Dies ist der Befehl gustaf, der beim kostenlosen Hosting-Anbieter OnWorks mit einer unserer zahlreichen kostenlosen Online-Workstations wie Ubuntu Online, Fedora Online, dem Windows-Online-Emulator oder dem MAC OS-Online-Emulator ausgeführt werden kann
PROGRAMM:
NAME/FUNKTION
gustaf - Gustaf - Generic mUlti-SpliT Alignment Finder: Tool für Split-Read-Mapping
ermöglicht mehrere Teilungen.
ZUSAMMENFASSUNG
gustaf [OPTIONEN]
BESCHREIBUNG
GUSTAF verwendet SeqAns STELLAR, um Splits als lokale Übereinstimmungen auf verschiedenen Strängen zu finden oder
Chromosomen. Kriterien und Strafen für die Verkettung dieser Spiele können festgelegt werden. Ausgabe
Die Datei enthält die Haltepunkte entlang der besten Kette.
Die Genomdatei wird als Datenbankeingabe verwendet, die gelesene Datei als Abfrageeingabe.
Alle STELLAR-Optionen werden unterstützt. Weitere Informationen zu STELLAR-Parametern finden Sie in der STELLAR-Dokumentation
und Optionen.
(c) 2011-2012 von Kathrin Trappe
-h, --help
Zeigt diese Hilfemeldung an.
--Version
Zeigt Versionsinformationen
GUSTAF-Optionen:
Hauptoptionen:
-tp, --transPen INT
Interchromosomale Translokationsstrafe Standard: 5.
-ip, --invPen INT
Inversionsstrafe Standard: 5.
-op, --orderPen INT
Strafe für die Änderung der intrachromosomalen Reihenfolge. Standard: 0.
-oth, --overlapThresh DOPPELT
Zulässige Überlappung zwischen Übereinstimmungen. Standard: 0.5.
-gth, --gapThresh INT
Zulässige Lückenlänge zwischen Übereinstimmungen. Standard: 10.
-mit, --initGapThresh INT
Zulässige Anfangs- oder Endlückenlänge am Anfang und Ende des Lesevorgangs. Standard: 15.
-st, --Unterstützung INT
Anzahl der unterstützenden Lesevorgänge Standard: 2.
Eingabeoptionen:
-m, --matchfile FILE
Datei mit (hervorragenden) Übereinstimmungen. Gültige Dateitypen sind: gff und GFF.
Ausgabeoptionen:
-bpo, --breakpointOut FILE
Name der Breakpoint-Ausgabedatei. Gültige Dateitypen sind: gff und txt. Standard:
Haltepunkte.gff.
-j, --Berufsbezeichnung STR
Job-/Warteschlangenname Standard: .
-machen, --Punkte
Aktivieren Sie die Diagrammausgabe im Punktformat
Stellare Optionen:
Hauptoptionen:
-e, --Epsilon NUM
Maximale Fehlerrate (max. 0.25). Im Bereich [0.0000001..0.25]. Standard: 0.05.
-l, --minimale Länge NUM
Minimale Länge von Epsilon-Übereinstimmungen. Im Bereich [0..inf]. Standard: 100.
-f, --nach vorne
Suche nur im vorderen Teil der Datenbank.
-r, --umkehren
Suche nur im umgekehrten Komplement der Datenbank.
-a, --Alphabet STR
Alphabetischer Typ der Eingabesequenzen (dna, rna, dna5, rna5, protein, char). Einer von DNA,
dna5, rna, rna5, protein und char.
-v, - ausführlich
Legen Sie den Ausführlichkeitsmodus fest.
Filteroptionen:
-k, --kmer NUM
Länge der Q-Gramm (max. 32). Im Bereich [1..32].
-rp, --repeatPeriod NUM
Maximaler Zeitraum der zu filternden Wiederholungen mit geringer Komplexität. Standard: 1.
-rl, --repeatLength NUM
Minimale Länge der zu filternden Wiederholungen mit geringer Komplexität. Standard: 1000.
-c, --abundanceCut NUM
K-Mer-Überfülle-Schnittverhältnis. Im Bereich [0..1]. Standard: 1.
Verifizierungsoptionen:
-x, --xDrop NUM
Maximaler X-Drop für die Erweiterung. Standard: 5.
-vs, --Überprüfung STR
Verifizierungsstrategie: Exact oder BestLocal oder BandedGlobal Eine von Exact, BestLocal,
und bandedGlobal. Standard: genau.
-DT, --disableThresh NUM
Maximale Anzahl verifizierter Übereinstimmungen, bevor die Verifizierung für eine Abfrage deaktiviert wird
Reihenfolge (Standard unendlich). Im Bereich [0..inf].
-n, --numMatches NUM
Maximale Anzahl beibehaltener Übereinstimmungen pro Abfrage und Datenbank. Wenn STELLAR mehr findet
Streichhölzer werden nur die längsten behalten. Standard: 50.
-s, --sortThresh NUM
Anzahl der Übereinstimmungen, die das Entfernen von Duplikaten auslösen. Wählen Sie einen kleineren Wert für
platzsparend. Standard: 500.
VERSION
Gustav-Version: 1.0 Letzte Aktualisierung Juli 2012
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