kmc_tools-complex – Online in der Cloud

PROGRAMM:

NAME/FUNKTION

kmc_tools-complex – komplexe Operationen mit einer Reihe von Eingabedatenbanken

ZUSAMMENFASSUNG

kmc_tools-Komplex

BESCHREIBUNG

Dieser Befehl führt eine Kombination von Operationen aus, wie durch definiert
. Es handelt sich um eine Textdatei mit folgender Syntax:

__________________________________________________________________
|EINGABE: |
| = [Parameter] |
| = [Parameter] |
|... |
| = [Parameter] |
|AUSGABE: |
| = [ [...] |
|[OUTPUT_PARAMS: __|
| ] | /
| | /
|_______________________________________________________________|/

PARAMETER

Eingang1, Eingang2, ... EingangN
Namen der Eingaben, die zum Definieren der Gleichung verwendet werden

input1_db_path, input2_db_path, ... inputN_db_path
Pfade zu k-mers-Sets

Für jeden Eingang gibt es zusätzliche Parameter, die eingestellt werden können:

-ci
k-mers ausschließen, die weniger als auftreten mal

cx
Schließen Sie k-mere aus, die häufiger vorkommen mal

out_db_path
Pfad zur Ausgabedatenbank

ref_input
einer von Eingang1, Eingang2, ..., EingangN

oper
einer von {*,-,~,+}, der sich auf {intersect, kmers_subtract, counters_subtract,
Union}

Der Operator „*“ hat die höchste Priorität. Andere Betreiber haben die gleichen Prioritäten. Die Reihenfolge von
Operationen können mit Klammern geändert werden.

Ausgabeparameter:

-ci
k-mers ausschließen, die weniger als auftreten mal

-cx
Schließen Sie k-mere aus, die häufiger vorkommen mal

-cs
Maximalwert eines Zählers

BEISPIEL

__________________________________________________________________
|EINGABE: |
|set1 = kmc_o1 -ci5 |
|set2 = kmc_o2 |
|set3 = kmc_o3 -ci10 -cx100 __|
|AUSGABE: | /
|result = (set3+set1)*set2 | /
|_______________________________________________________________|/

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