miniasm - Online in der Cloud

PROGRAMM:

NAME/FUNKTION

miniasm – De-novo-Assembler für lange Lesesequenzen

ZUSAMMENFASSUNG

Miniasmus [-b12V] [-m minMatch] [-i minIden] [-s minSpan] [-c minCov] [-o minOvlp] [-h
maxHang] [-I intThres] [-g maxGapDiff] [-d maxBubDist] [-e minUtgSize] [-f readFile] [-n
nRunden] [-r dropRatio] [-F finalDropRatio] [-p AusgabeInfo] Mapping.paf > Ausgabe.gfa

BESCHREIBUNG

Miniasm ist ein sehr schneller OLC-basierter De-novo-Assembler für laute lange Lesevorgänge. Es braucht alles gegen
Alle lesen Selbstzuordnungen im PAF-Format als Eingabe und geben einen Assemblergraphen im GFA aus
Format. Anders als Mainstream-Assembler gibt es bei Miniasm keinen Konsensschritt. Es
Verkettet einfach Teile von Lesesequenzen, um die endgültigen Einheitssequenzen zu generieren. Daher
Die Fehlerrate pro Basis ist ähnlich wie bei den Roheingabe-Lesevorgängen.

OPTIONAL

Vorauswahl Optionen
-m INT Drop-Mappings mit weniger als INT passende Basen (Spalte 10 in PAF) [100]. Das
Option hat die gleiche Rolle wie -L der Minikarte.

-s INT Drop-Mappings kürzer als INT-bp [1000]. Diese Option betrifft auch die zweite
Runde Lesefilterung und minimale Überlappungslänge.

-i FLOAT Ignorieren Sie bei der Lesefilterung die Zuordnungen mit den folgenden Spalten col10/col11 FLOAT [0.05].
Für Leseüberschneidungen werden weiterhin ignorierte Zuordnungen verwendet.

-c INT Minimale Abdeckung durch andere Lesevorgänge [3]. In der ersten Filterrunde Miniasmus
findet die längste Region, die von abgedeckt wird INT oder mehr Lesungen. In der zweiten Runde ging es
Darüber hinaus muss jede verbleibende Basis abgedeckt werden INT Basen zumindest
minSpan/2 von den Enden anderer Lesevorgänge.

Überlappende Optionen
-o INT Minimale Überlappungslänge [wie minSpan]

-h INT Maximale Überhanglänge [1000]. Ein Überhang ist eine nicht kartierte Region, die vorhanden sein sollte
bei tatsächlicher Überlappung oder tatsächlicher Eindämmung kartiert werden. Wenn der Überhang zu lang ist,
Die Zuordnung wird als interne Übereinstimmung betrachtet und ignoriert.

-I FLOAT Minimales Verhältnis von Mapping-Länge zu Mapping+Überhanglänge für ein Mapping
als Eindämmung oder Überlappung betrachtet [0.8]. Diese Option hat eine ähnliche Funktion wie
-h, außer dass es das Verhältnis steuert, nicht die Länge.

Graph Layout Optionen
-g INT Maximale Lückenunterschiede zwischen zwei Lesevorgängen in einem Mapping [1000]. Dieser Parameter ist
Wird nur zur transitiven Reduktion verwendet.

-d INT Maximaler Sondierungsabstand für Blasenplatzen [50000]. Blasen länger als INT
wird nicht gepoppt.

-e INT Eine Unitig gilt als klein, wenn sie aus weniger als besteht INT lautet [4].
Miniasm versucht möglicherweise, kleine Unitigs in verschiedenen Schritten zu entfernen.

-f FILE Lesen Sie die Sequenzdatei im FASTA- oder FASTQ-Format zum Generieren einheitlicher Sequenzen
[Null]. Fehlt diese Option, erzeugt Miniasm eine GFA-Ausgabe ohne
Sequenzen.

-r FLOAT1,[FLOAT2]
Maximales und minimales Überlappungsabfallverhältnis [0.7,0.5]. Sei Overlap(v->w) die Überlappung
Länge der Kante v->w und maxovlp(v)=max_w{overlap(v->w)} sei die Länge der größten Kante
Überlappung. Miniasm lässt die Überlappung v->w fallen, wenn die Überlappung (v->w)/maxovlp(v) unter a liegt
Schwellenwert, der durch diese Option gesteuert wird. Es gilt Miniasmus nRunden Runden kurz
Überlappungsentfernung mit zunehmendem Schwellenwert dazwischen FLOAT1 und FLOAT2.

-n INT Runden zum Entfernen kurzer Überlappungen [3].

-F FLOAT Schwellenwert für das Überlappungsabfallverhältnis nach kurzer Unitig-Entfernung [0.8]

Weitere Anwendungsbereiche Optionen
-b Geben Sie an, dass in der Eingabe wahrscheinlich dieselbe Zuordnung zweimal angegeben wird

-1 Überspringen Sie die erste Runde der Leseauswahl vor der Montage

-2 Überspringen Sie die zweite Runde der Leseauswahl vor der Montage

-p STR Ausgabeinformationen und Format [ug]. Möglich STR Zu den Werten gehören: Bett: Post-
gefilterte Lesebereiche im BED-Format; paf: Zuordnungen zwischen nachgefilterten
liest; sg: Überlappungsdiagramm im GFA-Format lesen; ug: einheitliches Diagramm im GFA
Format.

-V Versionsnummer auf stdout ausgeben

SPEISUNG FORMAT

Miniasm liest Mapping-Positionen im Pairwise Mapping Format (PAF), einem TAB-Format.
durch Trennzeichen getrenntes Textformat, wobei jede Zeile aus mindestens 12 Feldern besteht, wie in beschrieben
die folgende Tabelle:

┌────┬────────┬───────────────────────── ────────── ──────────────────────────┐
│Bei │ Typ │ Beschreibung │
├────┼────────┼───────────────────────── ────────── ──────────────────────────┤
│ 1 │ Zeichenfolge │ Name der Abfragesequenz │
│ 2 │ int │ Länge der Abfragesequenz │
│ 3 │ int │ Startkoordinate abfragen (0-basiert) │
│ 4 │ int │ Endkoordinate abfragen (0-basiert) │
│ 5 │ char │ `+' wenn Abfrage und Ziel auf demselben Strang liegen; `-' wenn Gegenteil │
│ 6 │ Zeichenfolge │ Name der Zielsequenz │
│ 7 │ int │ Zielsequenzlänge │
│ 8 │ int │ Zielstartkoordinate auf dem ursprünglichen Strang │
│ 9 │ int │ Ziel-Endkoordinate auf dem ursprünglichen Strang │
│ 10 │ int │ Anzahl der passenden Basen im Mapping │
│ 11 │ int │ Zahlenbasen, einschließlich Lücken, in der Abbildung │
│ 12 │ int │ Mapping-Qualität (0-255 mit 255 für fehlend) │
└────┴────────┴───────────────────────── ────────── ──────────────────────────┘

Bitte ansehen Minikarte(1) für die detaillierte Beschreibung jedes Feldes.

AUSGABE FORMAT

Miniasm gibt die Assembly im Graphical Fragment Assembly-Format (GFA) aus. es ist ein
Zeilenbasiertes, durch Tabulatoren getrenntes Format, wobei der führende Buchstabe den Typ der Zeile angibt.
Die folgende Tabelle zeigt die von miniasm verwendeten Linientypen:

┌─────┬─────────────┬─────────────────── ────────── ───────────────────────┐
│Line │ Kommentar │ Behoben Felder │
├─────┼─────────────┼─────────────────── ────────── ───────────────────────┤
│ H │ Kopfzeile │ N/A │
│ S │ Segment │ segName segSeq │
│ L │ Überlappung │ segName1 segOri1 segName2 segOri2 ovlpCIGAR │
│ a │ Goldener Pfad │ utgName utgStart readName:start-end readOri Länge │
└─────┴─────────────┴─────────────────── ────────── ───────────────────────┘

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