hmmemit – Online in der Cloud

PROGRAMM:

NAME/FUNKTION

hmmemit – Beispielsequenzen aus einem Profil-HMM

ZUSAMMENFASSUNG

hmmmit [Optionen] hmmdatei

BESCHREIBUNG

Das hmmmit Das Programm tastet (sendet) Sequenzen von den Profil-HMMs ab hmmdatei und
schreibt sie in die Ausgabe. Abtastsequenzen können für eine Vielzahl von Zwecken nützlich sein, z.
einschließlich der Erstellung synthetischer echter positiver Ergebnisse für Benchmarks oder Tests.

Standardmäßig wird eine nicht ausgerichtete Sequenz aus dem Kernwahrscheinlichkeitsmodell abgetastet
bedeutet, dass jede Sequenz aus einer Domäne voller Länge besteht. Alternativ mit dem -c
Option können Sie eine einfache Mehrheitsregel-Konsenssequenz ausgeben; oder mit dem -a Option, du
kann eine Ausrichtung ausgeben (in diesem Fall möchten Sie wahrscheinlich auch festlegen). -N zu etwas anderem
als der Standardwert von 1 Sequenz pro Modell).

Als weitere Option mit dem -p Mit dieser Option können Sie eine Sequenz aus einem vollständig konfigurierten Gerät abtasten
HMMER-Suchprofil. Dies bedeutet, dass eine „homologe Sequenz“ nach HMMERs Definition abgetastet wird.
einschließlich nichthomologer flankierender Sequenzen, lokaler Alignments und mehrerer Domänen pro
Reihenfolge abhängig vom Längenmodell und dem für das Profil gewählten Ausrichtungsmodus.

Das hmmdatei kann eine Bibliothek von HMMs enthalten. In diesem Fall wird jedes HMM der Reihe nach verwendet.

kann '-' (Gedankenstrich) sein, was bedeutet, dass diese Eingabe von gelesen wird Standard statt einer Datei.

COMMON OPTIONAL

-h Hilfe; Drucken Sie eine kurze Erinnerung an die Verwendung der Befehlszeile und alle verfügbaren Optionen.

-o Leiten Sie die Ausgabesequenzen in eine Datei , anstatt zu stdout.

-N Stichprobe Sequenzen pro Modell und nicht nur eine.

OPTIONAL STEUERN WAS TO EMITTIEREN

Die Standardeinstellung ist „Sample“. N Sequenzen aus dem Kernmodell. Alternativ können Sie wählen
eine (und nur eine) der folgenden Alternativen.

-a Geben Sie eine Ausrichtung für jedes HMM im aus hmmdatei anstatt unausgerichtete Proben zu nehmen
Sequenzen nacheinander.

-c Geben Sie eine Pluralitätsregel-Konsenssequenz aus, anstatt eine Sequenz aus dem abzutasten
Profil HMMs Wahrscheinlichkeitsverteilung. Die Konsensussequenz wird gebildet durch
Auswählen des Rests mit der maximalen Wahrscheinlichkeit bei jedem Übereinstimmungsstatus.

-C Geben Sie eine ausgefallenere Pluralitätsregel-Konsenssequenz als die aus -c Möglichkeit. Wenn das Maximum
Wahrscheinlichkeitsrest hat p minl zeige es als kleingeschriebenen „beliebigen“ Rest (n oder x); Wenn
p >= minl und minu zeige es als Rest in Kleinbuchstaben; und wenn p >= minu zeig es als
ein Rest in Großbuchstaben. Die Standardeinstellungen von minu und minl sind beide 0.0, was
Mittel -C gibt die gleiche Ausgabe wie -c es sei denn, Sie stellen auch ein minu und minl zu was du
wollen.

-p Probieren Sie nicht ausgerichtete Sequenzen aus dem impliziten Suchprofil aus, nicht aus dem Kern
Modell. Das Kernmodell besteht nur aus den homologen Zuständen (zwischen begin
und Endzustände eines HMMER Plan7-Modells). Das Profil umfasst das nichthomologe N,
C- und J-Zustände, lokale/glokale und Uni/Multihit-Algorithmuskonfiguration und die
Ziellängenmodell. Daher können aus einem Profil abgetastete Sequenzen Folgendes umfassen:
Es gibt sowohl nichthomologe als auch homologe Sequenzen und kann mehr als eine enthalten
homologer Sequenzabschnitt. Standardmäßig befindet sich das Profil im lokalen Multihit-Modus und
Die Zielsequenzlänge ist für L=400 konfiguriert.

OPTIONAL STEUERN AUSGABE AB PROFILE

Für diese Optionen ist es erforderlich, dass Sie Folgendes festgelegt haben -p .

-L Konfigurieren Sie das Zielsequenzlängenmodell des Profils, um eine mittlere Länge von zu generieren
etwa anstelle des Standardwerts von 400.

--lokal
Konfigurieren Sie das Profil für die lokale Multihit-Ausrichtung.

--unilocal
Konfigurieren Sie das Profil für die lokale Unihit-Ausrichtung (Smith/Waterman).

--glocal
Konfigurieren Sie das Profil für die glokale Multihit-Ausrichtung.

--uniglocal
Konfigurieren Sie das Profil für die glokale Unihit-Ausrichtung.

OPTIONAL STEUERN SCHICK KONSENS AUSGABE

Für diese Optionen ist es erforderlich, dass Sie Folgendes festgelegt haben -C zu erhalten.

--minl
Stellt das ein minl Schwellenwert für die Anzeige schwach konservierter Reste als Kleinbuchstaben. (0 <=
x <= 1)

--Minus
Stellt das ein minu Schwellenwert für die Anzeige stark konservierter Reste als Großbuchstaben. (0
<= x <= 1)

anderes OPTIONAL

--Samen
Setzen Sie den Zufallszahlengenerator mit , eine ganze Zahl >= 0. Wenn ist ungleich Null, beliebig
stochastische Simulationen werden reproduzierbar sein; der gleiche Befehl wird das gleiche geben
Ergebnisse. Wenn 0 ist, wird der Zufallszahlengenerator willkürlich gesetzt, und
Stochastische Simulationen variieren von Ausführung zu Ausführung desselben Befehls. Der Standard
ist 0: Verwenden Sie einen beliebigen Startwert, also anders hmmmit Läufe werden unterschiedlich generiert
Proben.

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