xbs – Online in der Cloud

PROGRAMM:

NAME/FUNKTION

xbs – Modellierung von Kugel- und Stabmolekülen

ZUSAMMENFASSUNG

xbs [-id] [-h] [-geo gg] [-sc x] [-Farbe]
[-T Titel] [-bw] [-st] [-rv] [-autocolor]
[-hh]

BESCHREIBUNG

xbs verwendet X-Window-Grafiken, um Ball-and-Stick-Plots zu erstellen. Es liest Koordinaten und
andere Daten aus einer Eingabedatei id.bs (z. B. ch4.bs) und ggf. verschiedene „Frames“ mit
verschobene Koordinaten aus einer Hilfsverschiebungsdatei Ebd.mv (z. B. ch4.mv). Die Standarddateien
sind in.bs und in.mv. In der Debian-Distribution finden Sie die Beispieleingabedateien und das Skript in
/usr/share/doc/xbs/examples.

OPTIONAL

-geo gg
Fenstergeometrie festlegen

-SC x
Skalierungsfaktor einstellen

-t Titel
Fenstertitel festlegen

-Farbe
Farbe verwenden

-sw s/w mit sanften Grautönen

-st s/w mit getüpfelten Grautönen

-rv umgekehrte Farben

-Autocolor
eigene Farben gewählt

-hh lange Hilfe

-geo gg
Fenstergeometrie festlegen

SPEISUNG FORMAT

Im einfachen Fall könnte eine Datei ch4.bs so aussehen:

Atom C 0.000 0.000 0.000
Atom H 1.155 1.155 1.155
Atom H -1.155 -1.155 1.155
Atom H 1.155 -1.155 -1.155
Atom H -1.155 1.155 -1.155

Spezifikation C 1.000 0.7
spez. H 0.700 1.00

Anleihen CC 0.000 4.000 0.109 1.00
Obligationen CH 0.000 3.400 0.109 1.00
Anleihen HH 0.000 2.800 0.109 1.00

Dadurch werden die Koordinaten im Format festgelegt
Atomart xyz

und wie man jede Atomart im Format zeichnet
Spezifikationsname, Radiusfarbe

und wie man Bindungen zeichnet, im Format Bindungen Name1 Name2 Min. Länge Max. Länge Radius Farbe

Eine Verschiebungsdatei enthält zusätzliche Frames wie diesen:

Frame Dies ist Frame Nummer zwei
0.000 0.000 0.000 1.155 1.155 1.155 -1.155 -1.155 1.155
1.155 -1.155 -1.155 -1.155 1.155 -1.155

Nach dem Schlüsselwort „frame“ folgt eine identifizierende Zeichenfolge und dann die Koordinaten für alle
die Atome. Zeilenumbrüche können überall zwischen den Koordinaten auftreten.

Es sind auch andere Eingabezeilen möglich, nämlich die Zeilen, die Parameter setzen (siehe unten).
Beispiel: „inc 5“ setzt die Schrittweite für die Drehung auf 5 Grad.

In beiden Dateien sind Zeilen, die mit * beginnen, und Leerzeilen Kommentare.

ANWENDUNG

Nach dem Start des Programms mit „xbs ch4“ kann der Plot direkt per Auswahl gesteuert werden
Schlüssel. Um beispielsweise das Molekül zu drehen, verwenden Sie die Cursortasten und die Tasten „,“ und „.“ Der
Die letzten beiden wurden ausgewählt, weil sie unter „<“ und „>“ liegen, die wie Pfeile aussehen. Schreiten
Um durch die Bilder zu scrollen, um einen „Film“ anzuzeigen, verwenden Sie die Tasten „[“ und „]“. Eine Reihe weiterer Schlüssel sind vorhanden
definiert, um direkt zu funktionieren. Kompliziertere Funktionen werden durch Drücken von „i“ ausgeführt
eine Eingabezeile und geben Sie dann einen Befehl ein. Verwenden Sie „xbs -hh“, um Informationen zu Schlüsseln und zu erhalten
Befehle.

Größenanpassung: Die Tasten „+“ und „-“ vergrößern bzw. verkleinern den Plot.

Perspektive: Taste p wechselt die Perspektive. Die Standardeinstellung ist deaktiviert. Für Pseudoperspektive, die
Die Kugelgrößen hängen vom Abstand zum Betrachter ab, die Positionen auf der Seite jedoch
unverändert. Für eine echte Perspektive ändern sich sowohl die Größe als auch die Position. Die Stärke
Der perspektivische Effekt hängt von der Entfernung zum Betrachter ab, die in der Abbildung dargestellt wird
Statuszeile. Sie wird mit den Tasten „d“ und „D“ geändert oder kann direkt per Befehl eingestellt werden
'dist'. (Hinweis: Wenn Sie zu nahe kommen und den Standpunkt innerhalb eines Atoms platzieren, wird das Programm
Ich werde versuchen, das gesamte Universum einzufärben, was sehr lange dauert.

Beleuchtung: Mit dem Befehl „Gramp Slope Middle“ werden die Atome im Hintergrund exponentiell ausgegraut
Rampe. Der Befehl „Licht xyz“ schattiert die Atome so, als würde Licht entlang des Vektors scheinen
(x,y,z). Diese Befehle funktionieren nur im Schwarz/Weiß-Modus. Um zur normalen Farbgebung zurückzukehren,
Geben Sie „gramp“ oder „light“ ohne Argumente ein.

Positionierung: Die Tastaturtasten 8,6,4,2 verschieben den Plot um ein Inkrement dpos (das sein kann).
wird durch den Befehl 'dpos' gesetzt). Mit der Tastaturtaste „*“ wird die aktuelle Position als „Zuhause“ gespeichert (oder verwendet).
Befehl 'pos' zum direkten Setzen der Home-Position). Mit der Tastaturtaste 7 wird die Handlung nach Hause verschoben.
Die Positionen beziehen sich auf die Mitte des Fensters.

Speichern: Der Befehl „save“ schreibt die Daten in eine Datei (Standard: Save.bs). Wenn es mehrere sind
Frames wird auch eine Move-Datei geschrieben. Der Befehl „Speichern“ bietet einige Optionen, siehe unten.

Drucken: Der Befehl „print“ schreibt die Ausgabe in eine Postscript-Datei, standardmäßig die Datei
'Bs.ps'. Eine Druckdatei bleibt geöffnet, bis sie explizit geschlossen wird. Auf diese Weise mehrere Grundstücke
können auf derselben Seite eingeblendet werden, indem die Unterhandlungen mithilfe der Cursortasten auf dem Tastenfeld verschoben werden
auf der Seite. Der Befehl „Drucken“ bietet einige Optionen, siehe unten.

BESTELLEN HILFE

Die Eingabe von „xbs -h“ und „xbs -hh“ gibt kurze bzw. lange Hilfe.

Nach dem Start von xbs schaltet die Taste „h“ eine Übersicht um. Dies sind die gleichen Informationen wie sie sind
erhalten mit 'xbs -hh'.

Verwenden Sie in der Eingabezeile „help print“ oder „print ?“. oder sogar „print -h“, um Hilfe zu a zu erhalten
spezifischer Befehl wie (in diesem Fall) print. Diese Hilfe zeigt auch mögliche Optionen an
für den Befehl.

Mit der Leertaste können Sie zusätzliche Informationen zum Plot ein- und ausschalten, die in das Fenster geschrieben werden.

BEFEHLE

1. Farbe:

- Eine Farbe wird entweder als Zahl zwischen 0 und 1 (Grauwert), also drei Zahlen, angegeben
zwischen 0 und 1 (Rot-, Grün-, Blauwerte oder RGB) oder als Farbname aus der Datei
/usr/lib/X11/rgb.txt (oder ähnlich).

- In der Eingabedatei wird die Farbe jeder Art oder Bindung auf diese drei Arten festgelegt.

- Die folgenden xbs-Optionen beziehen sich auf Farben: -color Farben aktivieren (Standard) bw
verwendet nur Grautöne -st verwendet nur Grautöne, gepunktet aus einigen wenigen Werten -rv alle umkehren
Farben – Automatische Auswahl eigener Farben. Diese können Sie mit dem Update interaktiv ändern
Befehl. Aus Konsistenzgründen ist Schwarz jetzt 0 und Weiß 1. Die Option -rv ändert dies.
Der einzige Grund für die Verwendung von -bw oder -st ist, dass die Befehle „light“ und „gramp“ nicht funktionieren
mit Farben.

- Die Option „-auto“ wird verwendet, um die Atome auf eine standardmäßige Weise einzufärben. Diese Farben sind
gesetzt in der Routine 'set_auto_colors' in der Datei subs.h. Ausgehend von der Artbezeichnung (z. B. Pd3
oder Mg-a) wird der führende Alpha-Teil extrahiert und großgeschrieben (d. h. PD oder MG) und dies
String wird verwendet, um eine Farbe auszuwählen. Die Idee ist, seine Lieblingsfarben in das Bild einzufügen
Routine und dann xbs neu kompilieren.

- Der Befehl „Farbe“ ändert die Farben von Atomen interaktiv, d. h. 'Farbe C* grün'
ändert die Farbe aller passenden Arten. Um die Farbe einer Art anzuzeigen, verwenden Sie die
Befehl ohne Angabe einer Farbe (z. B. „Farbe C1“ oder „Farbe C-a“).

- Beim Speichern von Daten mit dem Befehl „Speichern“ werden die aktuellen Farben (wie mit „Farbe“ eingestellt) angezeigt.
werden als String gespeichert. Mit „save -rgb“ werden statt der Farbe die RGB-Werte geschrieben
Namen. Wenn die Option -rv verwendet wird, werden die umgekehrten Farben als RGB-Werte gespeichert.

2. Einige Befehle verfügen über Optionen, z. Drucken, Speichern, Aktualisieren. Zum Beispiel:

print -T drucken und einige Informationen als Titel hinzufügen

print -t 'text .... ' drucken und Text als Titel einfügen

update -rv update, aber Rückwärtsfahrt einschalten

update +rv update, aber Rückwärtsfahrt ausschalten

update -bw update, aber auf Schwarz/Weiß umstellen

save -rgb mit Farben als RGB-Werten speichern

save -step n Speichern nur mit jedem n-ten Frame
(gut, um eine große .mv-Datei zu komprimieren).

Verwenden Sie „Help Update“ usw. in der Eingabezeile, um die Optionen anzuzeigen.

3. Mustervergleich für Atombezeichnungen: * entspricht einer beliebigen Zeichenfolge, + einem beliebigen Zeichen.
Dies kann im Befehl „color“ und in den „bonds“-Zeilen in der Eingabedatei verwendet werden
(die bestimmen, welche Anleihen gezogen werden). Beispielsweise wählt „Bonds C* H* ...“ alle aus
Bindungen zwischen
Atome wie C1 und H34 usw. und „Bindungen * * ...“ wählt alle Paare aus.

4. Sonstige sonstige Änderungen:

- Taste 'a' zeigt die Achsenrichtungen an.

- Taste 'n' zeigt Atomnamen oder -nummern an. Taste 'c' zeigt die Koordinaten an.

- Um eine Postscript-Druckdatei zu schließen, verwenden Sie den Befehl „close“.

- Der Befehl „dup xyz“ dupliziert alle um (x,y,z) verschobenen Atome.

- Der Befehl „cut xyzab“ schneidet auf die Atome zwischen a und b
entlang des Vektors (x,y,z).

- Die Eingabezeile verfügt über eine Verlaufsliste zum Abrufen alter Befehle.
Verwenden Sie die Aufwärts- und Abwärtspfeile, wenn die Eingabezeile aktiv ist.

- Auf einigen Systemen funktioniert die Rücktaste nicht zum Bearbeiten
Eingabezeile. Daher wurde die linke Pfeiltaste als haben definiert
auch die Backspace-Funktion.

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