artemis - Online en la nube

PROGRAMA:

NOMBRE

Artemis - análisis interactivo de datos EXAFS

DESCRIPCIÓN

Artemis es un programa para analizar datos EXAFS utilizando estándares teóricos de feff.
Artemis incluye interfaces para Los átomos y feff así como formularios para definir parámetros y
aplicando esos parámetros a las rutas desde el feff cálculo. Artemis usa chi (k) como
es entrada. No maneja ninguna tarea de procesamiento de datos, como convertir datos sin procesar a
mu (E) o eliminando el fondo. Artemisprograma hermano Athena es el procesamiento de datos
.

SINOPSIS

Artemis es un programa gráfico e interactivo escrito en el lenguaje de programación perl,
utilizando el motor de pantalla Tk, el sieffit Biblioteca EXAFS y biblioteca de trazado PGPLOT.
(Consulte a continuación para obtener una lista de URL relevantes).

Artemis le ayuda a organizar todos los aspectos de un proyecto de adaptación, incluida la ejecución del feff
cálculo, parámetros de configuración para la transformada de Fourier y ajuste de los datos,
parametrizar los caminos desde el feff cálculo, ejecutar el ajuste y trazar el
resultados. los Artemis La ventana se divide en tres paneles. El panel más grande es el espacio.
donde ocurre la mayor parte del trabajo. Su contenido es modelo y depende del estado de los datos
y Lista de rutas. Esta lista está en el centro, panel delgado. El otro panel delgado
contiene los controles que se utilizan para especificar cómo se hacen los gráficos.

En la parte superior de la ventana están la barra de menú y la barra de proyecto. La barra de proyecto muestra
el nombre del archivo del proyecto actual. También contiene un indicador que le dice si el
El proyecto se ha modificado desde la última vez que se guardó. Haciendo clic en el modificado
indicador guardará el proyecto (al igual que Cs o el elemento "Guardar proyecto" en el archivo
menú). En la parte inferior de la pantalla está el área de eco, donde Artemis escribe todo tipo de
mensajes útiles a medida que utiliza el programa.

La lista de datos y rutas contiene una lista en forma de árbol de todos los objetos que se pueden
manipulado como lo usas Artemis. Cuando se inicia el programa, se muestran dos de estos elementos.
Mientras corres feff cálculos, importación feff rutas y otros conjuntos de datos, y ajustes de ejecución, más
los elementos se agregan a esta lista. En total, hay cinco tipos de entradas en esta lista,
cada uno de los cuales controla un aspecto diferente de Artemis. Estos cinco tipos de entradas de lista
son: (1) parámetros de ajuste, (2) datos, (3) ajustes, (4) feff cálculo, o (5) feff camino.
Cuando hace clic en un elemento de la Lista de datos y rutas, ese elemento se "seleccionará" y
"anclado". Un elemento seleccionado se resalta en naranja. Un elemento anclado se describe con
una línea discontinua. Solo se puede anclar un artículo. Se pueden seleccionar 0, 1 o más elementos.

El elemento anclado determina el modo del panel grande. Por ejemplo, cuando "Adivina,
Def, Set "está anclado, el panel principal mostrará una página utilizada para configurar el
parámetros de ajuste. Cuando un elemento de datos está anclado, el panel principal mostrará una página para
establecer los parámetros de la transformación de Fourier, el rango de ajuste y otros parámetros asociados
con los datos. Muchas funciones en Artemis dependen del modo del panel principal. Algunos
las funciones están disponibles solo en ciertos modos. Cada uno de los modos se describe en su propio
sección del documento. Ver "SECCIONES DEL DOCUMENTO".

Parcelas en Artemis siempre se realizan con los elementos seleccionados. Para trazar, por ejemplo, datos,
fit, y varias rutas individuales, es necesario seleccionar cada uno de esos elementos. Muchos
otras funciones en Artemis también trabaja en el conjunto de elementos seleccionados.

El anclaje y el establecimiento de rutas generalmente se realiza usando el mouse en la Lista de datos y rutas,
aunque hay varias otras formas de cambiar el ancla y la selección usando el mouse
o el teclado. Aquí hay una lista de eventos de mouse útiles en la Lista de datos y rutas:

Unidades ratón .
Al hacer clic con el botn izquierdo del ratn se borrarn todas las selecciones y luego seleccionar y anclar el
elemento en el que se hizo clic. El panel principal mostrará la página correspondiente al elemento anclado.

Reubicación ratón .
Al hacer clic en el botón central del mouse, se anclará el elemento en el que se hizo clic sin cambiar el
selección. El panel principal mostrará la página correspondiente al elemento anclado.

Derecha ratón .
Al hacer clic con el botón derecho del mouse, se anclará el elemento en el que se hizo clic sin cambiar el
selección. También publicará un menú de funciones apropiadas para el elemento en el que se hizo clic.
Estos menús son los mismos que los menús de la barra de menú en la parte superior de la ventana. El
El panel principal mostrará la página correspondiente al elemento anclado.

Control clave + izquierda ratón .
Al hacer clic con el botón izquierdo del mouse mientras se mantiene presionada la tecla de control, se agregará el elemento
se hizo clic en el grupo de elementos seleccionados. El ancla no se cambia.

Shift clave + izquierda ratón .
Al hacer clic con el botón izquierdo del mouse mientras se mantiene presionada la tecla Mayús, se seleccionarán todos los elementos
entre el ancla y el elemento en el que se hizo clic, inclusive. El ancla no se cambia.

Unidades ratón . + ratón arrastrar
Hacer clic con el botón izquierdo del mouse y luego arrastrar el mouse mientras se mantiene presionado el botón
seleccionará todos los elementos sobre los que arrastre el cursor. El elemento en el que se hizo clic inicialmente
anclado y el panel principal mostrará la página correspondiente al elemento anclado.

control-k, Control-j
Si presiona las teclas k o j mientras mantiene presionada la tecla de control, el ancla se moverá al
elemento anterior o siguiente de la lista sin cambiar la selección. El panel principal
mostrar la página correspondiente al elemento anclado. Estas dos secuencias de teclas se comportan
diferente cuando el elemento Guess, Def, Set está anclado. Ver la página Guess, Def, Set
para conocer más detalles.

Control-l
Si presiona la tecla l mientras mantiene presionada la tecla de control, se enfocará en los datos y
Lista de rutas. Esto le permite navegar por la lista usando las teclas de flecha.

El color y la fuente del texto en la Lista de datos y rutas indica el estado de cada
ít. Cualquier elemento escrito en texto negro y vertical es un elemento que se puede trazar. Cuando un
conjunto de datos o feff La ruta está excluida del ajuste, se escribirá en texto marrón. El
Guess, Def, Set item y el feff los elementos de cálculo se escriben en cursiva. El
el texto en cursiva indica elementos que no se pueden trazar. Aunque estos elementos no trazables pueden
seleccionarse, se ignorarán cuando se haga un gráfico.

ARTEMISA: El Datos Página

Artemis - La página de datos

La página de datos se muestra en Artemispanel principal cuando un elemento de datos está anclado en el
Lista de datos y rutas. Consulte la sección del documento principal para obtener una explicación del anclaje y
seleccionar elementos en la Lista de datos y rutas.

La página de datos está dividida en cinco secciones. En la parte superior hay un cuadro que contiene el título.
líneas asociadas con estos datos. Estos se leen del archivo de datos de entrada, pero se pueden
editado en cualquier momento por el usuario. Cuando los datos se escriben en archivos de salida, el contenido
de este cuadro se escriben como encabezados. Debajo del cuadro de títulos está el nombre del archivo de datos
que fue importado. Debajo hay cuatro cuadros que contienen grupos de controles relacionados.

Datos Cambia
Esta caja contiene tres conmutadores que controlan ciertos aspectos del ajuste. Los primeros dos
sólo son relevantes en un ajuste de conjunto de datos múltiples. Al configurar un proyecto que contiene un
ajuste de varios conjuntos de datos, a veces es útil excluir un conjunto de datos completo del ajuste
sin eliminarlo del proyecto. Esto se puede hacer con la primera palanca. Cuando un
se excluye el conjunto de datos, y todos los elementos debajo de él se muestran en texto marrón en los datos y
Lista de rutas para indicar que se han excluido del ajuste.

Una vez que se completa el ajuste, Artemis quiere mostrar su obra y mostrar una trama de
los datos y el ajuste recién terminado. En el caso de un ajuste de conjunto de datos múltiples, puede
tener preferencia sobre qué conjunto de datos se traza. Haga clic en este interruptor para su
conjunto de datos preferido.

La tercera palanca dice Artemis para hacer un corefinement de la spline de fondo cuando se
realiza el ajuste. Este corefinement es, efectivamente, la misma operación que fue
interpretado por Athena para eliminar el fondo de los datos. El parámetro "rmin" sirve
el mismo propósito que AthenaEl parámetro "rbkg". Cuando el ajuste se realiza con el
corefinement de fondo, se utiliza una spline para ajustar los componentes de Fourier de los datos siguientes
"rmin" y el feff Las rutas se utilizan para ajustar los componentes de Fourier entre "rmin" y
"rmax". El número de parámetros utilizados para determinar el spline es el número de
puntos independientes en esa parte de los datos: "2 * delta_k * delta_R / pi", donde "delta_k" es
el rango de la transformada de Fourier y "delta_R" es el rango entre 0 y "rmin". El
ventaja de hacer el corefinment de fondo, aparte de la posibilidad de hacer el
El ajuste se ve mejor en R bajo, es que las correlaciones entre los parámetros de fondo y el
Se pueden medir los parámetros de ajuste.

Fourier transformar y adecuado parámetros
Este cuadro contiene los controles utilizados para establecer los rangos de la transformada directa de Fourier y
del ajuste. El rango de ajuste también se usa como el rango de transformada de Fourier hacia atrás cuando un
la parcela es el espacio q se hace. Consulte "Pulsar botones" para obtener más información sobre los pequeños botones de quare.
marcado con una x azul.

Se utilizan otros controles para establecer las formas funcionales de la ventana de transformada de Fourier utilizada
en k y R. Los anchos de los umbrales de esas funciones se establecen mediante las casillas de entrada
etiquetados como "dk" y "dr".

peso k parámetros
Los controles de este cuadro se utilizan para establecer los valores de peso k que se utilizarán en los ajustes.
Hay conmutadores para activar el peso k de 1, 2 o 3. También hay un conmutador para
especificando un valor arbitrario de k-weight.

Estos son los valores de peso k usados ​​en el ajuste, pero no el peso k usado para graficar los datos.
Estos dos propósitos del peso k se manejan de forma independiente por Artemis. Ver trazado en
Artemis para una discusión sobre el trazado de controles de peso k.

La gente a veces se confunde con el concepto de multiplicar los pesos para ajustar. El
El propósito de elegir un valor bajo o alto para el peso k es intentar enfatizar el
extremo bajo o alto k de los datos. Debido a que diferentes regiones de los datos son sensibles a
diferentes tipos de parámetros, se puede elegir un valor bajo o alto para aumentar el
precisión de medición de ciertos parámetros. Hacer varios ajustes de peso k es una especie de
compromiso: una forma de enfatizar ambos extremos de los datos en el ajuste.

El ajuste se determina minimizando una cantidad llamada chi-cuadrado. Se evalúa el chi-cuadrado
sumando los cuadrados de la diferencia entre los datos y la teoría. Dado que el FT es
complejo, hay una parte real y una parte imaginaria. Entonces, chi-cuadrado es proporcional a:

/ \
suma <Re [datos (R) - th (R)] ^ 2 + Im [datos (R) - th (R)] ^ 2>
R\/

En un ajuste de peso k múltiple, simplemente hay más términos en la suma. Tomemos un kw = 1 y 3
cabe como ejemplo. Esta suma se hace para los datos y la teoría kw = 1. Y las
la suma se realiza para los datos y la teoría kw = 3. Las sumas se suman y el
La suma completa se utiliza para evaluar chi-cuadrado.

Al final del día, solo hay un conjunto de parámetros de conjetura que se han optimizado
por el ajuste. Estos parámetros de conjetura junto con los parámetros establecidos se utilizan para evaluar la
def parámetros y los parámetros de la ruta. Los parámetros de ruta se utilizan para evaluar la
ecuación de exafs para cada camino. Las ecuaciones exafs para las trayectorias se resumen para hacer
chi (k) teórico de mejor ajuste. Tiene un chi (k) de datos y un chi (k) de mejor ajuste. Esos pueden
luego se graficará como desee, incluso utilizando un peso k que no se usó para determinar
el ajuste.

Otro parámetros
La última caja contiene varios controles que no encajaban en las otras cajas. Hay un
menú para seleccionar el espacio de montaje. Puede elegir ajustar los datos en cualquiera de k, R o q
espacio. El valor predeterminado es encajar en R.

Epsilon es la incertidumbre utilizada para evaluar chi-cuadrado. Normalmente está bien dejar
Artemis utilice el valor predeterminado (que se determina a partir del valor RMS de los datos entre
15 y 25 angstroms en el espacio R). En algunas situaciones, puede resultarle útil hacer explícitamente
establezca un valor para épsilon.

Después del ataque Artemis escribe un archivo de registro que documenta el ajuste. Entre la información en
ese archivo de registro son las correlaciones entre todos los parámetros de ajuste. Puede configurar el
nivel por debajo del cual Artemis excluirá una correlación de este informe.

Por último, hay un menú para seleccionar la ruta que se utilizará para los gráficos de fase corregida. Esta
El menú contiene las primeras cinco rutas de cada feff cálculo utilizado con el conjunto de datos.
Cuando se selecciona una ruta para gráficos de fase corregida, el cambio de fase completo de esa ruta:
tanto el átomo central como las porciones del átomo de dispersión, se restarán de cualquier cosa
es decir, la transformada de Fourier antes de trazarla. Si se selecciona una ruta para la fase
corrección y hace un gráfico de, digamos, los datos, el ajuste y varios caminos, el seleccionado
El desplazamiento de fase se restará de cada elemento antes de trazarlo. La corrección de fase es
sólo para trazar. Los ajustes siempre se realizan en datos sin corrección de fase.

Arrancar botones
Varios de los controles de esta página tienen un pequeño botón con una x azul al lado.
Estos se denominan botones de extracción y se utilizan para obtener valores de la ventana de trazado.
Cuando haga clic en uno de estos botones, se escribirá un mensaje en el área de eco preguntándole
para hacer clic en un punto de la trama. Cuando lo haga, el valor en el que hizo clic será
insertado en el cuadro de entrada adyacente al botón de desplumar. Artemis tiene cuidado de no dejar
extrae un valor k de una gráfica en R, o viceversa.

Contexto menús
Al pasar el mouse sobre las etiquetas en la página de datos, el texto debajo del mouse cambiará
color. Este cambio de color es una indicación de que los clics del mouse harán algo. Una izquíerda
al hacer clic con el mouse en una de estas etiquetas, aparecerá una breve descripción de ese parámetro.
se muestra en el área de eco. Muchas de estas descripciones también sugieren valores razonables para
El parámetro.

Al hacer clic con el botón derecho del mouse en una de las etiquetas, se publicará un menú contextual de útiles
función. Una de esas funciones es restaurar ese parámetro a su valor predeterminado. Si usted tiene
un ajuste de conjunto de datos múltiples, las otras opciones del menú le permiten restringir el parámetro
entre conjuntos de datos.

Las etiquetas en la parte superior de los cuadros son sensibles al botón izquierdo del mouse. Las etiquetas
encima de la caja de rango de transformación y ajuste de Fourier y la caja de pesos k también son sensibles a
el clic derecho del ratón.

ARTEMISA: adivinar, Conjunto, Def parámetros

Artemis - Adivina, establece, def parámetros

Esta página se utiliza para definir los parámetros del modelo de ajuste. En Artemis hay seis
tipos de parámetros:

Guess
Los parámetros Guess son los que se optimizan durante el transcurso del ajuste para mejorar
ajustar la teoría a los datos.

Def Los parámetros de definición se expresan típicamente como expresiones matemáticas que pueden ser funcionalmente
depende de otros parámetros. Estas expresiones matemáticas se actualizan a lo largo del
curso del ajuste. A medida que se actualizan los parámetros de conjetura, también se actualizan los parámetros de definición.

Set Los parámetros establecidos se evalúan al comienzo del ajuste y no se actualizan a lo largo
el ajuste. Ésta es la principal diferencia entre los parámetros def y set. Establecer parámetros
pueden ser números o expresiones matemáticas.

Restricción
Las restricciones son expresiones matemáticas que, como los parámetros def, se actualizan a lo largo del
curso del ajuste, pero que asumen un papel especial en el ajuste. Una restricción es
evaluado y agregado en cuadratura a la evaluación del parámetro chi-cuadrado. A
Por lo tanto, la moderación se puede usar para incorporar un sesgo en el resultado del ajuste.
hacia un conocimiento previo sobre el sistema físico. Ver el sieffit para agendar una
discusión completa de las restricciones.

omitir
Los parámetros de omisión se mantienen en el proyecto, pero no se utilizan en ninguna capacidad en el
encajar. El objetivo de un parámetro de omisión es mantener, pero no usar, un parámetro complicado
con una expresión matemática complicada.

Después
Un después es similar a un parámetro def en que puede ser una expresión matemática dependiente
sobre otros parámetros. Sin embargo, un después no es parte del modelo de ajuste.
En cambio, es un parámetro que se evaluará una vez completado el ajuste utilizando el
valores de mejor ajuste. La lista de parámetros posteriores se informará en el archivo de registro.
El uso de un parámetro posterior en cualquier parte de su modelo de ajuste dará como resultado Artemis
reportando un error en el modelo. Los posteriores pueden depender de otros posteriores, pero debes
tenga cuidado con el orden en que aparecen los post en la lista. Los parámetros posteriores
se evaluará solo una vez después del ajuste, por lo tanto, dependencias circulares o fuera de orden
no se resolverá.

La página Guess, Def, Set está dividida en dos secciones. En la parte superior hay un cuadro de lista que contiene
la lista de todos los parámetros definidos. En la parte inferior está el área de edición que contiene el
controles utilizados para establecer los parámetros.

El parámetro cuadro de lista
Esta área contiene una lista de cuatro columnas de todos los parámetros definidos en un proyecto. El
La columna más a la izquierda cuenta los parámetros. La segunda columna contiene una etiqueta que identifica el
tipo del parámetro. La tercera columna contiene el nombre del parámetro. El más a la derecha
La columna contiene la expresión matemática del parámetro.

Los parámetros están codificados por color y por la etiqueta en la segunda columna. Los parámetros de Guess son
escrito en texto violeta y tiene la etiqueta "g:". Los parámetros de definición están escritos en texto verde
y tener la etiqueta "d:". Los parámetros establecidos están escritos en texto negro y tienen la etiqueta "s:".
Las restricciones están escritas en texto rosa y tienen la etiqueta "r:". Los parámetros de omisión están escritos en
texto gris y no tienen etiqueta. Después de que los parámetros estén escritos en texto azul grisáceo y tengan el
"una etiqueta.

Hay una gran cantidad de clics del mouse y secuencias de teclas que tienen un propósito en el
cuadro de lista:

1. Un clic izquierdo del mouse selecciona un parámetro y lo muestra en el área de edición.

2. Un doble clic del botón izquierdo del mouse selecciona un parámetro, lo muestra en la edición
área y le solicita la anotación del parámetro. Consulte "Anotaciones de parámetros".

3. Un clic con el botón derecho del ratón selecciona un parámetro, lo muestra en el área de edición y publica un
menú contextual sobre ese parámetro. El menú tiene varios elementos. El movimiento"
Se solicita el submenú para reposicionar el parámetro actual en la lista. El submenú "Hacer"
sirve para cambiar el tipo de parámetro. El elemento "Copiar" replicará el
parámetro anclado, agregando algunos caracteres al final de su nombre. La construcción
"Restricción" se analiza a continuación. El elemento de menú "Anotar" solicita la
anotación de parámetro. El elemento del menú "Buscar" buscará en todos los parámetros y rutas.
expresiones matemáticas de parámetros y mostrarle cómo se usa ese parámetro en el proyecto.
El elemento de menú "Agarrar" solo está habilitado para parámetros de conjetura e insertará el mejor ajuste
valor de un ajuste como el valor de ese parámetro. Finalmente, el elemento de menú "Descartar"
eliminará ese parámetro de la lista después de pedir confirmación.

4. Control-d definirá el parámetro en el área de edición.

5. Control-g tomará el valor de mejor ajuste de los parámetros actuales de un ajuste.

6. Control-e mostrará el área de edición si está oculta.

7. Control-k y control-j moverán la selección hacia arriba y hacia abajo en la lista. Tenga en cuenta que
Estas dos secuencias de teclas sirven para mover el ancla hacia arriba y hacia abajo en la lista de datos y rutas.
cuando no se muestra la página Guess, Def, Set.

8. Control-n borrará la selección y se enfocará en el cuadro de entrada del nombre del parámetro para que
puede crear un nuevo parámetro.

9. Control-y le pedirá que presione cualquiera de las teclas g, d, s, r, k o e para configurar el
tipo del parámetro. Ésta es la única forma de configurar el tipo de parámetro que no
involucrar al ratón.

extendido selección
Se pueden seleccionar varios elementos en la lista de parámetros usando Control-clic, Mayús-
haga clic, y haga clic y arrastre las secuencias descritas para la Lista de datos y rutas y para el registro
espectador. Solo el elemento de la lista anclado (es decir, el que está rodeado por una línea discontinua y
que se muestra en el área de edición) puede editar su nombre y expresión matemática.

La ventaja de la selección extendida es que algunas de las opciones del menú contextual discutidas
arriba en el ítem # 3 puede operar en muchos parámetros a la vez. Haciendo una selección extendida entonces
al hacer clic con el botn derecho del ratn en alguna parte de la regin seleccionada, se abrirá el menú contextual
publicado con opciones para el grupo de parámetros seleccionados. Actualmente, grupos de parámetros
pueden tener sus tipos establecidos y pueden descartarse de esta manera.

Si hace clic con el botón derecho fuera de la región seleccionada, la selección extendida se borrará y
el parámetro sobre el que se haga clic quedará anclado y seleccionado.

El editar cafe
Hay tres filas de controles en el área de edición. La fila superior tiene dos casillas de entrada. El
el más pequeño de la izquierda es para ingresar el nombre del parámetro. El más grande en el
la derecha es para ingresar la expresión matemática del parámetro.

Debajo de los cuadros de entrada hay un conjunto de cinco botones de radio para seleccionar el tipo de parámetro
siendo editado.

En la parte inferior del área de edición hay cinco botones para actuar sobre el parámetro que se está
editado. El botón "Deshacer edición" borra los cuadros de entrada y descarta los cambios que se hayan realizado.
recien hecho. El botón "Nuevo" se utiliza para definir un parámetro completamente nuevo. Borra la entrada
cuadros, deselecciona los parámetros en el cuadro de lista y da foco al cuadro de entrada para ingresar el
nombre del parámetro. El botón "Agarrar" se habilita después de ejecutar un ajuste. Inserta el
valor de mejor ajuste para un parámetro de conjetura. El botón "Descartar" elimina un parámetro de la
lista. Aparece un cuadro de diálogo que confirma la eliminación. Finalmente, el botón "Ocultar" elimina la edición.
área de la vista para permitir que más parámetros sean visibles en el cuadro de lista. Cuando el área de edición
está oculta, se reemplaza por un botón para restaurar el área de edición.

Aquí están los detalles del comportamiento de estos controles:

1. Presionar retorno en el cuadro de entrada del nombre del parámetro define el parámetro, inserta o
lo actualiza en el cuadro de lista y se centra en el cuadro de entrada de expresión matemática. Si una matematica
La expresión aún no se ha definido, el parámetro se definirá como 0.

2. Presionar retorno en el cuadro de entrada de expresión matemática define el parámetro, inserta o
lo actualiza en el cuadro de lista y deja el foco en el cuadro de entrada de expresión matemática.

3. Al hacer clic en cualquiera de los botones de radio, se define el parámetro, se inserta o se actualiza.
en el cuadro de lista y deja el foco sin cambios.

Parámetro anotaciones
Una anotación es una cadena de texto corta que está asociada con el parámetro. Esta cuerda
se escribe en el área de eco siempre que se selecciona el parámetro en el cuadro de lista en el
Adivina, Def, Establecer página. El propósito de la anotación es escribir una pequeña pista sobre el
papel desempeñado por el parámetro en el modelo de ajuste. Si un parámetro de conjetura no tiene anotación
cuando se ejecuta un ajuste, su anotación se generará automáticamente. El automatico
la anotación para un parámetro de conjetura es su mejor valor de ajuste +/- su barra de error. El automatico
La anotación para un parámetro def, after o restrain es su valor evaluado después del ajuste.

Construir la restricciones
Uno de los elementos del menú contextual que se muestra al hacer clic con el botón derecho en un parámetro es para
construcción de restricciones basadas en parámetros de conjetura o definición. Esta herramienta proporciona un diálogo para
construir un tipo particular de restricción: el tipo que obliga a un parámetro a permanecer
dentro de límites por su valor. El cuadro de diálogo solicita un valor mínimo y máximo y
para un término llamado "amplificador". La expresión matemática construida es esta:

restringir param_res = pena (param, min, max) * amp

La función de penalización se evalúa a 0 cuando "param" está entre "min" y "max", a
"abs (min-param)" cuando "param" es menor que "min", y "abs (param-max)" cuando "param" es
mayor que "max". Esto se agrega en cuadratura a chi-cuadrado reducido a medida que el ajuste es
evaluado.

El término amplificador determina la magnitud de la penalización. Un valor alto para "amplificador"
forzar el valor ajustado de "param" a no desviarse demasiado fuera de sus límites. Un pequeño valor
permitirá que el ajuste tenga más libertad para permitir que "param" se desvíe de su conjetura inicial.

Consulte las sieffit Preguntas frecuentes, pregunta 8.1 para obtener más información sobre las restricciones, incluida la discusión
de otras formas de establecer restricciones que no involucren la función "penalización ()".

Una nota de advertencia: las restricciones no siempre son apropiadas. Como ejemplo, si un ajuste es
devolviendo un valor negativo para sigma ^ 2, puede que no sea apropiado aplicar una rigidez
moderación como una forma de forzar que sigma ^ 2 sea un valor esperado. A menudo, un
sigma negativo ^ 2 es indicativo de algún otro problema en el modelo de ajuste, como
desorden estructural excesivo, un número de coordinación que se ve obligado a ser demasiado pequeño, el
especies atómicas incorrectas para un backscatterer, o algo por el estilo. Usar una restricción en sigma ^ 2
en un caso como este no solucionaría el problema. Todo lo contrario, podría fomentar una
falso sentido de logro al "arreglar" el "problema" sigma ^ 2 sin realmente
abordar el problema real en el modelo de ajuste.

destacando
Hay una opción en el menú GDS para resaltar parámetros. Esto le solicita una
cadena de texto. Cualquier nombre de parámetro o expresión matemática que coincida con esa cadena será
marcado con un fondo verde. Esto es particularmente útil para grandes listas de parámetros.
La cadena de texto se interpreta como una expresión regular de perl y, por lo tanto, cualquier perl válido
Se pueden utilizar metacaracteres. (Esto incluye expresiones regulares que usan "(? {Código})" y
otras construcciones similares, una práctica del autor de Artemis no lo recomienda, pero lo hace
no prevenir.)

Importador y exportar texto archivos
Para modelos de ajuste grandes y complejos, puede ser conveniente editar la lista de parámetros con un
editor de texto o incluso escribir un programa que genere los parámetros y los escriba en un
Archivo de texto. En ese caso, es conveniente poder importar y exportar un texto
representación de la lista de parámetros. Estos archivos tienen un formato simple. Cualquier línea como
estas:

adivina un 5
establecer b 6
def c a + b

se puede importar y exportar desde la página Guess, Def, Set a través del menú GDS. En un
archivo importado, cualquier línea que comience con "guess", "def", "set", "restrain", "after",
o "saltar" se importará como parámetro. La segunda palabra de la línea se tomará como
el nombre del parámetro y las palabras restantes en la línea se concatinarán para formar el
expresión matemática. En las líneas de exportación seguirá este formato:

tipo nombre = expresión_matemática

Se realiza muy poca comprobación de errores durante la importación para verificar que el parámetro es
definido con sensatez, así que utilice esta función con precaución.

ARTEMISA: Átomos El Cristalográfico Rueda delantera Fin a FEFF

Artemis - ÁTOMOS, La interfaz cristalográfica para FEFF

El objetivo de la publicidad de Los átomos es generar un archivo "feff.inp" a partir de datos cristalográficos. El
La parte difícil de crear un archivo "feff.inp" es crear la larga lista de coordenadas atómicas.
Los átomos por lo que hace que la parte más difícil de correr feff fácil, al menos para matriales cristalinas.

Esta página se puede utilizar para crear datos de entrada para Los átomos desde cero. También se utilizará
para mostrar datos de cristalografía importados de un archivo "atoms.inp" o un archivo CIF. A
importar un archivo "atoms.inp" o un archivo CIF, use el diálogo de importación de archivos normal.

El título box
En la parte superior hay un cuadro de texto para ingresar líneas de título que identifican los datos cristalográficos.
Estas líneas se escribirán en el archivo "feff.inp" y en la parte superior del feff
página de interpretación. Este es un buen lugar para citar la bibliografía o para proporcionar
otra información importante sobre el cristal.

Cristal parámetros
En el lado izquierdo de la página hay cuadros de entrada para ingresar el grupo de espacios, las constantes de celosía,
y ángulos de celosía del cristal. Siempre se debe proporcionar un grupo espacial. Los átomos es muy
flexible sobre cómo se ingresa el símbolo del grupo de espacio. Puede utilizar Hermann-Maguin o
Símbolos de Scheonflies o el índice del grupo espacial de las Tablas Internacionales. El
El algoritmo que interpreta el símbolo es insensible al espacio en blanco y a las mayúsculas.
"P m -3 m" y "PM-3M" se interpretan de la misma manera. Para obtener detalles completos sobre cómo
se interpretan los símbolos, consulte el Los átomos docuemntation en el sitio web de Bruce.

Las constantes de celosía se ingresan en unidades de Angstroms, los ángulos se ingresan como números decimales
en grados (y no en minutos de arco, es decir, 89 grados y medio se ingresan como 89.5 en lugar de
más de 89'30 "). Muchos grupos espaciales tienen simetrías que forman algunos ángulos de celosía y
constantes iguales. En esas situaciones, solo es necesario completar lo esencial
valores. Por ejemplo, un grupo de espacio cúbico solo requiere un valor para la constante "a".
Los átomos sabrá establecer las otras constantes de celosía de la misma manera y establecer los ángulos a 90
grados. Para grupos de menor simetría, debe proporcionar toda la información necesaria.

Debajo de las constantes de celosía hay cuadros de entrada para "Rmax" y el vector de desplazamiento y un menú para
seleccionando el borde de absorción del feff cálculo. "Rmax" es la extensión radial de la
clúster que se escribirá en el archivo "feff.inp". Algunos grupos espaciales se dan en el
Tablas internacionales con dos orígenes diferentes, es decir, el origen se coloca en sitios con
dos simetrías de puntos diferentes. Las coordenadas fraccionarias de los sitios son diferentes para
las dos configuraciones diferentes del cristal. En esos casos, Los átomos requiere que uses un
en particular una de las dos opciones. Si sus datos de entrada han utilizado la otra opción de origen,
debería ser bastante obvio. En ese caso, los números de coordinación y las distancias al
los proyectiles de coordinación normalmente estarán obviamente mal. Cuando usas uno de los grupos espaciales
para los cuales existen dos opciones de origen, Artemis emitirá una advertencia. Si sospecha que el
se ha utilizado una elección de origen incorrecta, inserte los valores para el vector de
informado en el mensaje de advertencia.

En ocasiones, los cristales se informan en la literatura utilizando orígenes distintos al
estándar uno utilizado en las Tablas Internacionales. Un ejemplo famoso es el óxido de germanio. Aquí
son los datos de cristal para GeO2:

título GeO2 (hexagonal)
espacio p 32 2 1
a = 4.98502 c = 5.64800
rmax = 6.0 núcleo = Ge
turno 0 0 0.66667
átomos
Ge 0.4513 0.0 0.0
O 0.3969 0.3021 0.0909

Por alguna razón, la referencia de cristalografía para este material utiliza un origen que es
desplazado en 2/3 en la dirección z en relación con el origen utilizado en las tablas internacionales.
Para obtener Los átomos para calcular esta estructura correctamente, el vector de desplazamiento dado arriba debe ser
usado.

El átomos lista
A la derecha de la página está la lista de sitios cristalográficos únicos. Como nuevos sitios
se crean, se insertan en la lista. Los sitios no se editan directamente, sino
Se utiliza el área de edición en la parte inferior de la pantalla y se muestra la lista de todos los sitios.
mostrado aquí. Esto funciona de manera muy similar a la página Guess, Def, Set.

Para editar un sitio, haga clic con el botón izquierdo en su entrada en la lista. Son símbolos de elementos, coordenadas,
y la etiqueta del sitio se mostrará en el área de edición. Un clic derecho en un sitio de la lista
publicar un menú contextual con varias funciones que se pueden realizar en ese sitio. Usted puede
reordenar la lista utilizando el elemento de menú "Mover". Se puede copiar un sitio y agregar la copia a
la lista utilizando el elemento de menú "Copiar". El elemento del menú "Descartar" elimina completamente el sitio.
de la lista. La lista admite la selección ampliada. Cuando se seleccionan muchos sitios (p. Ej.
resaltado en amarillo), el elemento del menú "Descartar" funcionará en todos los sitios seleccionados.

Los sitios también se pueden reordenar usando el teclado. Se pueden usar "Alt-k" y "Alt-j" para mover
el sitio seleccionado hacia arriba o hacia abajo en la lista.

El editar cafe
En la parte inferior de la página se encuentra la colección de widgets que se utilizan para crear y editar
sitios cristalográficos únicos. El cuadro de elemento se utiliza para insertar el elemento de dos letras.
símbolo del sitio. El sitio no se creará si este no es un símbolo válido. La etiqueta
puede ser cualquier cadena de 10 letras utilizada para identificar el sitio. La etiqueta se usa para diferenciar
sitios que contienen el mismo elemento.

Los cuadros de las coordenadas "x", "y" y "z" se pueden rellenar con números de punto flotante.
o fracciones simples. Es decir, 0.5 y "1/2" son ambos aceptables. Estas coordenadas son
posiciones fraccionarias en la celda unitaria y no son coordenadas cartesianas.

Una vez que haya creado todos los sitios en su cristal, haga clic en el botón "Ejecutar átomos". Esta voluntad
procesar los datos cristalográficos, crear el archivo "feff.inp", mostrar el archivo "feff.inp"
.

Los átomos plantilla archivos
Se determinan los datos "feff.inp" que se generan cuando se presiona el botón "Ejecutar átomos"
por el contenido de un archivo de plantilla especial. Artemis se distribuye con una serie de
archivos de plantilla que sirven para diferentes propósitos. La estructura de los datos "feff.inp" se establece mediante
el valor de la preferencia "átomos-> plantilla". El valor predeterminado es "feff", que indica
Artemis para utilizar el archivo de plantilla adecuado para ejecutar feff6.

Si desea ejecutar alguna otra versión de feff, debes configurar "átomos-> plantilla"
variable de preferencia al valor apropiado. Las plantillas se proporcionan con Artemis para
la escritura feff7 y feff8 archivos de entrada. feff8 Se pueden escribir archivos de entrada que sean adecuados
para XANES o cálculos EXAFS no autoconsistentes.

A veces, es útil modificar archivos de plantilla para escribir "feff.inp" especializado
datos. Si estos archivos de plantilla modificados se colocan en "~ / .horae / atp /"(unix) o" C: Programa
Archivos \ Ifeffit \ horae \ atp "(Windows), Artemis podrá encontrarlos.

Final nota
Una explicación completa de cómo Los átomos Los algoritmos funcionan está más allá del alcance de este documento.
.

ARTEMISA: El FEFF Entrada Archive

Artemis El FEFF fichero de entrada

Esta página muestra el feff datos de entrada, que incluyen algunos parámetros de control y una larga
lista de coordenadas atómicas. Esta página no es más sofisticada que un cuadro de texto que
sirve como un editor primitivo y un botón en la parte inferior para ejecutar feff. Explicando feff
está más allá del alcance de este documento.

Cuándo feff está terminado, se le presentará un cuadro de diálogo que le preguntará cuántas rutas desea importar.
Las opciones son ninguna, la primera ruta, las primeras 10 rutas y todas las rutas. El numero en
la tercera opción es configurable en el diálogo de preferencias. Si alguna vez necesitas volver a ejecutar
feff después de iniciar un proyecto, "ninguno" suele ser la respuesta correcta. Las otras opciones pueden
dan como resultado que una o más rutas se definan dos veces en el proyecto, una situación confusa.

If feff no se ejecuta hasta el final, Artemis intentará reconocer el problema y publicar un
sugerencia de cómo solucionar el problema. Si Artemis no reconoce tu problema,
Explícalo Bruce para que pueda agregar ese problema a Artemisbase de datos de resolución de problemas
automatizadas.

ARTEMISA: Interpretación of las FEFF Cálculo

Artemis - Interpretación de la FEFF cálculo

Esta página proporciona una descripción concisa de la feff cálculo. En la parte superior de la página está
un resumen de algunas de las estadísticas del cálculo. Debajo hay un cuadro que muestra el
detalles de cada ruta a partir del cálculo. Para cada camino, la degeneración, la mitad del camino
se muestran la longitud y el factor de amplitud. La última columna muestra un resumen tokenizado de
el camino de dispersión: esto le permite ver de un vistazo qué átomos estaban involucrados en el
camino.

La información y los menús contextuales disponibles en esta página le permiten organizar, comprender,
y manipular los caminos en este feff cálculo. Prácticamente todas las funciones que involucran
los caminos excepto escribir expresiones matemáticas para los parámetros de ruta están disponibles en este
.

El Automática gráfico
Los colores y fuentes utilizados en el gráfico transmiten información:

negrita, negro fuente
Estas son rutas que se han importado al proyecto y se incluyen en el ajuste.

negrita, marrón fuente
Se trata de rutas que se han importado al proyecto pero que están excluidas del ajuste.

normal, negro texto
Estas son rutas que no se han importado al proyecto pero que están disponibles.
para ser importado.

normal, gris texto
Estas son rutas que no están disponibles para su importación al proyecto. Estos pueden ser
disponible volviendo a ejecutar el feff cálculo. Después de la feff corre, lo mejor es
elija la opción "no importar rutas" para evitar volver a importar las rutas que ya están en el proyecto. Después
que, estas rutas se escribirán en texto negro normal, lo que indica que son
disponible para importación.

Ligero marrón fondo
El fondo marrón claro se utiliza para indicar trayectorias de dispersión únicas.

Ligero azul fondo
El fondo azul claro se utiliza para indicar múltiples colineales o casi colineales.
caminos de dispersión.

Contexto menús
Hay menús contextuales interesantes y útiles en cada parte de esta página. Estos menús
están disponibles haciendo clic derecho.

Al hacer clic derecho en cualquier parte del cuadro de texto en la parte superior de la página, aparecerá un menú con
opciones para ver archivos desde el feff cálculo.

Al hacer clic con el botón derecho en la tabla de interpretación, se publicará un menú de opciones relevantes para la
ruta en la línea en la que hizo clic. Cada uno de los cuatro tipos de caminos dados por los cuatro
las fuentes descritas anteriormente tienen su propio menú.

Para las rutas que se importan en el ajuste, el menú ofrece opciones para trazar la ruta,
mostrar la página de esa ruta, incluyendo o excluyendo la ruta en el ajuste, seleccionando o
deseleccionando esa ruta para trazar, haciendo que esa ruta sea la predeterminada para la evaluación de def
parámetros después de un ajuste, mostrando el texto del archivo que contiene la ruta, o descartando
el camino. Las opciones para incluir o excluir y para seleccionar o anular la selección dependen
en el estado de esa ruta en la Lista de rutas y datos. Además, algunas opciones pueden aparecer atenuadas
dependiendo del estado de esa ruta.

Para las rutas que no se han importado al proyecto, el menú contextual le permite
importar la ruta con la opción de mostrar su página o dejar la pantalla en el feff
interpretación. Para las rutas que no están disponibles para la importación, se publica un mensaje que lo indica.
cuando se hace clic con el botón derecho en una de esas líneas.

La tabla de interpretación permite una selección extendida de líneas en la tabla. Usted puede
seleccione rutas adicionales manteniendo presionada la tecla de control mientras hace clic con el botón izquierdo del mouse
botón. Mantener presionada la tecla Mayús mientras se hace clic con el botón izquierdo selecciona todas las líneas entre el ancla
(el delineado con una línea discontinua) y en el que hace clic. También puede hacer clic y
arrastre para seleccionar todas las líneas sobre las que arrastra. Cuando se selecciona más de una línea, la
el contenido del menú contextual cambia para reflejar la funcionalidad que tiene sentido para muchos
caminos. La selección ampliada en la tabla de interpretación es, por tanto, una buena forma de
incluir / excluir, seleccionar / deseleccionar o trazar una gran cantidad de rutas.

El menú contextual que aparece cuando se seleccionan muchas líneas puede resultar un poco sorprendente.
Su contenido depende del estado de la línea anclada, que en este caso es la
en el que hace clic con el botón derecho del ratón para publicar el menú. Las opciones en el menú contextual serán
adecuado al estado de la selección anclada independientemente de los estados del otro
líneas seleccionadas. Si elige un elemento de menú que no tiene sentido para algunos de los
líneas seleccionadas, esas líneas serán ignoradas.

He aquí un ejemplo concreto. Suponga que selecciona varias líneas, algunas de las cuales son
incluidos en el ajuste y algunos de los cuales no se han importado en el ajuste. Si tu entonces
haga clic con el botón derecho en una de las rutas incluidas, obtendrá las opciones apropiadas para incluir
caminos. Si luego solicita trazar las rutas seleccionadas junto con los datos, las rutas incluidas
se trazarán y las rutas importadas se ignorarán. Si, en cambio, hace clic en uno de
las rutas que aún no se han importado, el menú contextual le dará la opción de
importando las rutas seleccionadas. En ese caso, las rutas que ya se han importado
será ignorado

Problema disparo
En ocasiones, es posible que vea que las líneas en el feff La interpretación no informa adecuadamente sobre
el contenido de la ruta. Cuando esto sucede, las etiquetas del sitio se reemplazan por esta cadena:
" ". Hay un par de razones habituales por las que puede ver el" "etiquetas:

1. Has hecho algo de vudú avanzado con feff, editando "files.dat" o "paths.dat"
a continuación, vuelva a ejecutar el último módulo para producir una salida especializada.

2. Has descubierto un error en el algoritmo. Artemis utiliza para recolectar información de
las feff cálculo. En ese caso, debe enviar el archivo "feff.inp" o el
Artemis archivo de proyecto a Bruce para que pueda solucionar el problema.

Tenga en cuenta que la aparición del " "probablemente no sea una indicación de que feff tiene
portado mal. El feff el cálculo debe ejecutarse hasta su finalización y generar su salida normal
antes de que este problema pueda manifestarse. El feff es casi seguro que el cálculo sea utilizable
para analizar los datos. El feff la página de interpretación es Artemisel intento de organizar
información sobre el feff cálculo en algún formato fácil de usar. Que este
El esfuerzo organizacional fallido no es necesariamente una indicación de que feff ha fallado.

ARTEMISA: El Path Página

Artemis - La página de ruta

La página de ruta se muestra siempre que un feff La ruta se selecciona de la Lista de datos y rutas.
Esta página se utiliza para establecer las expresiones matemáticas de los parámetros de ruta para esta ruta.

En la parte superior de la página hay una línea que identifica qué feff cálculo de este camino es.
Debajo hay tres conmutadores. Uno se utiliza para incluir o excluir la ruta de
utilizar en el ajuste. Hay muchas otras formas de Artemis para incluir y excluir rutas de otros
que usar este conmutador. Consulte la página de interpretación de Feff y "artemis_menubar" para obtener más información.
discusión de esto. También Control-t es lo mismo que hacer clic en este interruptor.

El segundo conmutador se usa para especificar las rutas que le gustaría trazar después de un ajuste (o suma
de caminos) está terminado. De forma predeterminada, los datos y el ajuste (o suma) se grafican después del ajuste
(o suma) y no se trazan caminos. Cualquier ruta seleccionada para trazar se agregará a la
trazar una vez finalizado el ajuste (o la suma).

La tercera palanca se usa para establecer qué ruta es la ruta predeterminada para la evaluación de Def
parámetros después del ajuste. Es posible escribir expresiones matemáticas que evalúen
de manera diferente para diferentes caminos. Un ejemplo podría ser una expresión matemática con "reff"
parámetro. Para cualquiera de estos parámetros de Def, es necesario decir Artemis que camino debe
utilizarse para informar de esos parámetros en el archivo de registro. El valor predeterminado es utilizar el
primera ruta enumerada en la Lista de rutas y datos.

Debajo hay un cuadro que resume la ruta. Esto da algunas estadísticas sobre la ruta.
además de mostrar un "mapa" codificado por colores de la ruta de dispersión. El átomo central es
siempre se muestra en texto rojo. Otros átomos están en texto negro. El texto gris muestra el
longitud y ángulo de dispersión de cada tramo del camino. En el caso de un múltiplo de orden superior
camino de dispersin que tiene catetos que tienen un ngulo eta euleriano no nulo entre ellos, el
También se mostrará el ángulo eta. Si esa última oración fue un galimatías, es suficiente para
Sepa que rutas de ese tipo casi nunca son observables en datos EXAFS reales.

En la parte inferior de la página está la lista de parámetros de ruta. esto es lo más importante
sección de la página porque es aquí donde se realizan los detalles del modelo de ajuste.
Hay un cuadro de entrada para cada uno de los distintos tipos de parámetros de ruta. Las matemáticas
La expresión apropiada para cada parámetro debe ingresarse en el cuadro de entrada.

Cuando un feff el cálculo se importa en Artemis, un conjunto de parámetros automáticos son
generado, ingresado en la lista en la página Guess, Def, Set, e ingresado en la ruta
cuadros de parámetros para cada ruta importada. El comportamiento predeterminado de Artemis es generar un
conjunto de parámetros apropiados para un primer ajuste de shell simple, de dispersión única. Mientras que
podría estar bien hacer clic inmediatamente en el gran botón verde, la mayoría de los modelos adecuados requerirán
edición sustancial.

El botón derecho del mouse tiene muchos propósitos importantes en la página de ruta. Haciendo clic en el
el botón derecho del mouse en cualquier lugar de uno de los cuadros de entrada resaltará la palabra debajo
el cursor y publicar un menú. Las entradas del menú sirven para definir la palabra como
en la página Guess, Def, Set. Para cada tipo de parámetro existe la opción de
saltar o quedarse. En cualquier caso, el parámetro se define y se agrega a la lista en el
Página GDS. Para saltar, se muestra la página GDS. Para quedarse, el camino actual
la página permanece visualizada.

Al hacer clic con el botón derecho en una de las etiquetas de parámetro de ruta, se publicará un menú de funciones relacionadas
para definir expresiones matemáticas de parámetros de ruta. La opción "Editar" mostrará un cuadro de diálogo utilizado
para ingresar una expresión matemática y luego, opcionalmente, exportar su valor a otras rutas.
La opción "Borrar" hace precisamente eso.

Las diversas opciones de "Exportar" son formas de restringir los parámetros de ruta para que sean los mismos para
otros caminos. Las opciones "Agarrar" hacen que el parámetro de ruta actual sea el mismo que la ruta
parámetro en la ruta anterior o siguiente.

La etiqueta "sigma ^ 2" tiene algunas opciones adicionales. Estos insertan el sintácticamente correcto
texto apropiado para usar los modelos de Einstein correlacionados de Debye o de frecuencia única
para el sigma ^ 2 de la ruta.

Para habilitar la visualización de espacios para "dphase", "k_array", "amp_array" o "phase_array"
parámetros de ruta, debe hacer clic en el botón "Parámetros de ruta extendidos" en las rutas
.

ARTEMISA: El Log Viewer

Artemis - El visor de registros

Cuando un ajuste está anclado en la lista Datos y rutas, el visor de archivos de registro se muestra en la
panel principal. El propósito de esta página es examinar los archivos de registro del ajuste o
de ataques anteriores. Estos archivos de registro se pueden leer individualmente o se pueden generar informes
basado en su contenido.

Cuando se muestra esta página, cada ajuste se ingresa en el cuadro de lista en el lado izquierdo de la
página. Al hacer doble clic con el botón izquierdo del mouse en un ajuste en el cuadro de lista, se mostrará que
archivo de registro sin procesar de fit. Al hacer clic con el botón derecho en un ajuste, se publicará un menú con opciones para mostrar
que se ajusta al archivo de registro en forma sin procesar, rápida o en columnas o para realizar otras tareas
relacionado con ese ajuste.

Sin embargo, mucho más interesante que mostrar los archivos de registro es generar informes sobre el
archivos de registro. Cerca de la parte superior de la página hay un cuadro combinado para seleccionar entre los parámetros en
la página Guess, Def, Set. Si elige uno y, a continuación, haga clic en el botón "Escribir informe"
busque extraer que los parámetros se ajusten mejor al valor y la incertidumbre de cada archivo de registro. Esta
La función le permite realizar un seguimiento de la evolución de los parámetros de ajuste individuales a medida que desarrolla
su modelo apropiado.

El cuadro combinado que contiene los nombres de los parámetros de ajuste se rellena con el contenido
de la página Guess, Def, Set. A veces puede ser útil en su lugar llenar el cuadro combinado
con los nombres de los parámetros extraídos de un archivo de registro. Esto sería útil, por ejemplo,
para examinar un parámetro que se usó en un momento, pero que ya no está en la página de GDS
o se ha convertido en un parámetro de omisión (por lo que no se incluye en el cuadro combinado por
defecto). Para hacer esto, haga clic derecho en un ajuste y seleccione el elemento "Obtener lista de parámetros".

Se pueden realizar algunas modificaciones a los informes generados por el visor de registros. Haciendo clic en
el botón "Calcular el valor medio" indica Artemis para calcular la media aritmética y
desviación estándar del parámetro de los valores extraídos de los distintos archivos de registro.
Estos se mostrarán en el encabezado del informe.

Al hacer clic en el botón "Ajustar la temperatura de Einstein" se indicará Artemis para ajustar los datos sigma ^ 2 a
un modelo que consta de un oscilador de frecuencia única más un desplazamiento constante. El informe
El encabezado contendrá los valores e incertidumbres de mejor ajuste para la característica.
temperatura y compensación constante. Este cálculo solo ocurrirá si las cifras de
mérito para los archivos de registro seleccionados son las temperaturas y los valores de mejor ajuste para el elegido
parámetro son valores sigma ^ 2 razonables. Esta función realiza una serie de comprobaciones en el
cifras de mérito y valores de mejor ajuste para determinar si parecen ser datos apropiados para
este cálculo. Estas heurísticas se pueden ajustar configurando parámetros en la vista de registro
sección del cuadro de diálogo de preferencias.

El elemento final en el menú contextual que se muestra al hacer clic derecho en un elemento en el
La lista de archivos de registro es una opción para restaurar ese modelo de ajuste. Entre la información que se encuentra
Cada vez que se realiza un ajuste, se guarda una descripción completa del modelo de ajuste, que incluye
qué archivo de datos se ajusta, la lista completa de feff ruta utilizada, y todos los datos de ajuste,
y parámetros de ruta. Esta característica le permite revertir Artemis al estado en el que estaba cuando
se hizo un ajuste pasado. Cuando haces esta reversión, Artemis limpiará el contenido de
la Lista de datos y rutas y luego vuelva a crear el proyecto en la forma del accesorio seleccionado
modelo. Esto es más que solo un cambio de valores de parámetros. Artemis realiza un seguimiento de todo
datos y feff caminos utilizados a lo largo del curso del proyecto y puede restaurar incluso ajustes
que son significativamente diferentes del ajuste actual.

Importador Athena datos del proyecto || Archivos de salida || Artemis archivos de proyecto ||

ARTEMISA: Trazado Datos

Artemis - Trazado de datos

Parcelas en Artemis se realizan utilizando los elementos seleccionados en la lista de datos y rutas, que son
los resaltados en naranja. Consulte la sección del documento principal para obtener una explicación de cómo
a los elementos seleccionados para su trazado.

En la parte superior del panel de la trama hay tres botones rojos grandes. Uno es para hacer un complot en
k-espacio, uno es para R-espacio, y el tercero es para q-espacio (es decir, k-espacio transformado hacia atrás).

k-ponderación
Debajo de los botones de gráfico hay un conjunto de botones de radio para configurar el peso k que se utilizará en la
parcelas. El peso k elegido se utilizará para ponderar una gráfica en el espacio k o para ponderar los datos de
Transformación de Fourier. Se utiliza el mismo peso k para cada artículo seleccionado. El botón
marcado "kw" necesita alguna explicación. Cuando se elige este botón, el peso k a usar en
la trama se determinará a partir de los datos que se tracen. Si el peso k arbitrario
habilitado para el conjunto de datos, se utilizará el valor para el peso k arbitrario, de lo contrario el
Se utilizará el valor de peso k más pequeño habilitado. Hay dos razones para usar el "kw"
botón. Una es trazar usando su peso arbitrario. El otro es hacer un diagrama de dos
o más conjuntos de datos utilizando un peso k diferente para cada conjunto de datos.

Tenga en cuenta que estos controles de peso k no están relacionados con los controles que establecen el peso k
utilizado en el ajuste. La ponderación K para el ajuste y el trazado se controlan de forma independiente.

Seleccionar ¿ Obtiene Trazado
Debajo de los botones de radio de peso k hay menús para elegir qué parte de las funciones complejas
chi (R) o chi (q) para trazar. Gráficos que involucran múltiples partes de funciones complejas (p. Ej.
real + sobre) no son posibles actualmente.

Debajo de estos menús hay tres botones de verificación que se utilizan para trazar la ventana de transformada de Fourier,
la función de fondo y el residual. Si se presiona el botón de la ventana,
La función de ventana apropiada se trazará en cualquier gráfico. El trasfondo y residual
las funciones solo se trazan si uno de los elementos seleccionados es adecuado. El fondo será
solo se trazará si se realizó un corefinement de fondo para ese ajuste. Si un ataque no está entre
los elementos seleccionados, el fondo y el residual no se trazarán. Tenga en cuenta que una trama
con más de un ajuste seleccionado puede ser bastante confuso si el fondo o el residuo
los botones están presionados ya que el fondo y el residuo se trazarán para cada ajuste.

Los rangos sobre los que se hará la trama en los tres espacios están controlados por el
tres juegos de cajas de entrada.

Extra Trazado Caracteristicas
Las dos pestañas adicionales en el panel de trazado contienen los controles para lo siguiente
utilidades:

indicadores

Los indicadores son barras verticales que se pueden colocar en ubicaciones elegidas por el usuario en k-, R- o
q-espacio. Estos indicadores se mostrarán cada vez que se haga un gráfico. La idea es que
Los indicadores son una guía para el ojo, llamando la atención sobre un lugar de interés a medida que los datos
siendo trazados los cambios.

Los indicadores seleccionados en el espacio k o q se trazarán tanto en el espacio k como en el espacio q, pero
no en el espacio R. Asimismo, los indicadores seleccionados en el espacio R no se representarán en k- o
q-espacio.

Varias características de los indicadores, incluido el número, el tipo de línea y la
color, se puede configurar en la sección Trazar del cuadro de diálogo de preferencias.

Los indicadores funcionan bien con cada una de las opciones de trazado que se describen a continuación.

Apilado

El apilamiento se refiere a un desplazamiento vertical de las distintas huellas. Esto es más útil para
trazar las diversas contribuciones de la ruta en el espacio k, pero a veces es útil en otros tipos
de parcelas también. El apilamiento requiere tres parámetros que se establecen en el apilado
tarjeta de nota. El primer control es una serie de botones de radio para elegir si apilar
ocurre en el espacio k, siempre o nunca. Si se elige la opción k-space, entonces q-space traza
de las partes reales o imaginarias también se apilarán. (Básicamente, la opción "espacio k"
se refiere a cualquier función ondulante del número de onda.) Los otros dos controles establecen la
valor de compensación y el incremento entre etapas.

Invertir

La inversión es una herramienta útil para mostrar las contribuciones de la ruta en "| chi (R) |" parcelas.
Cuando se selecciona, el "| chi (R) |" de cualquier camino incluido en la trama será
multiplicado por -1 para que queden por debajo del eje cero. Ojalá este tipo de trama
ayudan a reducir el desorden al mismo tiempo que ayudan a mostrar qué caminos contribuyen a dónde. El
Los botones de radio de esta tarjeta le permiten elegir entre no invertir nunca, invertir
"| chi (R) |", o invirtiendo ambos "| chi (R) |" y "| chi (q) |". Las partes reales e imaginarias en
El espacio R o q nunca se invierte. chi (k) tampoco se invierte nunca. La inversión está desactivada
cada vez que se selecciona apilar y afectaría el gráfico actual (es decir, no se puede apilar y
invertir al mismo tiempo).

Datos set compensaciones

Esta característica es útil para gráficos de conjuntos de datos múltiples. Esto es similar a apilar en que
el parámetro denota un desplazamiento vertical para usar en el gráfico. Cada rastro asociado con un
El conjunto de datos en particular se traza en el mismo nivel, pero los conjuntos de datos serán compensados ​​por el
cantidad especificada por este control. Esto proporciona una forma de visualizar simultáneamente todos
partes de un conjunto de datos múltiples se ajustan. Se recomiendan valores negativos, con un negativo
offset, las trazas se trazarán en el mismo orden de arriba a abajo que en la trama
leyenda.

El apilamiento está deshabilitado cuando se utilizan compensaciones de conjuntos de datos. La inversión se usa con el conjunto de datos
compensaciones, aunque creo que esto da como resultado gráficos confusos.

Paletas || Uso de la lista de datos y rutas || = head1 ARTEMIS: Edición de expresiones matemáticas

Artemis - Edición de expresiones matemáticas

El cuadro de diálogo de edición de expresiones matemáticas es una forma de establecer expresiones matemáticas de parámetros de ruta para
muchos caminos a la vez. Funciona en un parámetro de ruta dado, por ejemplo, establece e0 o sigma ^ 2 para
muchas rutas pero no toca otros parámetros de ruta. Este cuadro de diálogo está disponible en dos
diferentes menús contextuales. Si hace clic con el botón derecho en una etiqueta de parámetro de ruta en la página de ruta
y seleccione "Editar para muchas rutas", luego aparecerá el cuadro de diálogo para editarlo
parámetro. Si hace clic derecho en una entrada en el feff página de interpretación y seleccione la
Cascada "Editar parámetros de ruta", luego seleccione un parámetro de ruta, aparecerá el cuadro de diálogo para
editar ese parámetro.

Operación of las diálogo
El diálogo es bastante simple. En la parte superior hay un cuadro de entrada de texto para escribir sus matemáticas
expresión. Debajo hay varios botones de radio para especificar cómo aplicar las matemáticas
expresión a los distintos caminos de su proyecto. Las opciones son:

1. Agregue la expresión matemática a cada ruta en el actual feff cálculo.

2. Agregue la expresión matemática a cada ruta en cada feff cálculo.

3. Agregue la expresión matemática a cada ruta en cada feff cálculo asociado con el
conjunto de datos actual.

4. Agregue la expresión matemática a las rutas seleccionadas (es decir, las resaltadas en naranja en la
Lista de datos y rutas).

Tokens
Puedes escribir tus expresiones matemáticas usando token. Los tokens son cadenas de caracteres cortas que
será reemplazado por información específica de la ruta a medida que la expresión matemática se aplique a cada
sendero. Los tokens son:

% i El índice de ruta del feff cálculo. Esto en realidad se calcula a partir del nombre de
el archivo `feffNNNN.dat 'del feff cálculo. Por ejemplo, si el archivo es
`feff0029.dat ', luego% i se expandirá a 29.

% I El índice de ruta del feff cálculo, relleno para llenar cuatro caracteres. Para
Por ejemplo, si el archivo es `feff0029.dat ',% I expandirá a 0029.

% r La longitud de ruta efectiva (o "reff") de la feff cálculo de la ruta.

% d La degeneración del camino.

Plantilla% DA para la función Debye. Esto siempre se expande a la cuerda.
"debye (temp, thetad)" y puede ser necesario editarlo después del hecho para usar la variable correcta
nombres. Esto se ofrece porque al autor le resulta difícil recordar el orden de los
argumentos a la función Debye.

Plantilla% EA para la función de Einstein. Esto siempre se expande a la cuerda.
"eins (temp, thetae)" y puede ser necesario editarlo después del hecho para usar la variable correcta
nombres. Esto se ofrece porque al autor le resulta difícil recordar el orden de los
argumentos a la función de Einstein.

ARTEMISA: Confirmación de Viaje Nombre Cáscara Teoría

Artemis - Teoría de la primera capa automatizada

A veces, pensar en un modelo adecuado es más que un problema de méritos. Solo quieres un
rápida y sucia puñalada en el primer caparazón, tal vez para medir el centroide de la
distribución, tal vez para saber si una muestra tiene 4 o 6 coordinaciones. Lo que.

Artemis no es muy adecuado para el análisis del primer proyectil de fuego rápido. Por diseño,
Artemis tiende a obligar al usuario a reducir la velocidad y pensar detenidamente en cada paso. Artemis is
poderoso, pero ella no es simple.

La herramienta de teoría de la primera capa rápida (QFS) es un intento de abordar esta deficiencia. Eso
funciona así:

1. Importe algunos datos. Establezca la transformada de Fourier y los parámetros de ajuste adecuados
valores. Específicamente, asegúrese de establecer el rango de ajuste de manera que encierre el
primer pico de los datos.

2. Seleccione "Teoría del primer shell rápido" en el menú Teoría. Esto mostrará el QFS
diálogo.

3. El cuadro de diálogo QFS proporciona espacios para seleccionar los parámetros para un primer shell simple
teoría. Estos incluyen las especies atómicas del absorbente y el esparcidor, el
borde de absorción del experimento, la distancia aproximada entre el absorbedor y
dispersor, y la geometra de coordinacin para usar en el feff cálculo.

Actualmente se encuentran disponibles las siguientes geomatrías de coordinación:

· Cristal de 4 coordenadas

· Cristal de 6 coordenadas

· Molécula octaédrica

· Molécula tetraédrica

· Molécula cuadrada-plana

La teoría QFS probablemente no sea muy sensible a la elección de la coordinación.
geometría. Dado que la muestra desconocida probablemente no esté bien descrita por ninguno de estos
geometrías, todas son meras aproximaciones para su uso en un ajuste rápido y sucio.

4. Una vez que haya configurado los parámetros para la teoría QFS, haga clic en "¡Hazlo!" botón.
Esto recorrerá lo siguiente sin pausar:

una. Cree un archivo de entrada para feff cálculo

B. Correr feff

C. Importar la primera ruta de la feff cálculo

D. Cree un conjunto de parámetros de conjetura para la amplitud, el sigma ^ 2, el e0 y el
delta R.También se crean parámetros establecidos para el tercer y cuarto acumuladores, pero
se ponen a cero. Estos parámetros de conjunto acumulativo más altos se crean para que sea
Es fácil considerar acumulativos más altos en ajustes posteriores simplemente cambiándolos de
listo para adivinar.

Si tiene un primer caparazón mixto, puede optar por repetir los pasos 2 a 4 dos o más
veces.

Al final de esta secuencia, te quedas con Artemis en su estado normal. Tu puedes necesitar
para ajustar los parámetros usados ​​en el ajuste. El cuadro de diálogo QFS es realmente solo una herramienta para
configurando inicialmente el proyecto. No cambia de ninguna manera el funcionamiento normal de Artemis.

Si importa datos de un Athena archivo de proyecto, la especie del absorbente y el borde
se configurará correctamente cuando inicie el cuadro de diálogo.

La barra de menú || El diálogo de preferencias ||

Referencias

Aquí están las URL relevantes:

IFEFFIT
http://cars.uchicago.edu/ifeffit

PGPLOT
http://www.astro.caltech.edu/~tjp/pgplot/

Perl
http://www.perl.com

perl / Tk
http://www.lehigh.edu/~sol0/ptk/

DESAPARECIDO CATEGORIAS

Qué esperas!

QUÉ IN A ¿NOMBRE?

Artemis era la diosa de la caza, una metáfora adecuada para el análisis EXAFS. ARTEemis es también
un juego de palabras sobre la naturaleza del análisis EXAFS que funciona en inglés y en lenguas romances.

Utilice artemis en línea utilizando los servicios de onworks.net