Dies ist der Befehl geneparse-mpi, der beim kostenlosen Hosting-Anbieter OnWorks mit einer unserer zahlreichen kostenlosen Online-Workstations wie Ubuntu Online, Fedora Online, dem Windows-Online-Emulator oder dem MAC OS-Online-Emulator ausgeführt werden kann
PROGRAMM:
NAME/FUNKTION
geneparse – Frontend zum Laden von Sequenzdateien
SYNAPSE
geneparse [Optionen...] [Eingabe] [Eingabe2 ...] #Eingabe lesen und in stdout schreiben
BESCHREIBUNG
Liest eine Sequenzdatei und schreibt sie irgendwo hin (standardmäßig nach stdout).
Ein bestimmter Bereich innerhalb einer Eingabedatei kann durch file[start,stop] angegeben werden. Das Quadrat
Klammern können für jedes von {[()]} ausgetauscht werden (z. B. „genome.fa[3000,4000]“ oder
„genome.fa{3000~4000}“). Beachten Sie, dass all dies möglicherweise von Ihrer Shell analysiert wird. Auch
Zur Trennung der Zahlen kann jedes Nicht-Wort-Zeichen verwendet werden.
OPTIONAL
--repeatmask|-r
Verwenden Sie Soft-Repeat-maskierte Sequenzen (z. B. Ersetzen Sie die Basen in Kleinbuchstaben durch Ns).
--upper|--unmask|-U
Alle Basen in Großbuchstaben schreiben.
--length|-l
Drucken Sie einfach die Länge aus und beenden Sie den Vorgang
--clean|-c
Fügen Sie keine neue Zeile hinzu, wenn Sie fertig sind
--version|-V
druckt die Programmversion
--Hilfe|-h
gibt eine Hilfemeldung aus
--output|-o
Senden Sie die Ausgabe an eine Datei (andernfalls verwenden Sie stdout). --output impliziert --clean.
--ruhig|-q
Alle Warnungen zum Schweigen bringen
--verbose|-v
druckt viele zusätzliche Details
Nutzen Sie geneparse-mpi online über die Dienste von onworks.net
