gdcmimg - Online en la nube

PROGRAMA:

NOMBRE

gdcmimg: manipula el archivo de imagen DICOM.

gdcmimg es una herramienta de bajo nivel para permitir la desencapsulación desde / hacia una imagen DICOM. Esta herramienta hace
No entiendo la conversión de sintaxis de transferencia. Encapsulará los datos sin procesar tal como están. Esta
tiene algún impacto en algunos casos, consulte las advertencias especiales a continuación.

Es importante tener en cuenta que gdcmimg solo puede encapsular el archivo de entrada adecuado, por ejemplo
Se aceptan JPG o JP2 ya que se puede encontrar una sintaxis de transferencia DICOM asociada.
Sin embargo, las entradas como TIFF y / o PNG no lo son, ya que DICOM no las admite. Ver
en su lugar, una herramienta como gdcm2vtk.

SINOPSIS

gdcmimg [opciones] entrada de archivo salida de archivo

DESCRIPCIÓN

La gdcmimg La herramienta de línea de comandos se puede utilizar de dos formas:

· 1. Conversión de un formato de archivo reconocido en su homólogo DICOM encapsulado,

· 2. Anonimizar una parte rectangular de un archivo DICOM.

PARÁMETROS

nombre de archivo de entrada de archivo (no DICOM)

salida de archivo nombre de archivo de salida DICOM

OPCIONES

-i --input Nombre de archivo de entrada
-o --output Nombre de archivo de salida

ESPECÍFICO OPCIONES

--endian% s Endianness (LSB / MSB).
-d --depth% d Profundidad (8/16/32 o BitsAllocated, por ejemplo, 12 cuando se conoce).
--sign% s Pixel sign (0/1).
--spp% d muestra por píxel (1/3).
-s - tamaño% d,% d Tamaño.
-C --sop-class-uid SOP Clase UID (nombre o valor).
-T --study-uid UID del estudio.
-S --series-uid Serie UID.
--root-uid UID raíz.

LLENAR OPCIONES

-R - región% d,% d Región.
-F --fill% d Rellena con el valor de píxel especificado.

GENERAL OPCIONES

-h --ayuda
imprima este texto de ayuda y salga

-v --versión
imprimir la información de la versión y salir

-V --detallado
modo detallado (advertencia + error).

-W - advertencia
modo de advertencia, imprimir información de advertencia

-E - error
modo de error, imprime información de error

-D - depuración
modo de depuración, imprimir información de depuración

MEDIO AMBIENTE VARIABLE

GDCM_ROOT_UID UID raíz

SOPORTADO ARCHIVO FORMATO (APROPIADO ARCHIVO EXTENSIÓN)

gdcmimg basará su proceso de conversión en función de la extensión del archivo. Sigue la lista de
extensión de archivo reconocida. Cuando no se encuentra ninguna extensión, se asume el archivo DICOM.

formato de entrada

* RAW (crudo, crudo, gris, rgb)
* RLE (rle)
* PNM (pgm, pnm, ppm)
* JPEG-LS (jls)
* JPEG 2000 (jp2, j2k, j2c, jpx, jpc)
* JPEG (jpg, jpeg, ljpg, ljpeg)
*DICOM()

formato de salida:

* PGM (pgm, pnm, ppm)
*DICOM()

Para el formato de archivo RAW, debe tener especial cuidado con la opción –endian. Para el (viejo)
Formato de archivo JPEG, tanto el formato con pérdida como el sin pérdida son compatibles, el usuario debe pagar
atención a la opción –sign. Para formatos de archivo como RLE o RAW, se espera que el usuario
Complete la información requerida para encontrar la dimensión y el tipo de datos de entrada, ya que no hay
otra forma de encontrar esta información. Para todos los demás formatos de archivo, las propiedades se derivan
desde el formato de archivo en sí.

Se supone que el archivo PNM es big endian (importante para profundidad> 8)

TÍPICO USO

Eliminar a rectangular parte of los imagen
Para llenar la región [0,100] x [0,100] de una imagen DICOM simplemente haga:

$ gdcmimg --fill 0 --region 0,100,0,100 -i entrada.dcm -o salida_negro.dcm

Advertencia: si los datos de píxeles están comprimidos, la imagen se descomprime primero para que el píxel
se puede establecer en 0, pero no se vuelve a comprimir.

Convertir RAW a DICOM integrado
La extensión reconocida es .raw, .rawl, .gray o .rgb (no distingue entre mayúsculas y minúsculas)

$ gdcmimg - tamaño 512,512 - profundidad 16 -i input.raw -o output.dcm

la imagen será una captura secundaria.

Cuando la entrada es de 3 componentes, es necesario especificar explícitamente las muestras por píxel:

$ gdcmimg - tamaño 512,512 --spp 3 input_rgb.raw output_rgb.dcm

Cuando el nombre de archivo contiene .rgb como extensión de archivo, la salida se reconoce automáticamente como
RGB no es necesario especificar –spp

$ gdcmimg - tamaño 512,512 input.rgb output_rgb.dcm

Puede utilizar el dd cmd para omitir cualquier encabezado que desee descartar, por ejemplo, si
desea omitir los primeros 108 bytes, simplemente haga:

$ dd skip = 108 bs = 1 if = input.raw of = output.raw

Las extensiones .raw y .rawl son equivalentes. Necesitas especificar explícitamente la endianidad
a mano:

$ gdcmimg --endian MSB - tamaño 512,512 - profundidad 16 -i input.raw -o output.dcm

or

$ gdcmimg - endian LSB - tamaño 512,512 - profundidad 16 -i input.raw -o output.dcm

Convertir PGM / PNM / PPM a DICOM integrado
Las extensiones reconocidas son .pgm, .pnm, .ppm (no distingue entre mayúsculas y minúsculas)

$ gdcmimg -i entrada.pgm -o salida.dcm

la imagen será una captura secundaria

Convertir RLE a DICOM integrado
La extensión reconocida es .rle (no distingue entre mayúsculas y minúsculas)

$ gdcmimg - tamaño 512,512 - profundidad 16 -i input.rle -o output.dcm

la imagen será una captura secundaria

Convertir JPEG a DICOM integrado
Las extensiones reconocidas son .jpg, .jpeg, .ljpg, .ljpeg (no distingue entre mayúsculas y minúsculas)

$ gdcmimg -i entrada.ljpeg -o salida.dcm

la imagen será una captura secundaria

Convertir J2K a DICOM integrado
Las extensiones reconocidas son .j2k, .jp2, .jpc, jpx, j2c (no distingue entre mayúsculas y minúsculas)

$ gdcmimg -i entrada.j2k -o salida.dcm

la imagen será una captura secundaria.

Toda la información de píxeles (bits almacenados / asignados ...) se derivará de la propia imagen,
y no desde las opciones de la línea de comandos.

Especificación a SOP Clase UID
En lugar del almacenamiento secundario de imágenes de captura predeterminado, es posible que desee especificar, digamos VL
Almacenamiento de imágenes fotográficas.

$ gdcmimg --sop-class-uid 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.77.1.4 entrada.jpg salida.dcm

MÚLTIPLE ARCHIVOS

gdcmimg maneja muy bien un conjunto de archivos (por ejemplo, jpeg):

$ gdcmimg -C 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.12.1 1.jpg 2.jpg 3.jpg 4.jpg salida.dcm

Es importante especificar una clase SOP que admita imágenes de varios fotogramas de lo contrario
gdcmimg fallará.

EMPIEZA OFFSET

En algunos casos, es posible que desee crear un corte 2D a partir de un volumen arbitrario (por ejemplo, 3D). En
cuyo caso –la compensación se vuelve útil:

$ gdcmimg --desplazamiento 4954104330 - tamaño 1673,1673 Input3D_1673_1673_1775.raw slice_1770.dcm

ADVERTENCIA

Hay un par de problemas con la implementación de gdcmimg:

Para el archivo RAW, se debe prestar atención a que cuando se usa –endian MSB, los datos de píxeles serán
encapsulado tal cual (no tocado por gdcmimg). Por tanto, la única sintaxis de transferencia posible
disponible es Implicit VR Big Endian DLX (GE Private). GDCM maneja este privado
Transferencia de sintaxis. Entonces, si necesita convertir esta sintaxis de transferencia a otra (y permitir
Manipulación de datos de píxeles), puede utilizar:

$ gdcmconv --raw --force input_big_endian_dlx.raw -o salida_implicit_vr_little_endian.dcm

Para el archivo JFIF y el archivo JP2 (con encabezado), el encabezado se copia en el elemento Pixel Data
que es ilegal para JP2. Utilice gdcmconv para volver a codificar correctamente un archivo JP2 / JFIF en J2K / JPG.

$ gdcmimg entrada.jp2 salida_jp2.dcm
$ gdcmconv --j2k --force salida_jp2.dcm salida_j2k.dcm

Para el archivo RLE, no se realiza ninguna verificación para cruzar el límite de la fila. Se recomienda utilizar
gdcmconv –rle para volver a codificar en un archivo RLE adecuado en caso de duda.

Por supuesto, si la compresión no está bien con su configuración, siempre puede desencapsular el
Archivo DICOM (típicamente JPEG) a un formato no encapsulado, usando gdcmconv:

$ gdcmconv --raw entrada_jpeg.dcm salida_raw.dcm

Utilice gdcmimg en línea utilizando los servicios de onworks.net