Este es el comando dsr2xml que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
dsr2xml: convierte el archivo DICOM SR y el conjunto de datos a XML
SINOPSIS
dsr2xml [opciones] dsrfile-in [xmlfile-out]
DESCRIPCIÓN
El elemento dsr2xml La utilidad convierte el contenido de un documento DICOM Structured Reporting (SR)
(formato de archivo o conjunto de datos sin procesar) a XML (Lenguaje de marcado extensible). El esquema XML
dsr2xml.xsd aún no sigue ningún formato estándar. sin embargo, el dsr2xml Postulación
podría mejorarse en este aspecto en el futuro (por ejemplo, apoyando HL7 / CDA - Clinical
Arquitectura documental).
If dsr2xml lee un conjunto de datos sin procesar (datos DICOM sin un metaencabezado de formato de archivo)
Intente adivinar la sintaxis de transferencia examinando los primeros bytes del archivo. Está
no siempre es posible adivinar correctamente la sintaxis de transferencia y es mejor convertir un
datos establecidos en un formato de archivo siempre que sea posible (utilizando el dcmconv utilidad). Tambien es
posible utilizar el -f y las -t [ieb] opciones para forzar dsr2xml para leer un conjunto de datos con un
sintaxis de transferencia particular.
PARÁMETROS
dsrfile-in DICOM SR nombre de archivo de entrada que se va a convertir
xmlfile-out nombre de archivo de salida XML (predeterminado: stdout)
OPCIONES
general opciones
-h --ayuda
imprima este texto de ayuda y salga
--versión
imprimir la información de la versión y salir
--argumentos
imprimir argumentos de línea de comando expandidos
-q - silencioso
modo silencioso, no imprime advertencias ni errores
-v --detallado
modo detallado, detalles de procesamiento de impresión
-d - depuración
modo de depuración, imprimir información de depuración
-ll --log-level [l] evel: constante de cadena
(fatal, error, advertencia, información, depuración, rastreo)
use el nivel l para el registrador
-lc --log-config [f] nombre de archivo: cadena
use el archivo de configuración f para el registrador
Las opciones de entrada opciones
formato de archivo de entrada:
+ f --leer-archivo
leer formato de archivo o conjunto de datos (predeterminado)
+ fo --read-file-only
leer formato de archivo solamente
-f --read-conjunto de datos
leer el conjunto de datos sin metainformación del archivo
sintaxis de transferencia de entrada:
-t = --read-xfer-auto
usar el reconocimiento TS (predeterminado)
-td --read-xfer-detectar
ignorar TS especificado en el meta encabezado del archivo
-te --read-xfer-pequeño
leer con VR explícito little endian TS
-tb --read-xfer-grande
leer con RV explícito big endian TS
-ti --read-xfer-implícito
leer con VR implícito little endian TS
tratamiento opciones
manejo de errores:
-Er --relación-desconocida
aceptar tipo de relación desconocido / faltante
-Ev: valor-artículo-no válido
aceptar valor de elemento de contenido no válido
(por ejemplo, violación de la definición de VR o VM)
-Ec - ignorar-restricciones
ignorar las restricciones de contenido de la relación
-Ee --ignorar-elemento-errores
no cancele por errores de elementos de contenido, solo advierta
(por ejemplo, atributos específicos del tipo de valor faltante)
-Ei --skip-elementos-inválidos
omitir elementos de contenido no válidos (incluido el subárbol)
-Dv --disable-vr-comprobador
deshabilitar la verificación de valores de cadena compatibles con VR
juego de caracteres específico:
+ Cr --charset-require
requiere declaración de juego de caracteres extendido (predeterminado)
+ Ca --charset-asume [c] harset: cadena
asumir juego de caracteres c si no se declaró ningún juego de caracteres extendido
+ Cc --charset-check-all
comprobar todos los elementos de datos con valores de cadena
(predeterminado: solo PN, LO, LT, SH, ST y UT)
# esta opción solo se usa para el mapeo a un apropiado
# Codificación de caracteres XML, pero no para la conversión a UTF-8
+ U8: convertir a utf8
convertir todos los valores de los elementos que se ven afectados
por juego de caracteres específico (0008,0005) a UTF-8
# requiere soporte del kit de herramientas libiconv
salida opciones
codificación:
+ Ea --attr-todo
codificar todo como atributo XML
(atajo para + Ec, + Er, + Ev y + Et)
+ Ec - código de atributo
codificar valor de código, designador de esquema de codificación
y la versión del esquema de codificación como atributo XML
+ Er --attr-relación
codificar el tipo de relación como atributo XML
+ Ev - tipo de valor de atributo
codificar el tipo de valor como atributo XML
+ Et --attr-template-id
codificar la identificación de la plantilla como atributo XML
+ Ee - plantilla-sobre
el elemento de plantilla incluye elementos de contenido
(requiere + Wt, implica + Et)
Estructura XML:
+ Xs --add-schema-reference
agregar referencia al esquema XML "dsr2xml.xsd"
(no con + Ea, + Ec, + Er, + Ev, + Et, + Ee, + We)
+ Xn --use-xml-namespace
agregar declaración de espacio de nombres XML al elemento raíz
escritura:
+ Nosotros --write-empty-tags
escribir todas las etiquetas incluso si su valor está vacío
+ Wi --write-item-id
escribir siempre el identificador del artículo
+ Wt --write-template-id
escribir información de identificación de la plantilla
NOTAS
DICOM integrado Conformidad
El elemento dsr2xml La utilidad admite las siguientes clases SOP:
SpectaclePrescriptionReportStorage 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.78.6
Almacenamiento de informes de volumen y grosor de rejilla macular 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.79.1
Almacenamiento SRS de texto básico 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.11
Almacenamiento SRS mejorado 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.22
Almacenamiento completo de SRS 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.33
Almacenamiento 3DSRS integral 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.34
ProcedimientoLogStorage 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.40
MamografíaCADSRStorage 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.50
KeyObjectSelectionDocumentStorage 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.59
ChestCADSRSAlmacenamiento 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.65
XrayRadiationDoseSRSalmacenamiento 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.67
Radiofármaco Radiación Dosis SRSalmacenamiento 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.68
ColonCADSRSalmacenamiento 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.69
Plan de implantaciónSRDocumentStorage 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.70
Tenga en cuenta que actualmente solo se admiten atributos obligatorios y algunos opcionales.
Caracter Codificación
La codificación XML se determina automáticamente a partir del atributo DICOM (0008,0005)
'Conjunto de caracteres específico' utilizando la siguiente asignación:
ASCII (ISO_IR 6) => "UTF-8"
UTF-8 "ISO_IR 192" => "UTF-8"
ISO Latin 1 "ISO_IR 100" => "ISO-8859-1"
ISO Latin 2 "ISO_IR 101" => "ISO-8859-2"
ISO Latin 3 "ISO_IR 109" => "ISO-8859-3"
ISO Latin 4 "ISO_IR 110" => "ISO-8859-4"
ISO Latin 5 "ISO_IR 148" => "ISO-8859-9"
Cirílico "ISO_IR 144" => "ISO-8859-5"
Árabe "ISO_IR 127" => "ISO-8859-6"
Griego "ISO_IR 126" => "ISO-8859-7"
Hebreo "ISO_IR 138" => "ISO-8859-8"
Si este atributo DICOM falta en el archivo de entrada, aunque es necesario, la opción --juego de caracteres-
asumir se puede usar para especificar un juego de caracteres apropiado manualmente (usando uno de los
Términos definidos por DICOM).
No se admiten varios juegos de caracteres (solo se asigna el primer valor de atributo en
caso de multiplicidad de valores). Si es necesario, opción --convertir a utf8 se puede utilizar para convertir
el archivo DICOM o los datos establecidos en codificación UTF-8 antes de la conversión a formato XML.
ERROR MANEJO
Tenga cuidado con las opciones de procesamiento --relación desconocida, - artículo-no válido-
valor, - ignorar restricciones, --ignorar-elemento-errores y las --skip-elementos-inválidos ya que
deshabilitar ciertas comprobaciones de validación en el archivo de entrada DICOM SR y, por lo tanto, puede resultar
en salida conforme no estándar. Sin embargo, puede haber motivos para utilizar uno o más
de estas opciones, por ejemplo, para leer y procesar un documento SR codificado incorrectamente.
Limitaciones
El esquema XML dsr2xml.xsd no admite todas las variaciones del dsr2xml formato de salida.
Sin embargo, el formato de salida predeterminado (opción más --use-xml-espacio de nombres) Deberia trabajar.
REGISTRO
El nivel de salida de registro de las diversas herramientas de línea de comando y bibliotecas subyacentes puede
ser especificado por el usuario. De forma predeterminada, solo los errores y advertencias se escriben en el estándar
secuencia de error. Opción de uso --verboso también mensajes informativos como detalles de procesamiento
Están reportados. Opción --depurar se puede utilizar para obtener más detalles sobre la actividad interna,
por ejemplo, con fines de depuración. Se pueden seleccionar otros niveles de registro usando la opción --Iniciar sesión-
nivel. En --tranquilo modo solo se informan los errores fatales. En eventos de error tan graves,
la aplicación normalmente terminará. Para obtener más detalles sobre los diferentes niveles de registro,
consulte la documentación del módulo 'oflog'.
En caso de que la salida de registro deba escribirse en un archivo (opcionalmente con rotación de archivo de registro),
a syslog (Unix) o la opción de registro de eventos (Windows) --log-config puede ser usado. Esta
El archivo de configuración también permite dirigir solo ciertos mensajes a una salida en particular
stream y para filtrar ciertos mensajes basados en el módulo o aplicación donde
son generadas. Se proporciona un archivo de configuración de ejemplo en /logger.cfg.
COMANDO LÍNEA
Todas las herramientas de línea de comando utilizan la siguiente notación para los parámetros: los corchetes encierran
valores opcionales (0-1), tres puntos finales indican que se permiten varios valores
(1-n), una combinación de ambos significa 0 an valores.
Las opciones de la línea de comandos se distinguen de los parámetros por un signo '+' o '-' inicial,
respectivamente. Por lo general, el orden y la posición de las opciones de la línea de comandos son arbitrarios (es decir,
puede aparecer en cualquier lugar). Sin embargo, si las opciones son mutuamente excluyentes, la apariencia del extremo derecho
se utiliza. Este comportamiento se ajusta a las reglas de evaluación estándar de los shells de Unix comunes.
Además, se pueden especificar uno o más archivos de comando usando un signo '@' como prefijo para
el nombre del archivo (p. ej. @ command.txt). Tal argumento de comando es reemplazado por el contenido de
el archivo de texto correspondiente (varios espacios en blanco se tratan como un solo separador a menos que
aparecen entre dos comillas) antes de cualquier evaluación adicional. Tenga en cuenta que
un archivo de comando no puede contener otro archivo de comando. Este enfoque simple pero efectivo
permite resumir combinaciones comunes de opciones / parámetros y evita alargar y
confusas líneas de comando (se proporciona un ejemplo en el archivo /dumppat.txt).
MEDIO AMBIENTE
El elemento dsr2xml La utilidad intentará cargar los diccionarios de datos DICOM especificados en el
DCMDICTPATH Variable ambiental. Por defecto, es decir, si el DCMDICTPATH Variable ambiental
no está configurado, el archivo /dicom.dic se cargará a menos que el diccionario esté construido
en la aplicación (predeterminado para Windows).
Se debe preferir el comportamiento predeterminado y DCMDICTPATH solo variable de entorno
se utiliza cuando se requieren diccionarios de datos alternativos. los DCMDICTPATH Variable ambiental
tiene el mismo formato que el shell de Unix TRAYECTORIA variable en que dos puntos (':') separan
entradas. En los sistemas Windows, se utiliza un punto y coma (';') como separador. El diccionario de datos
El código intentará cargar cada archivo especificado en el DCMDICTPATH Variable ambiental. Eso
es un error si no se puede cargar un diccionario de datos.
Utilice dsr2xml en línea mediante los servicios de onworks.net
