Este es el comando bp_seqfeature_loadp que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
bp_seqfeature_load.pl - Carga GFF en una base de datos SeqFeature
DESCRIPCIÓN
Pase cualquier número de archivos de formato GFF o fasta (o GFF con fasta incrustado) para cargar el
características y secuencias en una base de datos SeqFeature. La base de datos (y el adaptador) a utilizar es
especificado en la línea de comando. Utilice la marca --create para crear una nueva base de datos SeqFeature.
SINOPSIS
bp_seqfeature_load.pl [opciones] gff_or_fasta_file1 [gff_or_fasta_file2 [...]]
Pruebe 'bp_seqfeature_load.pl --help' o '--man' para obtener más información.
CAMPUS
-d, --dsn
Fuente de datos DBI (predeterminado dbi: mysql: test)
-n, - espacio de nombres
El prefijo de la tabla que se va a utilizar (undef predeterminado) Permite varias funciones de secuencia independiente
bases de datos que se almacenarán en una única base de datos
-s, --seqcaracterística
El tipo de SeqFeature para crear ... RTSC (predeterminado Bio :: DB :: SeqFeature)
-a, --adaptador
El adaptador de almacenamiento (clase) que se utilizará (DBI :: mysql predeterminado)
-v, --detallado
Activar informes de progreso detallados (predeterminado verdadero) Use --noverbose para desactivarlo.
-f, - rápido
Activar carga rápida. (predeterminado 0) Solo disponible para algunos adaptadores.
-T, - directorio-temporal
Especifique el directorio temporal para una carga rápida (archivo predeterminado :: Spec->tmpdir ())
-i, --ignore-seqregion
Si es verdadero, ignore las directivas de región de secuencia ## en el archivo GFF3 (por defecto, cree un
característica para cada región)
-c, --crear
Cree la base de datos y reinicialice (por defecto falso) Tenga en cuenta, esto borrará el anterior
contenido de la base de datos, si lo hubiera.
-u, --usuario
Usuario para conectarse a la base de datos como
-p, - contraseña
Contraseña a utilizar para conectarse a la base de datos
-z, --zip
Comprima las tablas de la base de datos para ahorrar espacio (por defecto es falso)
-S, --subcaracterísticas
Active la indexación de subfunciones (valor predeterminado verdadero) Utilice --nosubfeatures para desactivar esta función.
--resumen
Generar estadísticas de resumen para gráficos de cobertura (por defecto falso) Esto se puede ejecutar en un
base de datos previamente cargada o durante la carga. Se establecerá de forma predeterminada en verdadero si --create es
usado.
-N, --nosumario
No genere estadísticas de resumen para ahorrar espacio y tiempo de carga (predeterminado si
--crear no está especificado, use esta opción para desactivar explícitamente las estadísticas de resumen
cuando se especifica --create)
--noalias-objetivo
No cree un atributo Alias cuyo valor sea target_id en un atributo Target (si
la función contiene un atributo de destino, el valor predeterminado es crear un atributo de alias
cuyo valor es target_id en el atributo Target)
Por favor mira http://www.sequenceontology.org/gff3.shtml para obtener información sobre el GFF3
formato. BioPerl amplía ligeramente el formato al agregar una directiva ## index-subfeatures. Colocar
esto a un valor verdadero si desea que la base de datos pueda recuperar una característica
partes individuales (como los exones de una transcripción) independientemente del nivel superior
característica:
## subfunciones de índice 1
También es posible controlar la indexación de subcaracterísticas caso por caso mediante
agregando "índice = 1" o "índice = 0" a la lista de atributos de la característica. Esto solo debe usarse
para subfunciones.
La indexación de subfunciones es verdadera de forma predeterminada. Establecer en falso (0) para ahorrar mucho espacio en la base de datos
y rendimiento de velocidad. Puede usar --nosubfeatures para forzar esto.
Use bp_seqfeature_loadp en línea usando los servicios de onworks.net
