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WigeoN - Online in der Cloud

Führen Sie WigeoN im kostenlosen OnWorks-Hosting-Anbieter über Ubuntu Online, Fedora Online, Windows-Online-Emulator oder MAC OS-Online-Emulator aus

Dies ist der Befehl WigeoN, der im kostenlosen OnWorks-Hosting-Provider über eine unserer zahlreichen kostenlosen Online-Workstations wie Ubuntu Online, Fedora Online, Windows-Online-Emulator oder MAC OS-Online-Emulator ausgeführt werden kann

PROGRAMM:

NAME/FUNKTION


wigeon - Neuimplementierung des Dienstprogramms zur Erkennung von DNA-Anomalien von Pintail 16S

BESCHREIBUNG


WigeoN untersucht die Sequenzerhaltung zwischen einer Abfrage und einer vertrauenswürdigen Referenz
Sequenz, beide im NAST-Alignment-Format. Basierend auf der Sequenzidentität zwischen der Abfrage
und der Referenzsequenz gibt es einen erwarteten Variationsbetrag zwischen dem Alignment.
Wenn die beobachtete Variation größer ist als das 95 %-Quantil der Verteilung von
Abweichungen zwischen nicht-anomalen Sequenzen beobachtet werden, wird sie als Anomalie gekennzeichnet.

WigeoN ist eine flexible kommandozeilenbasierte Neuimplementierung des Pintail-Algorithmus Appl
Umwelt Microbiol. 2005 Dez.;7112:7724-36.

WigeoN ist nur für die Markierung von Chimären und Anomalien in nahezu vollständiger 16S-rRNA geeignet
Sequenzen. WigeoN fehlt die Sensitivität mit Sequenzen von weniger als 1000 bp.

Um WigeoN auszuführen, benötigen Sie NAST-formatierte Sequenzen, die vom Dienstprogramm nast-ier generiert wurden.

WigeoN ist Teil der microbiomeutil-Suite.

OPTIONAL


Erforderlich:
--query_NAST
multi-fasta-Datei mit Abfragesequenzen im Alignment-Format

Optional:
--db_NAST
db im NAST-Format

--db_FASTA
db im Fasta-Format (Megablast-formatiert)

--num_top_hits
Standard 1: verwendet nur die beste Einzelübereinstimmung.

--Handlung

--DEBUGGEN

--exec_dir
cd zu exec_dir vor dem Ausführen

Verwenden Sie WigeoN online mit den onworks.net-Diensten


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