libscane – Online in der Cloud

PROGRAMM:

NAME/FUNKTION

libscan – Diagnose sucht nach Proteinfamilien.

ZUSAMMENFASSUNG

libscan -Modus Liste -Grippe boolean -henik boolean -Hmm boolean -Sam boolean -pssm boolean
-sign boolean -hmmpfad Schnur -hmmextn Schnur -hmmoutpath Schnur -hmmoutextn Schnur
-sampath Schnur -samextn Schnur -samoutpath Schnur -samoutexn Schnur
-pssmpath Schnur -pssmextn Schnur -Salpeter ganze Zahl -dreschen schweben -maxhit ganze Zahl
-pssmoutpath Schnur -pssmoutextn Schnur -gbvpath Schnur -gbvextn Schnur
-gbvgapo schweben -gbvgape schweben -gbvoutpath Schnur -gbvoutextn Schnur
-hnfpath Schnur -hnfextn Schnur -hnfgapo schweben -hnfgape schweben -hnfoutpath Schnur
-hnfoutextn Schnur -sigpath Schnur -signextn Schnur -nterm Liste -sub Matrixf
-siggapo schweben -Siggape schweben -sigoutpath Schnur -sigoutextn Schnur -db Folgesatz
-scopf im Ordner

libscan -Hilfe

BESCHREIBUNG

libscan ist ein Kommandozeilenprogramm von EMBOSS („the European Molecular Biology Open
Software-Suite“). Es ist Teil der Befehlsgruppe(n) "Protein:3D-Struktur".

OPTIONAL

-Modus Liste
libscan läuft in einem von zwei Modi: (i) Datenbanksuchmodus oder (ii) Bibliothek
Bildschirmmodus. Im Datenbanksuchmodus liest libscan jeweils ein oder mehrere Verzeichnisse
Da es nur einen einzelnen Typ eines Unterscheidungselements enthält, sind die zulässigen Typen spärlich
Sequenzsignatur, Gribskov-Profil, Henikoff-Profil oder Hidden-Markov-Modell. In
Bibliotheksbildschirmmodus, libscan liest einen Sequenzsatz und prüft jede Sequenz anhand der
Bibliothek (Verzeichnisse der unterscheidenden Elemente) und schreibt eine Bibliotheksscandatei (von
Familien mit der höchsten Punktzahl) für jede einzelne. Standardwert: 2

-Grippe boolean
Standardwert: N

-henik boolean
Standardwert: N

-Hmm boolean
Standardwert: N

-Sam boolean
Standardwert: N

-pssm boolean
Standardwert: Y

-sign boolean
Standardwert: N

-hmmpfad Schnur
Standardwert: ./lib/

-hmmextn Schnur
Standardwert: .hmm

-hmmoutpath Schnur
Standardwert: ./

-hmmoutextn Schnur
Standardwert: .hmmout

-sampath Schnur
Standardwert: ./

-samextn Schnur
Standardwert: .mod

-samoutpath Schnur
Standardwert: ./

-samoutexn Schnur
Standardwert: .samout

-pssmpath Schnur
Standardwert: /data/structure/lib/pssm/

-pssmextn Schnur
Standardwert: .chk

-Salpeter ganze Zahl
Standardwert: 1

-dreschen schweben
Standardwert: 100

-maxhit ganze Zahl
Standardwert: 1000

-pssmoutpath Schnur
Standardwert: ./

-pssmoutextn Schnur
Standardwert: .pssmout

-gbvpath Schnur
Standardwert: ./

-gbvextn Schnur
Standardwert: .grib

-gbvgapo schweben
Standardwert: 10.0

-gbvgape schweben
Standardwert: 0.5

-gbvoutpath Schnur
Standardwert: ./

-gbvoutextn Schnur
Standardwert: .gribout

-hnfpath Schnur
Standardwert: ./

-hnfextn Schnur
Standardwert: .henik

-hnfgapo schweben
Standardwert: 10.0

-hnfgape schweben
Standardwert: 0.5

-hnfoutpath Schnur
Standardwert: ./

-hnfoutextn Schnur
Standardwert: .henikout

-sigpath Schnur
Standardwert: ./

-signextn Schnur
Standardwert: .sig

-nterm Liste
Standardwert: 1

-sub Matrixf
Standardwert: EBLOSUM62

-siggapo schweben
Standardwert: 10.0

-Siggape schweben
Standardwert: 0.5

-sigoutpath Schnur
Standardwert: ./

-sigoutextn Schnur
Standardwert: .sigout

-db Folgesatz
Im Datenbanksuchmodus scannt libscan jedes Unterscheidungselement anhand einer Sequenz
Satz. Im Bibliotheksbildschirmmodus liest libscan einen Sequenzsatz und überprüft jede Sequenz
gegen die Bibliothek (Verzeichnisse der unterscheidenden Elemente) Standardwert: 49142.vdhf

-scopf im Ordner
In beiden Modi ist eine „Scop-Klassifizierungsdatei“ als Familienquelle erforderlich
Klassifizierungsdaten. Eine Scop-Klassifizierungsdatei enthält Klassifizierungs- und andere Daten
für Domains aus der Scop-Datenbank. Die Datei hat ein Embl-ähnliches Format und wird generiert
von scopparse. Mit scopseqs können der Datei Informationen zur Domänensequenz hinzugefügt werden.
Standardwert: /data/structure/dcf/scop_raw.dcf

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