bp_papplmaker.plp: en línea en la nube

PROGRAMA:

NOMBRE

papplmaker.PLS - Generador de módulos de herramientas de análisis

SINOPSIS

# obtener alguna ayuda
papplmaker.PLS -h

# generar módulo para el programa 'seqret'
papplmaker.PLS -n editar.seqret

# ídem, pero especifique dónde encontrar 'seqret'
papplmaker.PLS -n edit :: seqret
-l http://localhost: 8080 / eje / servicios

# ídem, pero especifique un método de acceso no predeterminado para 'seqret'
papplmaker.PLS -n edit :: seqret
-l http://corba.ebi.ac.uk/IOR/Analyses.ref
-un corba

# generar módulos para todos los análisis disponibles
# (usando la ubicación predeterminada y el método de acceso predeterminado)
papplmaker.PLS

# no genere pero vea lo que se generaría
papplmaker.PLS -s
papplmaker.PLS-S

# generar módulo para análisis 'edit :: seqret'
# pero llámalo 'MySeqret'
papplmaker.PLS -n edit :: seqret -m MySeqret

# ... y úsalo
use MiSeqret;
imprimir nuevo MySeqret-> sequence_direct_data ('tatatacccgt')
-> osformat ('embl')
-> esperar_por
-> outseq;

# ídem pero ponga el resultado en el directorio '/ tmp / my'
# (los directorios no necesitan existir)
papplmaker.PLS -n edit :: seqret -m MySeqret -d / tmp / my /

# generar módulos para todos los análisis cuyos nombres
# coincidencias con una expresión regular (no distingue entre mayúsculas y minúsculas)
papplmaker.PLS -r 'editar'

# ídem, pero nombre del módulo generado con sus propios nombres
# (permitiendo que papplmaker.PLS sustituya partes de sus nombres)
papplmaker.PLS -r 'editar' -m 'Mi_ $ ANÁLISIS'

DESCRIPCIÓN

El módulo "Bio :: Tools :: Run :: Analysis" proporciona acceso al análisis local y remoto
herramientas de forma unificada (definida en "Bio :: AnalysisI"). El módulo utiliza un enfoque general
permitiendo establecer datos de entrada arbitrarios y recuperar resultados nombrándolos. Sin embargo,
a veces es más conveniente utilizar un módulo específico, que representa una herramienta de análisis,
que ya conoce los nombres de entrada y resultado disponibles.

El generador "papplmaker.PLS" crea estos módulos dedicados.

"papplmaker.PLS" utiliza el mismo método de acceso que el módulo general, lo que significa que
dependiendo del parámetro "acceso" puede utilizar SOAP, CORBA o cualquier otro (soportado)
protocolo, o puede acceder al análisis local (disponible en la misma máquina donde
se invoca "papplmaker.PLS").

"papplmaker.PLS" hace su trabajo para un análisis con nombre (especificado por la opción "-n",
o utiliza el módulo "Bio :: Tools :: Run :: AnalysisFactory" para encontrar qué análisis son
disponible, y puede limitar su número comparando con una expresión regular dada por
la opción "-r".

El módulo o módulos generados se nombran por defecto de forma similar a los nombres de los
análisis correspondientes, pero esto se puede cambiar con la opción "-m", que en realidad es una
plantilla donde se reconocen y reemplazan las siguientes cadenas:

$ ANALYSIS o $ {ANALYSIS}
Será reemplazado por el nombre del análisis.

$ CATEGORY o $ {CATEGORY}
Será reemplazado por el nombre de la categoría a la que pertenece el análisis.

$ SERVICE o $ {SERVICE}
Será reemplazado por el nombre completo del servicio (que suele ser una concatenación
de una categoría y un nombre de análisis, y también se utiliza como nombre de módulo predeterminado, por cierto).

¿Cuál es la diferencia entre "servicio" y "análisis", y qué significa "categoría"?
A veces, estos términos pueden resultar confusos porque pueden significar cosas ligeramente diferentes.
dependiendo del método de acceso utilizado para comunicarse con ellos. Generalmente, un "análisis" es
un programa (una aplicación, una herramienta) que se ejecuta en algún lugar, pero a veces en una máquina local. Un
Un ejemplo de análisis es "seqret" (del paquete EMBOSS). Los análisis se pueden agrupar
en categorías por sus funciones o por el tipo de datos con los que tratan (pero a veces hay
no hay categorías en absoluto). Se puede acceder a cada análisis utilizando un nivel superior de
abstracción, un "servicio". Un servicio suele ser un contenedor dependiente del protocolo, como un sitio web.
Servicio o un servicio CORBA. Por ejemplo, hay un servicio "edit :: seqret" que
representa el análisis "seqret" en la categoría "editar".

REALIMENTACIÓN

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