Dies ist der Befehl gmx-densorder, der im kostenlosen OnWorks-Hosting-Provider über eine unserer zahlreichen kostenlosen Online-Workstations wie Ubuntu Online, Fedora Online, Windows-Online-Emulator oder MAC OS-Online-Emulator ausgeführt werden kann
PROGRAMM:
NAME/FUNKTION
gmx-densorder - Oberflächenfluktuationen berechnen
ZUSAMMENFASSUNG
gmx dichter [-s [<.tpr>]] [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-o [<.dat>]] [-Oder [<.out> [...]]] [-og [<.xpm> [...]]]
[-Spect [<.out> [...]]] [-b ] [-e ]
[-DT ] [-[jetzt] [-[nein]1d] [-sw ]
[-bn ] [-Auftrag ] [-Achse ]
[-Methode ] [-d1 ] [-d2 ]
[-tblock ] [-nlevel ]
BESCHREIBUNG
gmx dichter reduziert eine zweiphasige Dichteverteilung entlang einer Achse, berechnet über MD
Trajektorie, zu zeitlich fluktuierenden 2D-Oberflächen, durch Anpassung an ein Funktionsprofil für
Grenzflächendichten. Eine zeitlich gemittelte räumliche Darstellung der Grenzflächen kann
Ausgabe mit der Option -tavg.
OPTIONAL
Optionen zum Angeben von Eingabedateien:
-s [<.tpr>] (topol.tpr)
Tragbare xdr-Eingabedatei ausführen
-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
Flugbahn: xtc trr cpt gro g96 pdb tng
-n [<.ndx>] (index.ndx)
Indexdatei
Optionen zum Angeben von Ausgabedateien:
-o [<.dat>] (Dichte4D.dat) (Optional)
Generische Datendatei
-Oder [<.out> [...]] (hallo.out) (Optional)
Generische Ausgabedatei
-og [<.xpm> [...]] (Schnittstelle.xpm) (Optional)
X PixMap-kompatible Matrixdatei
-Spect [<.out> [...]] (intfspect.out) (Optional)
Generische Ausgabedatei
Andere Optionen:
-b (0)
Erster Frame (ps), der von der Flugbahn gelesen werden soll
-e (0)
Letzter Frame (ps), der von der Flugbahn gelesen werden soll
-DT (0)
Frame nur verwenden, wenn t MOD dt = erstes Mal (ps)
-[jetzt (Nein)
Ausgabe ansehen .xvg, .xpm, .eps und .pdb Dateien
-[nein]1d (Nein)
Pseudo-1d-Schnittstellengeometrie
-sw (0.2)
Binbreite der Dichteverteilung tangential zur Grenzfläche
-bn (0.05)
Binbreite der Dichteverteilung senkrecht zur Grenzfläche
-Auftrag (0)
Ordnung des Gaußschen Filters, Ordnung 0 entspricht NO-Filterung
-Achse (Z)
Achsenrichtung - X, Y oder Z
-Methode (halbieren)
Schnittstellenlokalisierungsmethode: halbieren, funktional
-d1 (0)
Schüttdichte Phase 1 (bei kleinem z)
-d2 (1000)
Schüttdichte Phase 2 (bei großem z)
-tblock (100)
Anzahl der Frames in einem Zeitblock-Durchschnitt
-nlevel (100)
Anzahl der Höhenstufen in 2D - XPixMaps
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