Dies ist der Befehl WigeoN, der im kostenlosen OnWorks-Hosting-Provider über eine unserer zahlreichen kostenlosen Online-Workstations wie Ubuntu Online, Fedora Online, Windows-Online-Emulator oder MAC OS-Online-Emulator ausgeführt werden kann
PROGRAMM:
NAME/FUNKTION
wigeon - Neuimplementierung des Dienstprogramms zur Erkennung von DNA-Anomalien von Pintail 16S
BESCHREIBUNG
WigeoN untersucht die Sequenzerhaltung zwischen einer Abfrage und einer vertrauenswürdigen Referenz
Sequenz, beide im NAST-Alignment-Format. Basierend auf der Sequenzidentität zwischen der Abfrage
und der Referenzsequenz gibt es einen erwarteten Variationsbetrag zwischen dem Alignment.
Wenn die beobachtete Variation größer ist als das 95 %-Quantil der Verteilung von
Abweichungen zwischen nicht-anomalen Sequenzen beobachtet werden, wird sie als Anomalie gekennzeichnet.
WigeoN ist eine flexible kommandozeilenbasierte Neuimplementierung des Pintail-Algorithmus Appl
Umwelt Microbiol. 2005 Dez.;7112:7724-36.
WigeoN ist nur für die Markierung von Chimären und Anomalien in nahezu vollständiger 16S-rRNA geeignet
Sequenzen. WigeoN fehlt die Sensitivität mit Sequenzen von weniger als 1000 bp.
Um WigeoN auszuführen, benötigen Sie NAST-formatierte Sequenzen, die vom Dienstprogramm nast-ier generiert wurden.
WigeoN ist Teil der microbiomeutil-Suite.
OPTIONAL
Erforderlich:
--query_NAST
multi-fasta-Datei mit Abfragesequenzen im Alignment-Format
Optional:
--db_NAST
db im NAST-Format
--db_FASTA
db im Fasta-Format (Megablast-formatiert)
--num_top_hits
Standard 1: verwendet nur die beste Einzelübereinstimmung.
--Handlung
--DEBUGGEN
--exec_dir
cd zu exec_dir vor dem Ausführen
Verwenden Sie WigeoN online mit den onworks.net-Diensten