Este es el comando bp_search2alnblocksp que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
bp_search2alnblocks: convierte los informes analizables de SearchIO en un conjunto de bloques alineados
SINOPSIS
bp_search2alnblocks --minid PERCENTID --minlen LEN --minevalue EVALUAR archivo1.
blast file2.blast ...> out.fas
DESCRIPCIÓN
Este script analizará y filtrará la salida BLAST (u otros formatos que Bio :: SearchIO puede analizar)
y formatear la alineación como bloques de alineaciones basados en los HSP. Tenga en cuenta que esto solo puede
funcionan si el archivo de entrada analizado contiene el archivo necesario.
Normalmente, esto se puede utilizar para convertir la salida BLAST en un formato de alineación FASTA para la entrada.
en el buscador de genes comparativos QRNA para genes de ARN (E. Rivas).
CAMPUS
--maxevalue Valor E máximo para un HSP
--minevalue Valor E mínimo para un HSP
--minlen Longitud mínima de un HSP [predeterminado 0]
--maxid ID de porcentaje máximo [predeterminado 100]
(para ayudar a eliminar secuencias que están muy cerca)
--mínimo porcentaje mínimo de identidad para un HSP [predeterminado 0]
-i / - entrada Un nombre de archivo de entrada opcional (espera entrada en STDIN por defecto)
-o / - salida Un nombre de archivo de salida opcional (exporta a STDOUT por defecto)
-f / - formato Especifica un formato de alineación de búsqueda diferente-
{fasta, axt, waba, blast, blastxml} están permitidos
aunque el formato debe tener una alineación real
secuencia para que este script funcione
Ver L para más información.
-of / - outformat Formato de salida para los bloques de alineación, cualquier cosa
L apoyos.
-v / - detallado Activar la depuración
AUTOR - Jason Stajich
Jason Stajich, jason-en-bioperl-dot-org.
Utilice bp_search2alnblocksp en línea utilizando los servicios de onworks.net
