Dies ist die Linux-App namens QUAST, deren neueste Version als quast-5.0.2.tar.gz heruntergeladen werden kann. Es kann online beim kostenlosen Hosting-Anbieter OnWorks für Workstations ausgeführt werden.
Laden Sie diese App namens QUAST mit OnWorks kostenlos herunter und führen Sie sie online aus.
Befolgen Sie diese Anweisungen, um diese App auszuführen:
- 1. Diese Anwendung auf Ihren PC heruntergeladen.
- 2. Geben Sie in unserem Dateimanager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX den gewünschten Benutzernamen ein.
- 3. Laden Sie diese Anwendung in einem solchen Dateimanager hoch.
- 4. Starten Sie den OnWorks Linux-Online- oder Windows-Online-Emulator oder den MACOS-Online-Emulator von dieser Website.
- 5. Rufen Sie vom gerade gestarteten OnWorks Linux-Betriebssystem aus unseren Dateimanager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX mit dem gewünschten Benutzernamen auf.
- 6. Laden Sie die Anwendung herunter, installieren Sie sie und führen Sie sie aus.
SCREENSHOTS
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QUAST
BESCHREIBUNG
QUAST führt eine schnelle und bequeme Qualitätsbewertung und einen Vergleich von Genom-Assemblies durch.
QUAST berechnet eine Reihe bekannter Metriken, darunter die Contig-Genauigkeit, die Anzahl der entdeckten Gene, N50 und andere, und führt neue ein, wie z. B. NA50 (siehe Details in der Arbeit und im Handbuch). Eine umfassende Analyse führt zu zusammenfassenden Tabellen (im Klartext-, Tab-getrennten und LaTeX-Format) und farbenfrohen Plots. Das Tool erstellt auch webbasierte Berichte, die alle Informationen in einer einfach zu navigierenden Datei zusammenfassen.
QUAST verfügt über eine intuitive Befehlszeilenschnittstelle und ein detailliertes Handbuch, das den Benutzern hilft, es auszuführen und seine Ausgabe zu verstehen. Darüber hinaus startete das Lab eine Beta-Version von web-QUAST at http://quast.bioinf.spbau.ru/ was die Qualitätsbewertung noch einfacher macht.
QUAST und MetaQUAST (Erweiterung für metagenomische Anordnungen) wurden in Bioinformatics veröffentlicht.
Eigenschaften
- webbasierte Berichte, Tabellen im reinen TXT-, Tab-getrennten und LaTeX-Format
- bunte Plots und Histogramme
- Qualitätsbewertung mit und ohne Referenzgenom
- Qualitätsbewertung von metagenomischen Baugruppen
- interaktiver Contig-Browser
Publikum
Wissenschaft/Forschung, Entwickler, Endbenutzer/Desktop
Benutzeroberfläche
Webbasiert, Befehlszeile
Programmiersprache
Python, Javascript
Kategorien
Dies ist eine Anwendung, die auch von https://sourceforge.net/projects/quast/ abgerufen werden kann. Es wurde in OnWorks gehostet, um auf einfachste Weise online von einem unserer kostenlosen Betriebssysteme ausgeführt zu werden.
