Dies ist der Befehl gdcmimg, der im kostenlosen Hosting-Anbieter OnWorks mit einer unserer zahlreichen kostenlosen Online-Workstations wie Ubuntu Online, Fedora Online, Windows Online-Emulator oder MAC OS Online-Emulator ausgeführt werden kann
PROGRAMM:
NAME/FUNKTION
gdcmimg – DICOM-Bilddatei bearbeiten.
gdcmimg ist ein Low-Level-Tool zur De-/Encapsulation von/in DICOM-Bildern. Dieses Tool
nicht verstehen Transfer Syntax Konvertierung. Es wird die Rohdaten so kapseln, wie sie sind. Dies
hat in einigen Fällen gewisse Auswirkungen, siehe spezielle Warnhinweise unten.
Es ist wichtig zu beachten, dass gdcmimg nur richtige Eingabedateien kapseln kann, zum Beispiel
JPG und/oder JP2 werden akzeptiert, da eine zugehörige DICOM-Übertragungssyntax gefunden werden kann.
Eingabeformate wie TIFF und/oder PNG sind jedoch nicht zulässig, da DICOM diese nicht unterstützt. Siehe
stattdessen ein Tool wie gdcm2vtk.
ZUSAMMENFASSUNG
gdcmimg [Optionen] Datei-In Datei-Out
BESCHREIBUNG
Der gdcmimg Das Befehlszeilentool kann auf zwei Arten verwendet werden:
· 1. Konvertieren eines erkannten Dateiformats in sein gekapseltes DICOM-Gegenstück,
· 2. Anonymisieren eines rechteckigen Teils einer DICOM-Datei.
PARAMETER
File-In-Eingabedateiname (nicht DICOM)
file-out DICOM-Ausgabedateiname
OPTIONAL
-i --input Eingabedateiname
-o --output Ausgabedateiname
SPEZIFISCH OPTIONAL
--endian %s Byte-Reihenfolge (LSB/MSB).
-d --depth %d Tiefe (entweder 8/16/32 oder BitsAllocated, z. B. 12, wenn bekannt).
--sign %s Pixelzeichen (0/1).
--spp %d Sample pro Pixel (1/3).
-s --size %d,%d Größe.
-C --sop-class-uid SOP-Klassen-UID (Name oder Wert).
-T --study-uid Studien-UID.
-S --series-uid Serien-UID.
--root-uid Root-UID.
FÜLLEN OPTIONAL
-R --region %d,%d Region.
-F --fill %d Mit dem angegebenen Pixelwert füllen.
ALLGEMEIN OPTIONAL
-h - Hilfe
Diesen Hilfetext drucken und beenden
-v --version
Versionsinformationen drucken und beenden
-V --ausführlich
ausführlicher Modus (Warnung+Fehler).
-W --Warnung
Warnmodus, Warninformationen drucken
-E --Fehler
Fehlermodus, Fehlerinformationen drucken
-D --debuggen
Debug-Modus, Debug-Informationen drucken
VARIABLE
GDCM_ROOT_UID Root-UID
UNTERSTÜTZT FILE FORMAT (GEEIGNET FILE VERLÄNGERUNG)
gdcmimg basiert seinen Konvertierungsprozess auf der Dateierweiterung. Es folgt die Liste der
erkannte Dateierweiterung. Wenn keine Erweiterung gefunden wird, wird von einer DICOM-Datei ausgegangen.
Eingabeformat
* RAW (roh, rawl, grau, rgb)
* RLE (rle)
* PNM (pgm, pnm, ppm)
* JPEG-LS (jls)
* JPEG 2000 (jp2, j2k, j2c, jpx, jpc)
* JPEG (jpg, jpeg, ljpg, ljpeg)
* DICOM ()
Ausgabeformat:
* PGM (pgm, pnm, ppm)
* DICOM ()
Beim RAW-Dateiformat sollten Sie besonders auf die Option –endian achten. Für das (alte)
JPEG-Dateiformat, sowohl das verlustbehaftete als auch das verlustfreie Format werden unterstützt, der Benutzer sollte
Beachten Sie die Option –sign. Bei Dateiformaten wie RLE oder RAW wird vom Benutzer erwartet,
Geben Sie die erforderlichen Informationen ein, um die Dimension und den Typ der Eingabedaten zu ermitteln, da es keine
andere Möglichkeit, diese Informationen zu finden. Für alle anderen Dateiformate werden die Eigenschaften abgeleitet
vom Dateiformat selbst.
PNM-Dateien müssen Big Endian sein (wichtig für Tiefen > 8)
TYPISCH ANWENDUNG
Entfernen a rechteckig Teil of Image
Um den Bereich [0,100]x[0,100] eines DICOM-Bildes zu füllen, gehen Sie einfach wie folgt vor:
$ gdcmimg --fill 0 --region 0,100,0,100 -i input.dcm -o output_black.dcm
Achtung: Wenn die Pixeldaten komprimiert werden, wird das Bild zunächst dekomprimiert, so dass Pixel
kann auf 0 gesetzt werden, es erfolgt jedoch keine erneute Komprimierung.
Konvertieren RAW zu DICOM
Erkannte Erweiterung ist .raw, .rawl, .gray oder .rgb (Groß-/Kleinschreibung wird nicht beachtet).
$ gdcmimg --size 512,512 --depth 16 -i input.raw -o output.dcm
Das Bild wird eine sekundäre Aufnahme sein.
Wenn die Eingabe aus drei Komponenten besteht, müssen die Samples pro Pixel explizit angegeben werden:
$ gdcmimg --size 512,512 --spp 3 input_rgb.raw output_rgb.dcm
Wenn der Dateiname die Dateierweiterung .rgb enthält, wird die Ausgabe automatisch erkannt als
RGB muss nicht angegeben werden –spp
$ gdcmimg --size 512,512 Eingabe.rgb Ausgabe_rgb.dcm
Sie können die Verwendung dd cmd-Zeile, um alle Header zu überspringen, die Sie verwerfen möchten, zum Beispiel, wenn
Sie möchten die ersten 108 Bytes überspringen, tun Sie einfach:
$ dd skip=108 bs=1 if=input.raw of=output.raw
Die Erweiterungen .raw und .rawl sind gleichwertig. Sie müssen die Byte-Reihenfolge explizit angeben.
manuell:
$ gdcmimg --endian MSB --size 512,512 --depth 16 -i input.raw -o output.dcm
or
$ gdcmimg --endian LSB --size 512,512 --depth 16 -i input.raw -o output.dcm
Konvertieren PGM/PNM/PPM zu DICOM
Erkannte Erweiterungen sind .pgm, .pnm, .ppm (Groß-/Kleinschreibung wird nicht beachtet).
$ gdcmimg -i Eingabe.pgm -o Ausgabe.dcm
Das Bild wird eine sekundäre Aufnahme sein
Konvertieren RLE zu DICOM
Die erkannte Erweiterung ist .rle (Groß-/Kleinschreibung wird nicht beachtet).
$ gdcmimg --size 512,512 --depth 16 -i input.rle -o output.dcm
Das Bild wird eine sekundäre Aufnahme sein
Konvertieren JPEG zu DICOM
Erkannte Erweiterungen sind .jpg, .jpeg, .ljpg, .ljpeg (Groß-/Kleinschreibung wird nicht beachtet).
$ gdcmimg -i Eingabe.ljpeg -o Ausgabe.dcm
Das Bild wird eine sekundäre Aufnahme sein
Konvertieren J2K zu DICOM
Erkannte Erweiterungen sind .j2k, .jp2, .jpc, jpx, j2c (Groß-/Kleinschreibung wird nicht beachtet).
$ gdcmimg -i Eingabe.j2k -o Ausgabe.dcm
Das Bild wird eine sekundäre Aufnahme sein.
Alle Pixelinformationen (gespeicherte/zugewiesene Bits...) werden aus dem Bild selbst abgeleitet,
und nicht über die Befehlszeilenoptionen.
Angeben a SOP Klasse UID
Anstelle des standardmäßigen sekundären Capture-Image-Speichers kann man beispielsweise VL angeben.
Speicherung fotografischer Bilder.
$ gdcmimg --sop-class-uid 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.77.1.4 Eingabe.jpg Ausgabe.dcm
MEHRERE DATEIEN
gdcmimg verarbeitet problemlos eine Reihe von Dateien (zum Beispiel JPEG):
$ gdcmimg -C 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.12.1 1.jpg 2.jpg 3.jpg 4.jpg output.dcm
Es ist wichtig, eine SOP-Klasse anzugeben, die Bilder mit mehreren Frames unterstützt, sonst
gdcmimg wird fehlschlagen.
Starte das Spiel OFFSET
In manchen Fällen möchte man vielleicht einen 2D-Schnitt aus einem beliebigen Volumen (z. B. 3D) erstellen. In
in diesem Fall ist –offset praktisch:
$ gdcmimg --offset 4954104330 --size 1673,1673 Input3D_1673_1673_1775.raw slice_1770.dcm
WARNUNG
Es gibt einige Probleme mit der Implementierung von gdcmimg:
Bei RAW-Dateien sollte man darauf achten, dass bei Verwendung von –endian MSB die Pixeldaten
gekapselt wie sie sind (nicht von gdcmimg berührt). Daher ist die einzig mögliche Übertragungssyntax
Verfügbar ist Implicit VR Big Endian DLX (GE Private). GDCM verarbeitet diese private
Transfersyntax. Wenn Sie also diese Transfersyntax in eine andere konvertieren müssen (und
Pixeldatenmanipulation) können Sie Folgendes verwenden:
$ gdcmconv --raw --force input_big_endian_dlx.raw -o output_implicit_vr_little_endian.dcm
Bei JFIF-Dateien und JP2-Dateien (mit Header) wird der Header in das Pixeldatenelement kopiert
was für JP2 unzulässig ist. Verwenden Sie gdcmconv, um eine JP2/JFIF-Datei ordnungsgemäß in J2K/JPG umzukodieren.
$ gdcmimg input.jp2 output_jp2.dcm
$ gdcmconv --j2k --force Ausgabe_jp2.dcm Ausgabe_j2k.dcm
Bei RLE-Dateien wird keine Prüfung auf das Überschreiten der Zeilengrenze durchgeführt. Es wird empfohlen,
gdcmconv –rle, um im Zweifelsfall erneut in eine richtige RLE-Datei zu kodieren.
Wenn die Komprimierung mit Ihrem Setup nicht in Ordnung ist, können Sie natürlich immer die
DICOM-Datei (normalerweise JPEG) in eine nicht gekapselte Form mit gdcmconv:
$ gdcmconv --raw Eingabe_jpeg.dcm Ausgabe_raw.dcm
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