenstergröße)

Thermodynamisch Optionen
-Thermo Umschalten
Ausgabe der DeltaG-, DeltaH- und DeltaS-Werte der Sequenzfenster in die Ausgabedaten
Datei.

-Temperatur schweben
Wenn -thermo angegeben wurde, gibt dies die Temperatur an, bei der
Berechnen Sie die DeltaG-, DeltaH- und DeltaS-Werte. Standardwert: 25.

Fortgeschrittener Abschnitt
-RNA boolean
Dies gibt an, dass die Sequenz eine RNA-Sequenz und keine DNA-Sequenz ist.

Output Abschnitt
-Handlung Umschalten
Wenn dies nicht angegeben ist, wird die Datei mit den Ausgabedaten erstellt, andernfalls ein Plot der
Schmelzpunkt entlang der Sequenz erzeugt wird.

-mintemp schweben
Geben Sie einen Mindestwert für die Temperaturskala (y-Achse) des Diagramms ein. Standardwert:
55

-Graph Xygraph

-outfile berichten
Wenn kein Plot erstellt wird, dann Daten zum Schmelzpunkt usw. in jedem Fenster
entlang der Sequenz wird in die Datei ausgegeben.

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