mia-2dmyoset-all2one-nonrigid – Online in der Cloud

PROGRAMM:

NAME/FUNKTION

mia-2dmyoset-all2one-nonrigid – Nichtlineare Registrierung einer Reihe von 2D-Bildern.

ZUSAMMENFASSUNG

mia-2dmyoset-all2one-nonrigid -i -o [Optionen]

BESCHREIBUNG

mia-2dmyoset-all2one-nonrigid Dieses Programm führt eine nicht starre Registrierung einer Reihe von aus
Bilder, die in einem Bildsatz enthalten sind. Alle Bilder werden unter einer benutzerdefinierten Referenz registriert
Bild.

OPTIONAL

Datei-IO
-i --in-file=(Eingabe, erforderlich); Schnur
Eingabe Perfusionsdatensatz

-o --out-file=(Ausgabe, erforderlich); Schnur
Ausgabe Perfusionsdatensatz

--out-filebase=reg
Dateiname basiert auf registrierten Dateien, der Dateityp wird vom Bild abgeleitet
Dateityp im Eingabedatensatz.

Registrierung:
-k --skip=0
Überspringen Sie Bilder am Anfang der Serie. Überspringen Sie Bilder am Anfang von
die Serie

-O --optimizer=gsl:opt=gd,step=0.1
Zur Minimierung verwendeter Optimierer

-l --mg-level=3
Stufen mit mehreren Auflösungen Stufen mit mehreren Auflösungen

-f --transForm=Spline
TransformationstypTransformationstyp Für unterstützte Plugins siehe
PLUGINS:2dimage/transform

-r --ref=-1
Referenzrahmen (-1 == Bild in der Mitte verwenden)Referenzrahmen (-1 == Verwendung
Bild in der Mitte)

Hilfe & Info
-V --verbose=Warnung
Ausführlichkeit der Ausgabe, Ausgabe von Nachrichten mit gegebenem Level und höheren Prioritäten.
Unterstützte Prioritäten beginnend auf der niedrigsten Ebene sind:
Info - Low-Level-Meldungen
Spur - Funktionsaufruf-Trace
scheitern ‐ Testfehler melden
Warnung - Warnungen
Fehler - Fehler melden
debuggen - Debug-Ausgabe
Nachricht - Normale Nachrichten
tödlich - Nur schwerwiegende Fehler melden

--Urheberrechte ©
Copyright-Informationen drucken

-h - Hilfe
diese Hilfe ausdrucken

-? --Verwendungszweck
eine kurze Hilfe ausdrucken

--Version
Versionsnummer drucken und beenden

In Bearbeitung
--threads=-1
Maximale Anzahl von Threads, die für die Verarbeitung verwendet werden sollen. Diese Anzahl sollte niedriger sein
oder gleich der Anzahl der logischen Prozessorkerne in der Maschine. (-1:
automatische Schätzung). Maximale Anzahl von Threads, die für die Verarbeitung verwendet werden sollen
Anzahl sollte kleiner oder gleich der Anzahl der logischen Prozessorkerne sein
Die Maschine. (-1: automatische Schätzung).

PLUGINS: 1d/splinebc

Spiegel Spline-Interpolations-Randbedingungen, die an der Grenze spiegeln

(keine Parameter)

wiederholen Spline-Interpolation-Randbedingungen, die den Wert an der Grenze wiederholen

(keine Parameter)

Null Spline-Interpolations-Randbedingungen, die Null für Werte außerhalb annehmen

(keine Parameter)

PLUGINS: 1d/Splinekernel

bSpline B-Spline-Kernel-Erstellung, unterstützte Parameter sind:

d = 3; Ganzzahl in [0, 5]
Spline-Grad.

omms OMoms-spline-Kernel-Erstellung, unterstützte Parameter sind:

d = 3; Ganzzahl in [3, 3]
Spline-Grad.

PLUGINS: 2D-Bild/Kosten

Inc lokale normalisierte Kreuzkorrelation mit Maskierungsunterstützung., unterstützte Parameter
sind:

w = 5; uint in [1, 256]
halbe Breite des Fensters zur Auswertung des lokalisierten Kreuzes
Korrelation.

lsd Abstandsmaß der kleinsten Quadrate

(keine Parameter)

mi Gegenseitige Information auf Spline-Parzen-Basis., unterstützte Parameter sind:

Ausschneiden = 0; schweben in [0, 40]
Prozentsatz der Pixel, die bei hoher und niedriger Intensität entfernt werden sollen
Ausreißer.

mbins = 64; uint in [1, 256]
Anzahl der Histogramm-Bins, die für das Bewegtbild verwendet werden.

Kernel = [bspline:d=3]; Fabrik
Spline-Kernel für das Parzen-Hinstogramm für bewegte Bilder. Für unterstützte Plug-Ins
siehe PLUGINS:1d/splinekernel

rbins = 64; uint in [1, 256]
Anzahl der Histogramm-Bins, die für das Referenzbild verwendet werden.

Kernel = [bspline:d=0]; Fabrik
Spline-Kernel für Referenzbildparzen-Hinstogramm. Für unterstützte Stecker-
ins siehe PLUGINS:1d/splinekernel

nCC normalisierte Kreuzkorrelation.

(keine Parameter)

ngf Diese Funktion bewertet die Bildähnlichkeit basierend auf dem normalisierten Gradienten
Felder. Es stehen verschiedene Evaluierungskerne zur Verfügung. Unterstützte Parameter sind:

eval = ds; diktieren
Plugin-Untertyp. Unterstützte Werte sind:
sq ‐ Quadrat der Differenz
ds ‐ Quadrat der skalierten Differenz
Punkt ‐ Skalarproduktkern
überqueren ‐ produktübergreifender Kernel

SSD 2D-Bildkosten: Summe der quadrierten Differenzen, unterstützte Parameter sind:

autothresh = 0; schweben in [0, 1000]
Verwenden Sie die automatische Maskierung des bewegten Bildes, indem Sie nur Intensitätswerte nehmen
berücksichtigen, die größer als der angegebene Schwellenwert sind.

Norm = 0; bool
Legen Sie fest, ob die Metrik durch die Anzahl der Bildpixel normalisiert werden soll.

SSD-Automask
2D-Bildkosten: Summe der quadrierten Differenzen, mit Automaskierung basierend auf Vorgabe
Schwellenwerte, unterstützte Parameter sind:

rthresh = 0; doppelt
Intensitätsschwellenwert für Referenzbild.

sthresch = 0; doppelt
Intensitätsschwellenwert für Quellbild.

PLUGINS: 2D-Bild/Vollkosten

Image Verallgemeinerte Bildähnlichkeitskostenfunktion, die auch Mehrfachauflösungen handhabt
wird bearbeitet. Das tatsächliche Ähnlichkeitsmaß wird als zusätzlicher Parameter angegeben.,
unterstützte Parameter sind:

kosten = SSD; Fabrik
Kostenfunktionskernel. Für unterstützte Plug-Ins siehe PLUGINS:2dimage/cost

debuggen = 0; bool
Speichern Sie Zwischenergebnisse zum Debuggen.

ref =(Eingabe, Zeichenfolge)
Referenzbild.

src =(Eingabe, Zeichenfolge)
Bild studieren.

Gewicht = 1; schweben
Gewicht der Kostenfunktion.

Labelimage
Ähnlichkeitskostenfunktion, die Labels von zwei Bildern abbildet und Label-
Beibehaltung der Verarbeitung mit mehreren Auflösungen., unterstützte Parameter sind:

debuggen = 0; Ganzzahl in [0, 1]
Schreiben Sie die Abstandstransformationen in ein 3D-Bild.

maxlabel = 256; Ganzzahl in [2, 32000]
maximale Anzahl der zu berücksichtigenden Etiketten.

ref =(Eingabe, Zeichenfolge)
Referenzbild.

src =(Eingabe, Zeichenfolge)
Bild studieren.

Gewicht = 1; schweben
Gewicht der Kostenfunktion.

maskiertes Bild
Verallgemeinerte maskierte Bildähnlichkeitskostenfunktion, die auch mehrere
Auflösung verarbeiten. Die mitgelieferten Masken sollten dicht gefüllte Bereiche in
Multi-Resolution-Verarbeitung, da sonst die Maskeninformationen verloren gehen können
beim Verkleinern des Bildes. Die Referenzmaske und die transformierte Maske des
Studienbild werden durch binäres UND kombiniert. Das tatsächliche Ähnlichkeitsmaß ist angegeben
es zusätzlicher Parameter., unterstützte Parameter sind:

kosten = SSD; Fabrik
Kostenfunktionskernel. Für unterstützte Plug-Ins siehe
PLUGINS: 2dimage/maskedcost

ref =(Eingabe, Zeichenfolge)
Referenzbild.

Ref-Maske =(Eingabe, Zeichenfolge)
Referenzbildmaske (binär).

src =(Eingabe, Zeichenfolge)
Bild studieren.

src-Maske =(Eingabe, Zeichenfolge)
Bildmaske studieren (binär).

Gewicht = 1; schweben
Gewicht der Kostenfunktion.

PLUGINS: 2dbild/io

bmp Unterstützung für BMP 2D-Bildeingabe/-ausgabe

Erkannte Dateierweiterungen: .BMP, .bmp

Unterstützte Elementtypen:
Binärdaten, unsigned 8 bit, unsigned 16 bit

Datenpool Virtuelle IO zum und vom internen Datenpool

Erkannte Dateierweiterungen: .@

Dicom 2D-Bild io für DICOM

Erkannte Dateierweiterungen: .DCM, .dcm

Unterstützte Elementtypen:
16 Bit mit Vorzeichen, 16 Bit ohne Vorzeichen

exr ein 2dimage io-Plugin für OpenEXR-Bilder

Erkannte Dateierweiterungen: .EXR, .exr

Unterstützte Elementtypen:
32 Bit ohne Vorzeichen, 32 Bit Fließkomma

jpg ein 2dimage io-Plugin für JPEG-Graustufenbilder

Erkannte Dateierweiterungen: .JPEG, .JPG, .jpeg, .jpg

Unterstützte Elementtypen:
vorzeichenlose 8-Bit

png ein 2dimage io-Plugin für PNG-Bilder

Erkannte Dateierweiterungen: .PNG, .png

Unterstützte Elementtypen:
Binärdaten, unsigned 8 bit, unsigned 16 bit

roh Unterstützung für RAW 2D-Bildausgabe

Erkannte Dateierweiterungen: .RAW, .raw

Unterstützte Elementtypen:
Binärdaten, Vorzeichen 8 Bit, Vorzeichen 8 Bit, Vorzeichen 16 Bit, Vorzeichen 16 Bit,
32 Bit mit Vorzeichen, 32 Bit ohne Vorzeichen, 32 Bit Fließkomma, 64 Bit Fließkomma
Bit

tif Unterstützung für TIFF 2D-Bildeingabe/-ausgabe

Erkannte Dateierweiterungen: .TIF, .TIFF, .tif, .tiff

Unterstützte Elementtypen:
Binärdaten, unsigned 8 bit, unsigned 16 bit, unsigned 32 bit

Aussicht ein 2dimage io-Plugin für Vista-Bilder

Erkannte Dateierweiterungen: .V, .VISTA, .v, .vista

Unterstützte Elementtypen:
Binärdaten, Vorzeichen 8 Bit, Vorzeichen 8 Bit, Vorzeichen 16 Bit, Vorzeichen 16 Bit,
32 Bit mit Vorzeichen, 32 Bit ohne Vorzeichen, 32 Bit Fließkomma, 64 Bit Fließkomma
Bit

PLUGINS: 2D-Bild/maskierte Kosten

Inc lokale normalisierte Kreuzkorrelation mit Maskierungsunterstützung., unterstützte Parameter
sind:

w = 5; uint in [1, 256]
halbe Breite des Fensters zur Auswertung des lokalisierten Kreuzes
Korrelation.

mi Spline-parzen-basierte gegenseitige Informationen mit Maskierung., unterstützte Parameter sind:

Ausschneiden = 0; schweben in [0, 40]
Prozentsatz der Pixel, die bei hoher und niedriger Intensität entfernt werden sollen
Ausreißer.

mbins = 64; uint in [1, 256]
Anzahl der Histogramm-Bins, die für das Bewegtbild verwendet werden.

Kernel = [bspline:d=3]; Fabrik
Spline-Kernel für das Parzen-Hinstogramm für bewegte Bilder. Für unterstützte Plug-Ins
siehe PLUGINS:1d/splinekernel

rbins = 64; uint in [1, 256]
Anzahl der Histogramm-Bins, die für das Referenzbild verwendet werden.

Kernel = [bspline:d=0]; Fabrik
Spline-Kernel für Referenzbildparzen-Hinstogramm. Für unterstützte Stecker-
ins siehe PLUGINS:1d/splinekernel

nCC normalisierte Kreuzkorrelation mit Maskierungsunterstützung.

(keine Parameter)

SSD Summe der quadrierten Differenzen mit Maskierung.

(keine Parameter)

PLUGINS: 2D-Bild/Transformieren

verfeinert Affine Transformation (sechs Freiheitsgrade). Unterstützte Parameter sind:

grenzenlos = Spiegel; Fabrik
Randbedingungen der Bildinterpolation. Für unterstützte Plug-Ins siehe
PLUGINS:1d/splinebc

imgkernel = [bspline:d=3]; Fabrik
Kernel des Bildinterpolators. Für unterstützte Plug-Ins siehe
PLUGINS:1d/splinekernel

starr Starre Transformationen (dh Rotation und Translation, drei Grad von
Freiheit). unterstützte Parameter sind:

grenzenlos = Spiegel; Fabrik
Randbedingungen der Bildinterpolation. Für unterstützte Plug-Ins siehe
PLUGINS:1d/splinebc

imgkernel = [bspline:d=3]; Fabrik
Kernel des Bildinterpolators. Für unterstützte Plug-Ins siehe
PLUGINS:1d/splinekernel

Rot-Zentrum = [[0,0]]; 2dfvektor
Relatives Drehzentrum, dh <0.5,0.5> entspricht dem Zentrum des
Rechteck unterstützen.

Drehung Rotationstransformationen (dh Rotation um ein gegebenes Zentrum, ein Grad von
Freiheit). unterstützte Parameter sind:

grenzenlos = Spiegel; Fabrik
Randbedingungen der Bildinterpolation. Für unterstützte Plug-Ins siehe
PLUGINS:1d/splinebc

imgkernel = [bspline:d=3]; Fabrik
Kernel des Bildinterpolators. Für unterstützte Plug-Ins siehe
PLUGINS:1d/splinekernel

Rot-Zentrum = [[0,0]]; 2dfvektor
Relatives Drehzentrum, dh <0.5,0.5> entspricht dem Zentrum des
Rechteck unterstützen.

Spline Freiformtransformation, die durch einen Satz von B-Spline-Koeffizienten beschrieben werden kann
und einem zugrunde liegenden B-Spline-Kernel., unterstützte Parameter sind:

anisorieren = [[0,0]]; 2dfvektor
anisotrope Koeffizientenrate in Pixeln, nicht positive Werte werden
überschrieben durch den 'Rate'-Wert..

grenzenlos = Spiegel; Fabrik
Randbedingungen der Bildinterpolation. Für unterstützte Plug-Ins siehe
PLUGINS:1d/splinebc

imgkernel = [bspline:d=3]; Fabrik
Kernel des Bildinterpolators. Für unterstützte Plug-Ins siehe
PLUGINS:1d/splinekernel

Kern = [bspline:d=3]; Fabrik
Transformation Spline-Kernel.. Für unterstützte Plug-Ins siehe
PLUGINS:1d/splinekernel

Strafe = ; Fabrik
Begriff der Transformationsstrafe. Für unterstützte Plug-Ins siehe
PLUGINS: 2dtransform/splinepenalty

Rate = 10; schweben in [1, inf)
isotrope Koeffizientenrate in Pixeln.

Übersetzen Nur Translation (zwei Freiheitsgrade), unterstützte Parameter sind:

grenzenlos = Spiegel; Fabrik
Randbedingungen der Bildinterpolation. Für unterstützte Plug-Ins siehe
PLUGINS:1d/splinebc

imgkernel = [bspline:d=3]; Fabrik
Kernel des Bildinterpolators. Für unterstützte Plug-Ins siehe
PLUGINS:1d/splinekernel

vf Dieses Plug-in implementiert eine Transformation, die für jedes eine Übersetzung definiert
Punkt des Gitters, der den Bereich der Transformation definiert., unterstützt
Parameter sind:

grenzenlos = Spiegel; Fabrik
Randbedingungen der Bildinterpolation. Für unterstützte Plug-Ins siehe
PLUGINS:1d/splinebc

imgkernel = [bspline:d=3]; Fabrik
Kernel des Bildinterpolators. Für unterstützte Plug-Ins siehe
PLUGINS:1d/splinekernel

PLUGINS: 2dTransform/Spline-Penalty

divcurl divcurl-Strafe für die Transformation, unterstützte Parameter sind:

curl = 1; schweben in [0, inf)
Strafgewicht auf Curl.

div = 1; schweben in [0, inf)
Strafgewicht bei Abweichung.

Norm = 0; bool
Auf 1 setzen, wenn die Strafe in Bezug auf das Bild normalisiert werden soll
Größe.

Gewicht = 1; einschwimmen (0, inf)
Gewicht der Strafenergie.

BEISPIEL

Registrieren Sie die in segment.set angegebene Perfusionsreihe durch Optimierung auf Spline-Basis
Transformation mit einer Koeffizientenrate von 16 Pixeln unter Verwendung gegenseitiger Information und Bestrafung
die Transformation unter Verwendung von divcurl mit einer Gewichtung von 2.0.

mia-2dmyoset-all2one-nonrigid -i segment.set -o registriert.set
-f spline:rate=16,penalty=[divcurl:weight=2.0] image:cost=mi,weight=2.0

AUTOR(n)

Gert Wollny

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