idba_hybrid – Online in der Cloud

PROGRAMM:

NAME/FUNKTION

idba_hybrid – Iterativer De-Bruijn-Graph-Assembler für Hybrid-Sequenzierungsdaten

ZUSAMMENFASSUNG

idba_hybrid -r lesen.fa -o Ausgabeverzeichnis [--Hinweis Ref.fa]

BESCHREIBUNG

IDBA-Tran ist ein iterativer De-Bruijn-Graph-De-Novo-Short-Read-Assembler für Transkriptome.
Es handelt sich um einen reinen De-novo-Assembler, der nur auf RNA-Sequenzierungslesungen basiert. IDBA-Tran verwendet lokal
Assemblierung zur Rekonstruktion fehlender k-mers in niedrig exprimierten Transkripten und verwendet sie dann
Progressiver Cutoff bei Contigs, um den Graphen in Komponenten zu unterteilen. Jede Komponente
entspricht in den meisten Fällen einem Gen und enthält nicht viele Transkripte. Eine Heuristik
Anschließend wird ein auf Pair-End-Reads basierender Algorithmus verwendet, um die Isoformen zu finden.

OPTIONAL

-o, --aus arg (=out)
Ausgabe Verzeichnis

-r, --lesen arg
Fasta-Lesedatei (<=128)

--read_level_2 arg
Paired-End liest Fasta für Gerüste der zweiten Ebene

--read_level_3 arg
Paired-End liest Fasta für Gerüste der dritten Ebene

--read_level_4 arg
Paired-End liest Fasta für Gerüste der vierten Ebene

--read_level_5 arg
Paired-End liest Fasta für Gerüste der fünften Ebene

-l, --long_read arg
Fasta lange Lesedatei (>128)

--Hinweis arg
Referenzgenom

--Nerz Argumente (=20)
minimaler k-Wert (<=124)

--maxk Argumente (=100)
maximaler k-Wert (<=124)

--Schritt Argumente (=20)
Inkrement von k-mer jeder Iteration

--inner_mink Argumente (=10)
innerer minimaler k-Wert

--inner_step Argumente (=5)
inneres Inkrement von k-mer

prefix Argumente (=3)
Präfixlänge, die zum Erstellen der Sub-K-Mer-Tabelle verwendet wird

--min_count Argumente (=2)
minimale Multiplizität zum Filtern von k-mer beim Erstellen des Diagramms

--min_support Argumente (=1)
Mindestunterstützung in jeder Iteration

--num_threads Argumente (=0)
Anzahl der Themen

--seed_kmer Argumente (=30)
Saatkilometergröße zur Ausrichtung

--min_contig Argumente (=200)
Mindestgröße des Contigs

--min_region Argumente (=500)
Mindestgröße der Region im Referenzgenom

--ähnlich Argumente (=0.95)
Ähnlichkeit für die Ausrichtung

--max_mismatch Argumente (=3)
maximale Abweichung der Fehlerkorrektur

--min_pairs Argumente (=3)
Mindestanzahl an Paaren

--max_gap Argumente (=50)
maximale Referenzlücke

--no_local
Verwenden Sie keine lokale Assembly

--no_coverage
Iterieren Sie die Abdeckung nicht

--no_correct
Führen Sie keine Korrektur durch

--pre_correction
Führen Sie vor der Montage eine Vorkorrektur durch

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