Este es el comando gmx-density que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
densidad-gmx - Calcule la densidad del sistema
SINOPSIS
densidad gmx [-f [<.xtc / .trr / ...>]] [-n [<.ndx>]] [-s [<.tpr>]]
[-ei [<.dat>]] [-o [<.xvg>]] [-b ] [-e ]
[-dt ] [-[ahora] [-xvg ] [-d ]
[-sl ] [-guaridas ] [-ng ] [- [no] centro]
[- [no] symm] [- [no] familiar]
DESCRIPCIÓN
GMX densidad calcula densidades parciales a lo largo de la caja, utilizando un archivo de índice.
Para la densidad total de simulaciones NPT, use GMX energía preferiblemente.
Optión -centrar realiza el agrupamiento del histograma en relación con el centro de un
grupo, en coordenadas de caja absoluta. Si está calculando perfiles a lo largo del cuadro del eje Z
dimensión bZ, la salida sería de -bZ / 2 a bZ / 2 si se centra en todo el sistema.
Tenga en cuenta que este comportamiento ha cambiado en GROMACS 5.0; versiones anteriores simplemente realizaron una
agrupación estática en (0, bZ) y desplazó la salida. Ahora calculamos el centro de cada cuadro.
y agrupar en (-bZ / 2, bZ / 2).
Optión -sim simetriza la salida alrededor del centro. Esto se encenderá automáticamente
-centrar también. Opción -relativo realiza el agrupamiento en caja relativa en lugar de absoluta
coordina y escala la salida final con la dimensión de cuadro promedio a lo largo de la salida
eje. Esto se puede utilizar en combinación con -centrar.
Las densidades están en kg / m ^ 3, y las densidades numéricas o electrónicas también pueden ser
calculado. Para densidades de electrones, un archivo que describe el número de electrones para cada
El tipo de átomo debe proporcionarse utilizando -ei. Debería verse así:
2
nombre del átomo = nelectrones
nombre del átomo = nelectrones
La primera línea contiene el número de líneas para leer del archivo. Debería haber uno
línea para cada nombre de átomo único en su sistema. El número de electrones de cada átomo es
modificado por su carga atómica parcial.
CONSIDERACIONES IMPORTANTES PARA BILAYERS
Uno de los escenarios de uso más comunes es calcular la densidad de varios grupos.
a través de una bicapa lipídica, típicamente con el eje z siendo la dirección normal. Para abreviar
simulaciones, sistemas pequeños y tamaños de caja fijos, esto funcionará bien, pero para más
caso general, las bicapas lipídicas pueden ser complicadas. El primer problema que si bien ambos
las proteínas y los lípidos tienen una compresibilidad de bajo volumen, los lípidos tienen un área bastante alta
compresibilidad. Esto significa que la forma de la caja (grosor y área / lípido) fluctuará
sustancialmente incluso para un sistema completamente relajado. Dado que GROMACS coloca la casilla entre
origen y coordenadas positivas, esto a su vez significa que una bicapa centrada en el cuadro
se moverá un poco hacia arriba o hacia abajo debido a estas fluctuaciones y borrará su perfil. Lo más fácil
La forma de solucionar este problema (si desea un acoplamiento de presión) es utilizar el -centrar opción que
calcula el perfil de densidad con respecto al centro de la caja. Tenga en cuenta que puede
todavía centrarse en la parte bicapa incluso si tiene un sistema complejo no simétrico con un
bicapa y, digamos, proteínas de membrana, entonces nuestra salida simplemente tendrá más valores en una
lado de la referencia de origen (centro).
Incluso el cálculo centrado conducirá a difuminar los perfiles de salida, como
los lípidos mismos se comprimen y expanden. En la mayoría de los casos probablemente desee esto (ya que
corresponde a experimentos macroscópicos), pero si quieres ver detalles moleculares
se puede utilizar el -relativo opción para intentar eliminar aún más los efectos del volumen
fluctuaciones
Finalmente, las bicapas grandes que no están sujetas a una tensión superficial exhibirán ondulaciones
fluctuaciones, donde se forman 'ondas' en el sistema. Esta es una fundamental
propiedad del sistema biológico, y si está comparando con experimentos probablemente
desea incluir el efecto de manchado de ondulación.
CAMPUS
Opciones para especificar archivos de entrada:
-f [<.xtc / .trr / ...>] (traj.xtc)
Trayectoria: xtc trr CPT gro g96 pdb tng
-n [<.ndx>] (índice.ndx) (Opcional)
Archivo de índice
-s [<.tpr>] (topol.tpr)
Archivo de entrada de ejecución xdr portátil
-ei [<.dat>] (electrones.dat) (Opcional)
Archivo de datos genéricos
Opciones para especificar archivos de salida:
-o [<.xvg>] (densidad.xvg)
archivo xvgr / xmgr
Otras opciones
-b (0)
Primer fotograma (ps) para leer de la trayectoria
-e (0)
Último fotograma (ps) para leer de la trayectoria
-dt (0)
Utilice el marco solo cuando t MOD dt = primera vez (ps)
-[ahora (no)
Ver salida .xvg, .xpm, .eps y .pdb archivos
-xvg
formato de trazado xvg: xmgrace, xmgr, none
-d (Z)
Tome la normal de la membrana en la dirección X, Y o Z.
-sl (50)
Divida la caja en este número de rebanadas.
-guaridas (masa)
Densidad: masa, número, carga, electrón
-ng (1)
Número de grupos de los que se calculan las densidades.
- [no] centro (no)
Realice el agrupamiento en relación con el centro del cuadro (cambiante). Útil para
bicapas.
- [no] symm (no)
Simétrice la densidad a lo largo del eje, con respecto al centro. Útil para
bicapas.
- [no] familiar (no)
Use coordenadas relativas para cambiar cuadros y escalar la salida por dimensiones promedio.
CONOCIDO CUESTIONES
· Al calcular las densidades de electrones, se utilizan nombres de átomos en lugar de tipos. Esto es malo.
Utilice gmx-densidad en línea utilizando los servicios de onworks.net
