Dies ist die Linux-App namens GapFiller, deren neueste Version als GapFiller-1.1.1.zip heruntergeladen werden kann. Es kann online beim kostenlosen Hosting-Anbieter OnWorks für Workstations ausgeführt werden.
Laden Sie diese App namens GapFiller mit OnWorks kostenlos herunter und führen Sie sie online aus.
Befolgen Sie diese Anweisungen, um diese App auszuführen:
- 1. Diese Anwendung auf Ihren PC heruntergeladen.
- 2. Geben Sie in unserem Dateimanager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX den gewünschten Benutzernamen ein.
- 3. Laden Sie diese Anwendung in einem solchen Dateimanager hoch.
- 4. Starten Sie den OnWorks Linux-Online- oder Windows-Online-Emulator oder den MACOS-Online-Emulator von dieser Website.
- 5. Rufen Sie vom gerade gestarteten OnWorks Linux-Betriebssystem aus unseren Dateimanager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX mit dem gewünschten Benutzernamen auf.
- 6. Laden Sie die Anwendung herunter, installieren Sie sie und führen Sie sie aus.
Lückenfüller
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BESCHREIBUNG
GapFiller ist ein lokaler Seed-and-Extend-Assembler, der die Lücke innerhalb gepaarter Lesevorgänge füllt.
Es kann sowohl für DNA als auch für RNA verwendet werden und wurde anhand von Illumina-Daten getestet.
GapFiller kann immer dann verwendet werden, wenn eine Sequenz ausgehend von an ihren Enden liegenden Lesevorgängen zusammengestellt werden soll, sofern eine grobe Schätzung der Sequenzlänge vorliegt.
Eigenschaften
- Unterstützte Eingabeformate: FASTQ (.gz, .bz2), FASTA (.gz, .bz2), SAM, BAM
- Hochgradig anpassbare Montageparameter
- Möglichkeit, verschiedene Datensätze für Seeding und Assemblierung anzugeben
- Möglichkeit, Layoutinformationen zu speichern (Position und Ausrichtung innerhalb zusammengestellter Contigs lesen)
Benutzeroberfläche
Befehlszeile
Programmiersprache
C + +
Kategorien
Dies ist eine Anwendung, die auch von https://sourceforge.net/projects/gapfiller/ abgerufen werden kann. Es wurde in OnWorks gehostet, um es auf einfachste Weise online über eines unserer kostenlosen Betriebssysteme ausführen zu können.
