mincstats – Online in der Cloud

PROGRAMM:

NAME/FUNKTION

mincstats – Berechnen Sie einfache Statistiken über Voxel einer Minc-Datei

ZUSAMMENFASSUNG

mincstats [ ] .mnc

BESCHREIBUNG

Mincstats berechnet einfache statistische Maße über alle Voxel einer Minc-Datei.
Beachten Sie, dass es sich hierbei um globale statistische Maße und nicht um Voxel-für-Voxel-Maße handelt (siehe
Mincaverage dafür). Standardmäßig werden alle Statistiken berechnet. Wenn es Statistiken gibt
über eine Befehlszeilenoption angefordert werden, werden nur die angeforderten Statistiken gedruckt.

Eine sehr nützliche Funktion dieses Programms ist die Möglichkeit, die Menge der Voxel einzuschränken
in die statistische Berechnung einbezogen werden, entweder durch Einschränkung des Bereichs der einbezogenen Werte,
oder durch Verwendung einer Maskendatei mit eingeschränktem Bereich. Mehrere Bereiche für die Eingabedatei oder
Es kann eine Maskendatei angegeben werden. Für jeden Bereich der enthaltenen Volumenwerte und für jeden Bereich
der Maskenwerte werden die relevanten Statistiken ausgedruckt (n*m Werte, wobei n die Zahl ist).
der Volumenbereiche und m die Anzahl der Maskenbereiche). Diese Berechnungen werden in einem einzigen Schritt durchgeführt
Durchlaufen Sie die Daten, sodass die Angabe mehrerer Bereiche viel schneller ist als die Ausführung
Programm wiederholt. Dies ist sehr hilfreich, wenn Sie viele regionale Durchschnittswerte mit a berechnen
VOI-Maskenvolumen.

Besondere Erwähnung verdienen Histogramme und damit verbundene statistische Maße. Der
Der Standardbereich des Histogramms reicht vom kleinsten bis zum größten Wert in der Datei. In
der nicht ungewöhnliche, aber besondere Fall, wenn die Anzahl der Histogramm-Bins genau mit der übereinstimmt
Anzahl der möglichen Werte in der Datei (z. B. 256 Bins für Vollbereichs-Byte-Daten), die
Bei Verwendung des Standard-Histogrammbereichs kann das Histogramm einige seltsame Merkmale aufweisen. Das
entsteht durch die Diskretisierung der Daten, die dann in eine kleine Gruppe umgegliedert werden
Nicht übereinstimmendes Histogramm. Für das Beispiel von Byte-Daten sollten die Werte 256 verwendet werden
Bins und einen Histogrammbereich, der sich um eine halbe Bin unterhalb des kleinsten Werts und eine halbe Bin erstreckt
über dem Größten. Option nutzen -discrete_histogram um dies automatisch zu ermitteln oder zu verwenden
-integer_histogram um Bins mit Einheitsbreite zu haben, wenn die Eingabedaten von Natur aus ganzzahlig sind
(z. B. Etikettendaten). Generell sollte man beim Rebinning von Diskretisierten vorsichtig sein
Daten in ein Histogramm mit einer Bin-Größe, die nahe am Diskretisierungsgrad liegt.

OPTIONAL

Beachten Sie, dass Optionen in abgekürzter Form angegeben werden können (sofern sie eindeutig sind) und
kann an einer beliebigen Stelle in der Befehlszeile angegeben werden. Die Reihenfolge, in der die Statistiken gedruckt werden
sind immer gleich, unabhängig von der Reihenfolge, in der sie auf der angefordert werden
Befehlszeile

Allgemeines Optionen

-Klamotten
Überschreiben Sie eine vorhandene Datei.

-noklobber
Überschreiben Sie keine vorhandene Datei (Standard).

-verbose
Drucken Sie zusätzliche Informationen aus (mehr als die Standardeinstellung).

-ruhig Drucken Sie nur die angeforderten Nummern aus

-max_buffer_size_in_kb Größe
Geben Sie die maximale Größe der internen Puffer an (in kByte). Der Standardwert ist 4 MB.

Ungültig Wert Optionen

-ignore_nan
Schließen Sie ungültige Werte (außerhalb des gültigen Bereichs) von statistischen Berechnungen aus. Das ist
der Standard.

-include_nan
Behandeln Sie ungültige Werte als Nullen und beziehen Sie sie in statistische Berechnungen ein.

-replace_nan Wert
Ersetzen Sie ungültige Werte durch den angegebenen Wert und fügen Sie den neuen Wert ein
statistische Berechnungen.

Volume Angebot Optionen

-Fußboden min1,min2, ...
Durch Kommas getrennte Liste der Untergrenzen für Datenbereiche, die in die Statistik einbezogen werden sollen
Berechnung.

-Decke max1,max2, ...
Durch Kommas getrennte Liste der Obergrenzen für Datenbereiche, die in die Statistik einbezogen werden sollen
Berechnung.

-Angebot min1,max1,min2,max2, ...
Durch Kommas getrennte Liste der Unter- und Obergrenzen für die einzubeziehenden Datenbereiche
statistische Berechnung.

-binwert val1,val2, ...
Durch Kommas getrennte Liste ganzzahliger Werte, die in die Statistikberechnung einbezogen werden sollen. Eine Reihe
Um jeden angegebenen Wert herum ist ein Wert von +/- 0.5 definiert.

-Maske Dateiname.mnc
Name der Datei, die zum Maskieren von Daten verwendet werden soll, die in die Statistikberechnung einbezogen werden. Für
Damit dies wirksam wird, müssen Sie einen Maskenbereich mit einem der folgenden Elemente angeben
Optionen.

-mask_floor min1,min2,...:
Like -Fußboden, aber auf die Maskendatei angewendet.

-mask_ceil max1,max2, ...
Like -Decke, aber auf die Maskendatei angewendet.

-mask_range min1,max1,min2,max2, ...
Like -Angebot, aber auf die Maskendatei angewendet.

-mask_binvalue val1,val2, ...
Like -binwert, aber auf die Maskendatei angewendet.

Histogramm Optionen

-Histogramm Dateinamen
Geben Sie den Namen einer Datei an, in die das Histogramm geschrieben wird. Wenn mehrere Bereiche
oder Maskenbereiche angegeben werden, dann werden alle Histogramme in diese Datei geschrieben,
durch Leerzeilen getrennt. Informationen, die jedes Histogramm beschreiben, werden zuvor geschrieben
Geben Sie es in Zeilen ein, die mit dem Rautezeichen (Pfund) beginnen. Diese Dateien können geladen werden
in gnuplot.

-hist_bins Anzahl der Behälter
Geben Sie die Anzahl der Bins im Histogramm an.

-Behälter Anzahl der Behälter
Synonym für -hist_bins.

-hist_floor Min.
Geben Sie die Untergrenze für das Histogramm an.

-hist_ceil max
Geben Sie die Obergrenze für das Histogramm an.

-hist_range Min. max
Geben Sie einen Bereich für das Histogramm an

-integer_histogram
Erstellen Sie Bins mit Einheitsbreite, zentriert um ganzzahlige Werte. Dies ist nützlich für
Ganzzahlige Daten wie Beschriftungen. Der Histogrammbereich wird auf die nächste ganze Zahl gerundet.
dann wird der Mindestwert gesenkt und der Höchstwert um 0.5 erhöht. Es wird die Anzahl der Behälter genommen
als Differenz dieser beiden Werte. Beachten Sie, dass zum Minimum und 0.01 addiert werden
vom Maximum vor der Rundung abgezogen, um sicherzustellen, dass a
Der korrekt angegebene Bereich (z. B. [0.5,255.5]) bleibt erhalten. Wenn du haben willst
Bei ganzzahligen Bins, die breiter als eins sind, müssen Sie den Histogrammbereich berechnen
Geben Sie die Anzahl der Behälter selbst ein und nutzen Sie diese Option nicht.

-discrete_histogram
Versuchen Sie, das Histogramm an die Diskretisierung der Eingabedaten anzupassen. Das ist
geeignet für kontinuierliche Daten, die in einer Ganzzahldarstellung gespeichert sind und
wenn eine Bin-Breite nahe der Diskretisierung gewünscht ist. Das ist ähnlich
-integer_histogram, außer dass der Histogrammbereich zuerst in Voxel konvertiert wird
Werte, die auf beiden Seiten gerundet und um ein halbes Bin erweitert werden. Dieses neue Voxel
Der Bereich wird dann wieder in reale Werte umgewandelt. Als Anzahl der Behälter wird angenommen
Unterschied im Voxelwertebereich. Beachten Sie, dass Variationen dadurch nicht berücksichtigt werden
Bei der Slice-zu-Slice-Skalierung können daher immer noch seltsame Histogrammeffekte auftreten. Diese Option ist
soll ein ähnliches Verhalten wie von ergeben volume_stats.

-int_max_bins Anzahl der Behälter
Geben Sie das größte Histogramm an, dessen Größe automatisch mit den oben genannten Optionen angepasst werden kann
Optionen. Das Limit verhindert die versehentliche Erstellung großer Histogramme. Diese Option
das alte ersetzt -max_bins Option in MINC 1.1.

Basic Statistiken

-alles Berechnen Sie alle statistischen Maße. Dies ist die Standardeinstellung.

-keiner Synonym für -Anzahl (wegen der Ähnlichkeit mit volume_stats). Beachten Sie, dass dies zwar der Fall war
notwendig für volume_stats, es ist hier nicht erforderlich, da keines davon angegeben wird
Optionen werden automatisch deaktiviert -alles

-Anzahl Zählen Sie die Anzahl der Voxel, die innerhalb des Bereichs und der Maske liegen.

-Prozent
Drucken Sie den Prozentsatz der Voxel innerhalb des Bereichs und der Maske

-Volumen
Drucken Sie das Volumen der Voxel innerhalb des Bereichs und der Maske (in mm-Würfel).

-Mindest Drucken Sie den Mindestwert aus.

-max Drucken Sie den Maximalwert aus.

-Summe Drucken Sie die Summe aller Werte aus.

-sum2 Drucken Sie die Summe der Quadrate aller Werte aus.

-bedeuten Drucken Sie den Mittelwert aus.

-Varianz
Drucken Sie die Varianz aus.

-stddev
Drucken Sie die Standardabweichung aus.

-Schiefe
Drucken Sie die Beispielschiefe (3. Moment) aus.

-kurtosis
Drucken Sie das Beispiel Kurtosis (4. Moment) aus.

-CoM Drucken Sie den Schwerpunkt aus. Sowohl die Voxelkoordinate als auch die Weltkoordinaten sind
gedruckt. Die Voxelkoordinaten werden in Dateireihenfolge gedruckt, während die Welt
Koordinaten werden in x-, y- und z-Reihenfolge gedruckt.

-mit Synonym für -CoM.

-world_only
Geben Sie den Schwerpunkt nur in Weltkoordinaten aus.

Histogramm Statistiken

Beachten Sie, dass Histogrammstatistiken ausschließlich aus der Histogrammanzahl und dem Bin abgeleitet werden
Zentren, daher stimmen Ergebnisse wie der Median nicht genau mit dem wahren Wert für überein
alle enthaltenen Voxel. Beispielsweise kann der Fehler des Medians bis zu einem halben Bin betragen
Breite. Wenn außerdem der Histogrammbereich kleiner ist als der der enthaltenen Voxel, dann
Das Ergebnis gilt nur für Voxel, die im Histogramm enthalten sind.

-hist_count
Anzahl der Voxel im Histogramm drucken. Dies kann von der Anzahl abweichen
eingeschlossene und maskierte Voxel, wenn der Histogrammbereich kleiner als der Bereich des ist
enthaltene Daten.

-hist_percent
Prozentsatz der im Histogramm enthaltenen Voxel drucken.

-Median
Drucken Sie den Histogramm-Median aus.

-mehrheitlich
Drucken Sie die Bin-Mitte (Intensitätswert) für die Bin mit den meisten Zählungen aus.

-biModalT
Drucken Sie den bimodalen Schwellenwert aus, der das Volumen in zwei Klassen unterteilt. Die Standardeinstellung ist
um die Otsu-Methode zu verwenden (siehe Optionen unten)

-otsu Verwenden Sie die in Otsu N, „A Threshold Selection Method from Grey-level“ beschriebene Methode
Histograms“, IEEE Trans on Systems, Man and Cybernetics. 1979, 9:1; 62-66 to
Berechnen Sie den Schwellenwert

-Kittler
Verwenden Sie den Kittler&Illingworth '86-Algorithmus, um den bimodalen Schwellenwert zu berechnen.
Kittler, J. & Illingworth J., „Minimum Error Thresholding“, Mustererkennung,
Bd. 19, S. 41-47, 1986.

-kapur Verwenden Sie Kapur et al. '85-Algorithmus zur Berechnung des bimodalen Schwellenwerts. Kapur,
Sahoo & Wong „Eine neue Methode zur Graustufen-Bildschwellenwertbildung unter Verwendung der Entropie von
das Histogramm“, Computer Vision, Graphics, and Image Processing, Bd. 29, S
273-285, 1985.

-einfach
Verwenden Sie einen einfachen Mittelwertalgorithmus, um den bimodalen Schwellenwert zu berechnen. Das ist mehr
rechenintensiver als einige der Alternativen und scheint dies nicht zu tun
gut gemacht. Aber es scheint robuster zu sein als einige der anderen Methoden.

-pctT Drucken Sie den Schwellenwert aus, der für einen bestimmten kritischen Prozentsatz des Histogramms erforderlich ist.

-Entropie
Drucken Sie die Shannon-Entropie aus.

H(x) = - Summe(P(i) * log2(P(i))

wobei P(i) die Bin-Wahrscheinlichkeit ist

Generisch Optionen für alle Befehle:

-Hilfe Zusammenfassung der Befehlszeilenoptionen drucken und beenden.

-Ausführung
Geben Sie die Versionsnummer des Programms aus und beenden Sie das Programm.

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