Dies ist die Linux-App mit dem Namen KMC-KaiC, deren neueste Version als KMC_KaiC_Original.zip heruntergeladen werden kann. Es kann online beim kostenlosen Hosting-Anbieter OnWorks für Workstations ausgeführt werden.
Laden Sie diese App namens KMC-KaiC mit OnWorks kostenlos herunter und führen Sie sie online aus.
Befolgen Sie diese Anweisungen, um diese App auszuführen:
- 1. Diese Anwendung auf Ihren PC heruntergeladen.
- 2. Geben Sie in unserem Dateimanager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX den gewünschten Benutzernamen ein.
- 3. Laden Sie diese Anwendung in einem solchen Dateimanager hoch.
- 4. Starten Sie den OnWorks Linux-Online- oder Windows-Online-Emulator oder den MACOS-Online-Emulator von dieser Website.
- 5. Rufen Sie vom gerade gestarteten OnWorks Linux-Betriebssystem aus unseren Dateimanager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX mit dem gewünschten Benutzernamen auf.
- 6. Laden Sie die Anwendung herunter, installieren Sie sie und führen Sie sie aus.
SCREENSHOTS
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KMC-KaiC
BESCHREIBUNG
Bei diesem Code handelt es sich um einen speziellen Kinetic Monte Carlo (KMC)-Algorithmus, der ein Modell der posttranslationalen Kai-zirkadianen Uhr simuliert.
Mit dem Code können Sie das Kai-System auf der Ebene einzelner KaiC-Hexamer und -Monomere simulieren und den Umsatz jedes ATP-Nukleotids explizit verfolgen. Abgesehen von der ATP-Hydrolyse unterliegen alle Reaktionen einer detaillierten Bilanz.
Die Anwendung des Codes wird in unserem Artikel mit dem Titel „Ein thermodynamisch konsistentes Modell der posttranslationalen Kai-zirkadianen Uhr“ beschrieben, der im Open-Access-Journal PLOS Computational Biology frei verfügbar ist:
https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1005415
*UPDATE* Wir haben eine vollständig reversible Version unseres Modells erstellt, einschließlich der Umkehrreaktionen für die ATP-Hydrolyse. Dadurch ist es möglich, das Modell im thermodynamischen Gleichgewicht zu betreiben. Diese Version des Modells kann unter KMC_KaiC_Rev.zip heruntergeladen werden.
Wenn Sie unser Modell für Ihre eigene Forschung nutzen möchten, zitieren Sie bitte unseren PLoS Computational Biology-Artikel.
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Wissenschaftsforschung
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Befehlszeile
Programmiersprache
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Dies ist eine Anwendung, die auch von https://sourceforge.net/projects/kmc-kaic/ abgerufen werden kann. Es wurde in OnWorks gehostet, um es auf einfachste Weise online über eines unserer kostenlosen Betriebssysteme ausführen zu können.
