Este es el comando bp_taxonomy2treep que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
bp_taxonomy2tree: construcción de un árbol taxonómico basado en los linajes completos de un conjunto de
nombres de especies
DESCRIPCIÓN
Este script busca los nombres de especies proporcionados en la base de datos de taxonomía del NCBI, recupera
su linaje completo y los coloca en un árbol taxonómico de Newick que se muestra en la pantalla.
bp_taxonomy2tree.pl -s Orangután -s Gorila -s Chimpancé -s Humano
bp_taxonomy2tree.pl -s Orangután -s Gorila -s Chimpancé -s "Homo Sapiens"
También puede proporcionar -d para especificar el directorio en el que almacenar archivos de índice, -o para especificar el
ubicación de su archivo de nodos NCBI y -a para el archivo de nombres NCBI. O la opción -e para usar
la base de datos de taxonomía de Entrez basada en la web si no tiene instalados los archivos planos NCBI.
Este script requiere que el paquete bioperl-run también esté instalado.
Proporcionar los archivos nodes.dmp y names.dmp del volcado de taxonomía NCBI (consulte
Bio :: DB :: Taxonomy :: flatfile para obtener más información) solo es necesario la primera vez que se ejecuta.
Esto creará los índices locales y puede llevar bastante tiempo. Sin embargo, una vez creado,
Estos índices permitirán un acceso rápido de las especies a la identificación de taxón O identificación de taxón al nombre de la especie.
búsquedas.
AUTOR - Gabriel valiente, reimplementado by Enviar Bala
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