Dies ist die Linux-App namens RNAseqR, die unter Linux online ausgeführt werden kann und deren neueste Version als RNAseqR_1.1.tar.gz heruntergeladen werden kann. Es kann online beim kostenlosen Hosting-Anbieter OnWorks für Workstations ausgeführt werden.
Laden Sie diese App namens RNAseqR herunter und führen Sie sie online aus, um sie unter Linux online mit OnWorks kostenlos auszuführen.
Befolgen Sie diese Anweisungen, um diese App auszuführen:
- 1. Diese Anwendung auf Ihren PC heruntergeladen.
- 2. Geben Sie in unserem Dateimanager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX den gewünschten Benutzernamen ein.
- 3. Laden Sie diese Anwendung in einem solchen Dateimanager hoch.
- 4. Starten Sie den OnWorks Linux-Online- oder Windows-Online-Emulator oder den MACOS-Online-Emulator von dieser Website.
- 5. Rufen Sie vom gerade gestarteten OnWorks Linux-Betriebssystem aus unseren Dateimanager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX mit dem gewünschten Benutzernamen auf.
- 6. Laden Sie die Anwendung herunter, installieren Sie sie und führen Sie sie aus.
SCREENSHOTS
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RNAseqR zur Online-Ausführung unter Linux
BESCHREIBUNG
RNAseqR wurde für die Expressionsanalyse von RNA-seq-Daten entwickelt und eignet sich am besten für die Analyse mehrerer, nicht replizierter Bibliotheken. Es ist ein C++-codiertes Programm, das derzeit für Linux-Systeme kompiliert wird.Mit GUI- und Befehlszeilenschnittstellen kann es Log-, PPM- und/oder RPKM-Transformationen (sofern Längen bereitgestellt werden) sowie statistische Analysen für Differentialausdrücke unter Verwendung der negativen binomialen kumulativen Verteilungsfunktion (CDF) oder der R-Teststatistik durchführen eingeführt für die EST-Analyse von Stekel et al.
Die Ausgabe ermöglicht Entscheidungen basierend auf CDF-Wahrscheinlichkeiten, Top-R-Werten oder den Vergleich von R-Werten mit randomisierten Daten. Vergleiche sind die Glaubwürdigkeitsmetrik von Stekel et al. oder beobachtetes vs. erwartetes R bei einem gegebenen Mittelwert. Die Randomisierung erfolgt durch Poisson- oder negative Binomialverteilungen oder Spaltenmischen.
Programmiersprache
C + +
Dies ist eine Anwendung, die auch von https://sourceforge.net/projects/rnaseqr/ abgerufen werden kann. Es wurde in OnWorks gehostet, um auf einfachste Weise online von einem unserer kostenlosen Betriebssysteme ausgeführt zu werden.
