entlasten – Online in der Cloud

PROGRAMM:

NAME/FUNKTION

exonerate – ein generisches Tool zum Sequenzvergleich

ZUSAMMENFASSUNG

entlasten [ Optionen ] <Abfrage Pfad> <Ziel Pfad>

BESCHREIBUNG

entlasten ist ein allgemeines Werkzeug zum Sequenzvergleich.

Es nutzt die C4 dynamische Programmierbibliothek. Es ist sowohl allgemein als auch schnell konzipiert.
Es kann je nach Variante entweder lückenhafte oder lückenlose Ausrichtungen erzeugen
Ausrichtungsmodelle. Die C4-Bibliothek ermöglicht die Sequenzausrichtung bei reduziertem Speicherplatzbedarf
dynamische Programmierimplementierung, ermöglicht aber auch die automatisierte Generierung von Heuristiken
aus den Ausrichtungsmodellen unter Verwendung begrenzter, spärlicher dynamischer Programmierung, so dass diese
Ausrichtungen können auch schnell erstellt werden. Mit diesen Heuristiken generierte Ausrichtungen
stellt einen gültigen Pfad durch das Ausrichtungsmodell dar, jedoch (im Gegensatz zum erschöpfenden
Ausrichtungen) kann nicht garantiert werden, dass die Ergebnisse optimal sind.

KONVENTIONEN

Innerhalb von exonerate werden eine Reihe von Konventionen (und Eigenheiten) verwendet. Ein Verständnis
von ihnen erleichtert die Interpretation der Ausgabe.

Koordinaten
Es wird ein Zwischenkoordinatensystem verwendet, zwischen dem die Positionen gezählt werden
die Symbole, und nicht auf den Symbolen. Dieses Nummerierungsschema beginnt bei Null.
Diese Nummerierung ist unten für die Sequenz „ACGT“ dargestellt:

ACGT
+0 1 2 3

Daher hätte die Teilsequenz „CG“ Start=1, Ende=3 und Länge=2. Das
Das Koordinatensystem wird intern in exonerate und für alle Ausgabeformate verwendet
erstellt, mit Ausnahme der „menschlich lesbaren“ Ausrichtungsanzeige und der GFF
Ausgabe, wenn Konventionen und Standards etwas anderes vorschreiben.

Gleicht Ergänzt
Wenn ein Alignment am umgekehrten Komplement einer Sequenz gemeldet wird, wird das
Die Koordinaten werden einfach auf der umgekehrten Komplementkopie der Sequenz angegeben. Somit
Positionen auf den Sequenzen sind niemals negativ. Im Allgemeinen ist der Vorwärtsstrang
gekennzeichnet durch „+“, der umgekehrte Strang durch „-“ und ein unbekanntes oder nicht zutreffendes Zeichen
Ein Strang (wie im Fall einer Proteinsequenz) wird durch „.“ angezeigt.

Ausrichtung Partituren
Derzeit werden nur die Rohausrichtungswerte angezeigt. Diese Punktzahl ist einfach die Summe
der in der dynamischen Programmierung verwendeten Übergangswerte. Zum Beispiel im Fall von
Bei einer Smith-Waterman-Ausrichtung ist dies die Summe der Substitutionsmatrixwerte
und die Lückenstrafen.

ALLGEMEIN OPTIONAL

Die meisten Argumente haben Kurz- und Langformen. Die langen Formen
sind mit größerer Wahrscheinlichkeit im Laufe der Zeit stabil und sollten daher in Skripten verwendet werden, die
Anruf entlasten.

-h | --shorthelp
Zeig Hilfe. Daraufhin wird eine kurze Zusammenfassung der verfügbaren Optionen und Standardeinstellungen angezeigt
und aktuell eingestellte Werte.

--help
Hier werden alle Hilfeoptionen angezeigt, einschließlich der Standardeinstellungen, des aktuell eingestellten Werts,
und die Umgebungsvariable, die zum Festlegen jedes Parameters verwendet werden kann. Das wird es
ein Hinweis darauf sein, welche Optionen obligatorisch sind. Obligatorische Optionen haben keine
Standardwert und muss über einen Wert verfügen, damit exonerate ausgeführt werden kann. Wenn obligatorische Optionen
werden in der richtigen Reihenfolge verwendet, ihre Flags können in der Befehlszeile übersprungen werden (siehe Beispiele).
unter). Im Gegensatz zu dieser Manpage sind die Informationen dieser Option immer verfügbar
auf dem neuesten Stand des Programms.

-v | --Version
Zeigt die Versionsnummer an. Zeigt auch andere Informationen wie das Erstellungsdatum an
und Glib-Version verwendet.

SEQUENCE SPEISUNG OPTIONAL

Paarweise Vergleiche werden zwischen allen Abfragesequenzen und allen Zielen durchgeführt
Sequenzen. Im Allgemeinen werden für die beste Leistung kürzere Sequenzen benötigt (z. B. ESTs, Schrotflinte).
Reads, Proteine) sollten als Abfragesequenzen verwendet werden, und längere Sequenzen (z. B. genomische
als Zielsequenzen verwendet werden.

-q | --Anfrage
Geben Sie die erforderlichen Abfragesequenzen an. Diese müssen in einer Datei im FASTA-Format vorliegen.
Es können einzelne oder mehrere Abfragesequenzen bereitgestellt werden. Zusätzlich mehrere Exemplare
der Fasta-Datei kann nach einem --query-Flag oder durch die Verwendung von with bereitgestellt werden
mehrere --query-Flags.

-t | --Ziel
Geben Sie die erforderlichen Zielsequenzen an. Außerdem muss die Datei im FASTA-Format vorliegen. Als
Bei den Abfragesequenzen können einzelne oder mehrere Zielsequenzen und Dateien vorliegen
geliefert. NEU: Der Zieldateiname kann durch einen Servernamen und eine Portnummer ersetzt werden
in Form von Hostname:Port bei der Verwendung von Entlastungsserver. Siehe die Manpage für
entlasten-server Weitere Informationen zum Ausführen von exonerate im Client:Server-Modus.

-Q | --Abfragetyp <DNA | Protein>
Geben Sie den zu verwendenden Abfragetyp an. Wenn dieser nicht angegeben wird, wird der Abfragetyp angenommen
als DNA, wenn die erste Sequenz in der Datei mehr als 85 % [ACGTN]-Basen enthält.
Andernfalls wird davon ausgegangen, dass es sich um ein Peptid handelt. Diese Option erzwingt den Abfragetyp „some“.
Nukleotid- und Peptidsequenzen können auf beiden Seiten dieser Schwelle liegen.

-T | --targettype <DNA | Protein>
Geben Sie den zu verwendenden Zieltyp an. Das Gleiche wie --Abfragetyp (oben), außer dass es
gilt für das Ziel. Durch die Angabe des Sequenztyps wird der Overhead vermieden
die erste Sequenz in der Datenbank zweimal lesen zu müssen (was von Bedeutung sein kann).
mit chromosomengroßen Sequenzen)

--querychunkid

--querychunktotal

--targetchunkid

--targetchunktotal
Diese Optionen erleichtern die Ausführung auf Rechenfarmen und machen dies überflüssig
Teilen Sie Sequenzdatenbanken in kleine Blöcke auf, um sie auf verschiedenen Knoten auszuführen. Wenn wegen
Wenn Sie beispielsweise die Zieldatenbank in drei Teile aufteilen möchten, würden Sie sie ausführen
drei Exonerate-Jobs auf verschiedenen Knoten inklusive der Optionen:

--targetchunkid 1 --targetchunktotal 3
--targetchunkid 2 --targetchunktotal 3
--targetchunkid 3 --targetchunktotal 3
Hinweis: Die von dieser Option gebotene Granularität reicht also nur bis zu einer einzigen Sequenz
Wenn die Datenbank mehr Chunks als Sequenzen enthält, reichen einige Prozesse aus
nichts.

-V | - ausführlich
Seien Sie ausführlich – zeigen Sie Informationen darüber an, was während der Analyse vor sich geht. Der
Der Standardwert ist 1 (wenige Informationen). Je höher die angegebene Zahl, desto mehr
Informationen werden gedruckt. Um die gesamte Standardausgabe von exonerate stummzuschalten, verwenden Sie
--verbose 0 --showalignment nein --showvulgar nein

ANALYSE OPTIONAL

-E | --erschöpfend
Geben Sie an, ob eine umfassende Ausrichtung verwendet werden soll oder nicht. Standardmäßig ist dies der Fall
FALSE, und es werden Ausrichtungsheuristiken verwendet. Wenn es auf TRUE gesetzt ist, ist es erschöpfend
Die Ausrichtung wird berechnet. Dies erfordert quadratische Zeit und wird sehr, viel sein
langsamer, liefert aber das optimale Ergebnis für das gegebene Modell.
-B | --bigseq
Führen Sie ein Alignment großer Sequenzen (mit mehreren Megabasen) durch. Das ist sehr Erinnerung
effizient und schnell, wenn beide Sequenzen die Chromosomengröße haben, was derzeit jedoch nicht der Fall ist
erlauben derzeit die Verwendung einer Wortnachbarschaft (d. h. nur genau passende Samen).
--forcescan <keine | query | Ziel>
Erzwingen Sie, dass der FSM die Abfragesequenz und nicht das Ziel scannt. Diese Option ist
Dies ist beispielsweise nützlich, wenn Sie über ein einzelnes Stück einer Genomsequenz verfügen und dies tun möchten
Vergleichen Sie es mit dem gesamten dbEST. Durch das Scannen der Datenbank und nicht der Abfrage,
Die Analyse wird viel schneller abgeschlossen, da der Overhead um ein Vielfaches höher ist
Abfragen von FSM-Konstruktionen, Lesen mehrerer Ziele und Vorhersagen von Spleißstellen
ENTFERNT. Standardmäßig errät exonerate die optimale Strategie basierend auf der Datenbank
Sequenzgrößen.
--saturatethreshold
Wenn diese Option auf Null gesetzt ist, bewirkt sie nichts. Ansonsten einmal mehr als diese Zahl
Anzahl Wörter (zusätzlich zur zufällig erwarteten Anzahl Wörter) haben mit a übereinstimmt
Position in der Abfrage wird die Position in der Abfrage „betäubt“ (weiter ignorieren).
Übereinstimmungen) für den aktuellen paarweisen Vergleich.
--Benutzerdefinierter Server
NEU: Bei Verwendung von exonerate im Client:Server-Modus mit einem nicht standardmäßigen Server ist dies der Fall
Mit dem Befehl können Sie einen benutzerdefinierten Befehl an den Server senden. Dieser Befehl wird gesendet von
Der Client wird vor allen anderen Befehlen entlastet (entlastet) und dient als Möglichkeit
Übergeben von Parametern oder anderen Befehlen, die für den benutzerdefinierten Server spezifisch sind. Siehe die
entlasten-server Weitere Informationen zum Ausführen von exonerate finden Sie in der Manpage
Client:Server-Modus.

SCHNELL DATABASE OPTIONAL

--fastasuffix
Wenn einer der mit angegebenen Eingaben erfolgt --Anfrage or --Ziel sind Verzeichnisse, dann entlasten
wird diese Verzeichnisse rekursiv absteigen und alle Dateien lesen, die damit enden
Suffix als Eingabe im Fasta-Format.

LÜCKE AUSRICHTUNG OPTIONAL

-m | --Modell <Ausrichtung Modell>
Geben Sie das zu verwendende Ausrichtungsmodell an. Die derzeit unterstützten Modelle sind:
ohne Lücke
Der einfachste Modelltyp, der standardmäßig verwendet wird. Ein passendes Modell mit be
automatisch für die Art der bereitgestellten Eingabesequenzen ausgewählt.
ungekappt:trans
Dieses lückenlose Modell umfasst die Übersetzung aller Frames sowohl der Abfrage als auch
Zielsequenzen. Dies ähnelt einer Suche vom Typ „tblastx“ ohne Lücke.
affin:global
Dies führt eine lückenhafte globale Ausrichtung durch, ähnlich dem Needleman-Wunsch
Algorithmus, außer mit affinen Lücken. Die globale Ausrichtung erfordert, dass beide
Sequenzen werden in ihrer Gesamtheit in das Alignment einbezogen.
affin:bestfit
Dies führt eine Best-Fit- oder Best-Location-Ausrichtung der Abfrage auf die durch
Zielsequenz. Die gesamte Abfragesequenz wird in die aufgenommen
Ausrichtung, sondern nur die beste Position für die Ausrichtung auf das Ziel
Sequenz.
affin:lokal
Dies ist eine lokale Ausrichtung mit affinen Lücken, ähnlich dem Smith-Waterman-
Gotoh-Algorithmus. Ein Allzweck-Ausrichtungsalgorithmus. Da dies lokal ist
In der Ausrichtung kann jede Untersequenz der Abfrage und der Zielsequenz vorkommen
die Ausrichtung.
affin:Überlappung
Diese Art der Ausrichtung findet die beste Überlappung zwischen Abfrage und Ziel.
Die Überlappungsausrichtung muss den Beginn der Abfrage oder des Ziels umfassen
Ende der Abfrage oder der Zielsequenz, um Sequenzen auszurichten, die sich überlappen
am Ende oder im Mittelteil einer längeren Sequenz. Dies ist die Art von
Ausrichtung, die häufig in Assembleralgorithmen verwendet wird.
est2genome
Dieses Modell ähnelt dem affine:local-Modell, enthält jedoch auch Intron
Modellierung auf der Zielsequenz, um die Ausrichtung von gespleißten zu ungespleißten zu ermöglichen
Kodierungssequenzen für Vorwärts- und Rückwärtsgene. Das ist ähnlich
die Ausrichtungsmodelle, die in Programmen wie EST_GENOME und sim4 verwendet werden.
ner NERs sind nicht äquivalente Regionen – große Regionen sowohl in der Abfrage als auch
Ziele, die nicht ausgerichtet sind. Dieses Modell kann für Protein-Alignments verwendet werden
wo stark konservierte Helixregionen ausgerichtet werden, aber schwach konserviert
Schleifenregionen sind es nicht. In ähnlicher Weise könnte dieses Modell verwendet werden, um nach Co- zu suchen.
linear konservierte Regionen im Vergleich genomischer Sequenzen.
protein2dna
Dieses Modell vergleicht eine Proteinsequenz mit einer DNA-Sequenz und bezieht alle ein
die entsprechenden Lücken und Frameshifts.
protein2dna:bestfit
NEU: Dies ist eine Bestfit-Version des Protein2DNA-Modells, mit dem die
Das gesamte Protein ist im Alignment enthalten. Es ist derzeit nur verfügbar
bei Verwendung einer umfassenden Ausrichtung.
protein2genome
Dieses Modell ermöglicht die Ausrichtung einer Proteinsequenz an genomischer DNA. Das ist
Ähnlich dem protein2dna-Modell, mit der Hinzufügung der Modellierung von Introns
und Intronphasen. Dieses Modell ähnelt denen von genewise.
protein2genome:bestfit
NEU: Dies ist eine Bestfit-Version des Protein2Genome-Modells, mit dem die
Das gesamte Protein ist im Alignment enthalten. Es ist derzeit nur verfügbar
bei Verwendung einer umfassenden Ausrichtung.
Kodierung2Kodierung
Dieses Modell ähnelt dem ungapped:trans-Modell, außer dass Lücken und
Frameshifts sind erlaubt. Es ähnelt einer Tblastx-Suche mit Lücken.
Kodierung2Genom
Dies ähnelt dem est2genome-Modell, mit der Ausnahme, dass die Abfragesequenz dieselbe ist
werden während des Vergleichs übersetzt, was einen sensibleren Vergleich ermöglicht.
cdna2genome
Dies kombiniert Eigenschaften der est2genome- und binding2genome-Modelle
ermöglichen die Modellierung einer gesamten cDNA, wobei eine zentrale kodierende Region flankiert werden kann
durch nichtkodierende UTRs. Wenn der CDS-Start und das CDS-Ende bekannt sind, können diese angegeben werden
Verwenden der Option --annotation (siehe unten), um nur die korrekte Codierung zuzulassen
Bereich, der in der Ausrichtung angezeigt werden soll.
Genom2Genom
Dieses Modell ähnelt dem Coding2Coding-Modell, mit der Ausnahme, dass es Introns gibt
Beiden Sequenzen nachempfunden. (funktioniert noch nicht gut)

Die Kurznamen u, u:t, a:g, a:b, a:l, a:o, e2g, ner,
Zur Angabe können auch p2d, p2d:b, p2g, p2g:b, c2c, c2g, cd2g und g2g verwendet werden
Modelle.

-s | --Spielstand
Dies ist der Schwellenwert für die Gesamtpunktzahl. Ausrichtungen werden darunter nicht gemeldet
Schwelle. Bei heuristischen Ausrichtungen gilt: Je höher dieser Schwellenwert, desto kürzer ist die Zeit
Die Analyse wird dauern.

--Prozent
Melden Sie nur Ausrichtungen, die mindestens diesen Prozentsatz der Maximalpunktzahl erreichen
jede Abfrage. z.B. verwenden --Prozent 90 Ausrichtungen mit 90 % des Maximums zu melden
für diese Abfrage erreichbare Punktzahl. Diese Option ist nicht nur deshalb nützlich, weil sie reduziert
die falschen Übereinstimmungen in der Ausgabe, sondern weil sie abfragespezifisch generiert werden
Schwellenwerte (im Gegensatz zu --Spielstand ) für eine Reihe von Abfragen unterschiedlicher Länge und wird
beschleunigen auch die Suche erheblich. Hinweis: Mit dieser Option ist es möglich
eine cDNA haben, die genau mit dem entsprechenden Gen übereinstimmt, aber dennoch weniger als 100 % erreichen,
Aufgrund der Hinzufügung der Intron-Strafpunkte muss daher diese Option verwendet werden
mit Vorsicht.

--showalignment
Zeigen Sie die Ausrichtungen in einer für Menschen lesbaren Form an.

--showsugar
„Zucker“-Ausgabe für Ausrichtungen ohne Lücke anzeigen. Zucker ist eine einfache, lückenlose Ausrichtung
Bericht, der lückenlose Ausrichtungen einzeln pro Zeile anzeigt. Die Zuckerlinie beginnt
mit der Zeichenfolge „sugar:“ zum einfachen Extrahieren aus der Ausgabe, gefolgt von
die folgenden 9 Felder in der unten angegebenen Reihenfolge:

query_id Abfrage-ID
query_start Position am Ausrichtungsanfang abfragen
query_end Ende der Positionsausrichtung abfragen
query_strand Der Abfragestrang stimmt überein
target_id |
target_start | die gleichen 4 Felder
target_end | für die Zielsequenz
target_strand |
Ergebnis Der rohe Ausrichtungswert

--showcigar
Zeigen Sie die Ausrichtungen im „Zigarren“-Format an. Zigarre ist eine kompakte, eigenwillige Zigarre
Ausrichtungsbericht, der lückenhafte Ausrichtungen einzeln pro Zeile anzeigt. Die Formatierung startet
mit den gleichen 9 Feldern wie die Zuckerproduktion (siehe oben), gefolgt von einer Reihe von
Paare, bei denen die Operation „Übereinstimmen“, „Einfügen“ oder „Löschen“ ist, und
Die Länge beschreibt, wie oft dieser Vorgang wiederholt wird.

--showvulgär
Zeigt die Ausrichtungen im „vulgären“ Format an. Vulgär ist ausführlich, nützlich und mit Lücken versehen
Ausrichtungsbericht. Dieses Format beginnt ebenfalls mit denselben 9 Feldern wie die Zuckerausgabe
(siehe oben), gefolgt von einer Reihe von
Dreiergruppen. Das Etikett kann eines der folgenden sein:

M Spiel
C Kodon
G Lücke
N Nicht äquivalente Region
5 5'-Spleißstelle
3 3'-Spleißstelle
I Einführung
S Gespaltenes Codon
F Frameshift

--showquerygff
GFF-Ausgabe für Features in der Abfragesequenz melden. Sehen
http://www.sanger.ac.uk/Software/formats/GFF um mehr zu erfahren.

--showtargetgff
GFF-Ausgabe für Features in der Zielsequenz melden.

--ryo
Erstellen Sie Ihr eigenes Ausgabeformat. Dies ermöglicht die Angabe eines printf-ähnlichen Formats
Zeile, die verwendet wird, um anzugeben, welche Informationen wie in die Ausgabe einbezogen werden sollen
es soll gezeigt werden. Das Formatfeld kann folgende Felder enthalten:

%[qt][idlsSt]
Melden Sie für jedes {query,target} das
{id,definition,length,sequence,Strand,type} Sequenzen werden in a gemeldet
Fasta-Format-ähnlicher Block (keine Header).
%[qt]a[bels]
Für jede {query,target}-Region, die auftritt in Ausrichtung, melden die
{Anfang, Ende, Länge, Sequenz}
%[qt]c[bels]
Für jede {query,target}-Region, die in der vorkommt Verschlüsselung Reihenfolge der
Ausrichtung, melden Sie {begin,end,length,sequence}
%s Die rohe Partitur
%r Der Rang (in den Ergebnissen einer Bestn-Suche)
%m Modellbezeichnung
%e[tismus]
Äquivalente {total,id,similarity,mismatches} (d. h. %em == (%et - %ei))
%p[ist] Prozentsatz {id,similarity} über die äquivalenten Teile der Ausrichtung.
(d. h. %pi == 100*(%ei / %et))
%g Genorientierung („+“ = vorwärts, „-“ = rückwärts, „.“ = unbekannt)
%S Zuckerblock (die 9 Felder, die bei der Zuckerproduktion verwendet werden (siehe oben)
%C Zigarrenblock (die Felder einer Zigarrenlinie nach dem Zuckeranteil)
%V Vulgärblock (die Felder einer Vulgärlinie nach dem Zuckeranteil)
%% Erweitert auf ein Prozentzeichen (%)
\n Neue Zeile
\t Tab
\\ Wird zu einem Backslash (\) erweitert.
\{ Offene geschweifte Klammer
\} Schließen Sie die geschweifte Klammer
{ Beginnen Sie mit dem Ausgabeabschnitt pro Übergang
} Beenden Sie den Ausgabeabschnitt pro Übergang
%P[qt][sabe]
Ausgabe pro Übergang für {query,target} {sequence,advance,begin,end}
%P[nsl]
Ausgabe pro Übergang für {name,score,label}

Diese Option ist sehr nützlich und flexibel. Zum Beispiel, um alle Abschnitte der Abfrage zu melden
Sequenzen, die in Alignments im Fasta-Format enthalten sind, verwenden:

--ryo ">%qi %qd\n%qas\n"

Um alle Symbole und Werte in einer Ausrichtung auszugeben, versuchen Sie etwas wie:

--ryo "%V{%Pqs %Pkt %Ps\n}"

-n | --bestn
Melden Sie die besten N-Ergebnisse für jede Abfrage. (Nur Ergebnisse, die besser abschneiden als die
Punkteschwelle
wird berichtet). Die Option reduziert die erzeugte Ausgabemenge und außerdem
ermöglicht exonerate, die Suche zu beschleunigen.

-S | --subopt
Diese Option ermöglicht die Meldung von (Waterman-Eggert-Stil) suboptimalen Werten
Ausrichtungen. (Es ist standardmäßig aktiviert.) Alles suboptimal (d. h. nicht überschneidend)
Alignments werden für jedes Sequenzpaar gemeldet, das mindestens die Punktzahl erreicht
Schwelle bereitgestellt von --Punktzahl.

Wenn diese Option bei erschöpfenden Ausrichtungen verwendet wird, erfolgt dies über mehrere vollständige quadratische Zeiträume hinweg
Es sind Durchgänge erforderlich, wodurch sich die Laufzeit erheblich verlängert.

-g | --gappedextension
Bewirkt, dass eine Lückenerweiterungsstufe ausgeführt wird, d. h. Es wird dynamische Programmierung angewendet
in willkürlich geformten und dynamisch großen Regionen rund um HSP-Samen. Der
Der Erweiterungsschwellenwert wird durch die Option --extensionthreshold gesteuert.

Obwohl manchmal langsamer als BSDP, verbessert die Erweiterung mit Lücken die Empfindlichkeit
schwache, lückenreiche Ausrichtungen, wie zum Beispiel beim artübergreifenden Vergleich.

Hinweis: Dieser zu erhalten is jetzt an default. Sept it zu falsch um zum alten BSDP-Typ zurückzukehren
Ausrichtungen. Bei einigen groß angelegten Analysen kann diese Option langsamer als BSDP sein
einfache Ausrichtungsmodelle.

--verfeinern
Erzwingen Sie die Entlastung, um durch Heuristiken generierte Ausrichtungen mithilfe von Dynamik zu verfeinern
Programmierung über größere Regionen. Das dauert zwar länger, verbessert aber die Qualität
die endgültigen Ausrichtungen.

Zur Verfeinerung stehen folgende Strategien zur Verfügung:

keine Standardmäßig wird keine Verfeinerung verwendet.
voller Aus dem Sequenzpaar in ihrem wird ein erschöpfendes Alignment berechnet
Gesamtheit.
Region DP wird nur auf den Bereich der von der Heuristik abgedeckten Sequenzen angewendet
Ausrichtung.

--refineboundary
Geben Sie eine zusätzliche Grenze an, die in den auszurichtenden Bereich einbezogen werden soll
Verfeinerung nach Region.

VITERBI ALGORITHM OPTIONAL

-D | --dpmemory
Die umfassenden Alignment-Traceback-Routinen verwenden einen reduzierten Speicher im Hughey-Stil
Technik. Diese Option gibt an, wie viel Speicher dafür verwendet wird.
Generell gilt: Je mehr Speicher hier zugelassen ist, desto schneller erfolgen die Ausrichtungen
produziert.

CODE GENERATION OPTIONAL

-C | --kompiliert
Mit dieser Option können Sie den generierten Code für die dynamische Programmierung deaktivieren. Es ist
Wird hauptsächlich während der Entwicklung von Entlastungsmitteln verwendet. Bei FALSE wird ein „interpretiertes“
Es wird eine Version der dynamischen Programmierimplementierung verwendet, die viel langsamer ist.

HEURISTISCH OPTIONAL

--terminalrangeint
--terminalrangeext
--joinrangeint
--joinrangeext
--spanrangeint
--spanrangeext
Diese Optionen werden verwendet, um die Größe der Unterachsenbereiche anzugeben, auf die DP angewendet werden soll
wird an den Enden der HSPs angebracht. Dies kann an den HSP-Enden (Terminal) erfolgen
Bereich), zwischen HSPs (Join-Bereich) oder zwischen HSPs, die durch a verbunden sein können
große Region wie ein Intron oder eine nicht äquivalente Region (Span-Bereich). Diese
Bereiche können für eine Reihe von Übereinstimmungen zurück auf dem HSP angegeben werden (interner Bereich)
oder aus dem HSP (externer Bereich).

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