Este es el comando dane que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
dan: calcula la temperatura de fusión del ácido nucleico
SINOPSIS
Dan -secuencia Seqall -tamaño de ventana entero -cremento de cambio entero -dnaconc flotar
-salconc flotar [-producto palanca] -formamida flotar -discordancia flotar -prodlen entero
[-termo palanca] -temperatura flotar -rna booleano -trama palanca -mintemp flotar
-grafico xígrafo -archivo de salida reporte
Dan -ayuda
DESCRIPCIÓN
Dan es un programa de línea de comandos de EMBOSS (“el software abierto europeo de biología molecular
Suite"). Es parte del (los) grupo (s) de comando "Nucleico: Propiedades, Nucleico: Composición".
CAMPUS
Entrada .
-secuencia Seqall
Requerido .
-tamaño de ventana entero
Los valores del punto de fusión y otras propiedades termodinámicas de la secuencia son
determinado tomando una secuencia corta conocida como ventana y determinando el
propiedades de la secuencia en esa ventana. La ventana se mueve gradualmente a lo largo del
secuencia con las propiedades que se calculan en cada nueva posición. Valor predeterminado: 20
-cremento de cambio entero
Esta es la cantidad en que se mueve la ventana en cada incremento para encontrar el
punto de fusión y otras propiedades a lo largo de la secuencia. Valor predeterminado: 1
-dnaconc flotar
Valor predeterminado: 50.
-salconc flotar
Valor predeterminado: 50.
Adicionales .
Producto opciones
-producto palanca
Esto solicita el porcentaje de formamida, el porcentaje de desajustes permitidos y la longitud del producto.
-formamida flotar
Esto especifica el porcentaje de formamida que se utilizará en los cálculos (se ignora a menos que
-se utiliza el producto). Valor predeterminado: 0.
-discordancia flotar
Esto especifica el porcentaje de desajuste que se utilizará en los cálculos (se ignora a menos que
-se utiliza el producto). Valor predeterminado: 0.
-prodlen entero
Esto especifica la longitud del producto que se utilizará en los cálculos (se ignora a menos que
-se utiliza el producto). Valor predeterminado: $ (tamaño de ventana)
Termodinámica opciones
-termo palanca
Envíe los valores DeltaG, DeltaH y DeltaS de las ventanas de secuencia a los datos de salida
archivo.
-temperatura flotar
Si se ha especificado -thermo, esto especifica la temperatura a la que
Calcule los valores DeltaG, DeltaH y DeltaS. Valor predeterminado: 25.
Avanzado .
-rna booleano
Esto especifica que la secuencia es una secuencia de ARN y no una secuencia de ADN.
Salida .
-trama palanca
Si esto no se especifica, se genera el archivo de datos de salida; de lo contrario, se
se produce el punto de fusión a lo largo de la secuencia.
-mintemp flotar
Ingrese un valor mínimo para la escala de temperatura (eje y) del gráfico. Valor por defecto:
55.
-grafico xígrafo
-archivo de salida reporte
Si no se está produciendo un gráfico, entonces los datos sobre el punto de fusión, etc.en cada ventana.
a lo largo de la secuencia se envía al archivo.
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