Este es el comando gmx-espacial que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
gmx-espacial: calcula la función de distribución espacial
SINOPSIS
gmx espacial [-s [<.tpr / .gro / ...>]] [-f [<.xtc / .trr / ...>]] [-n [<.ndx>]]
[-b ] [-e ] [-dt ] [-[ahora] [- [no] pbc]
[- [no] div] [-ign ] [-compartimiento ] [-coger ]
DESCRIPCIÓN
GMX espacial calcula la función de distribución espacial y la genera en una forma que puede
ser leído por VMD como formato de cubo Gaussian98. Para un sistema de 32,000 átomos y 50 ns
trayectoria, el SDF se puede generar en unos 30 minutos, con la mayor parte del tiempo dedicado
a los dos corre trjconv que se requieren para centrar todo correctamente. Esta
también ocupa mucho espacio (3 copias del archivo de trayectoria). Aun así, las fotos
son bonitos y muy informativos cuando la selección ajustada se realiza correctamente. 3-4 átomos en
un grupo ampliamente móvil (como un aminoácido libre en solución) funciona bien, o seleccione el
la columna vertebral de la proteína en una estructura plegada estable para obtener el SDF del solvente y mirar el
capa de solvatación promediada en el tiempo. También es posible usar este programa para generar el SDF
basado en alguna coordenada cartesiana arbitraria. Para hacer eso, simplemente omita el preliminar GMX
trjconv pasos.
Uso:
1. Utilizar GMX hacer_ndx para crear un grupo que contenga los átomos alrededor de los cuales desea el SDF
2. GMX trjconv -s a.tpr -f a.tng -o b.tng -boxcentro tric -tu compacto -pbc ninguna
3. GMX trjconv -s a.tpr -f b.tng -o c.tng -encajar rot + trans
4. correr GMX espacial en c.tng salida del paso # 3.
5. carga rejilla.cubo en VMD y verlo como una isosuperficie.
Note que los sistemas como las micelas requerirán GMX trjconv -pbc grupo entre los pasos 1
y 2.
Advertencias
El SDF se generará para un cubo que contiene todos los contenedores que tienen algún valor distinto de cero.
ocupación. Sin embargo, la preparatoria -encajar rot + trans opción de GMX trjconv implica que
su sistema rotará y traducirá en el espacio (para que el grupo seleccionado
no). Por lo tanto, los valores devueltos solo serán válidos para alguna región.
alrededor de su grupo / coordenada central que se superpone completamente con el volumen del sistema en todo
todo el sistema trasladado / rotado a lo largo de la trayectoria. Depende de la
usuario para asegurarse de que este sea el caso.
Arriesgado opciones
Para reducir la cantidad de espacio y tiempo necesarios, puede generar solo las coordenadas que se
que se utilizará en la primera ejecución y en las siguientes GMX trjconv. Sin embargo, asegúrese de
establecer el -coger opción a un valor suficientemente alto ya que la memoria está asignada para contenedores de cubos
basado en las coordenadas iniciales y el -coger valor de la opción.
CAMPUS
Opciones para especificar archivos de entrada:
-s [<.tpr / .gro / ...>] (topol.tpr)
Estructura + masa (db): tpr gro g96 pdb entrada de freno
-f [<.xtc / .trr / ...>] (traj.xtc)
Trayectoria: xtc trr CPT gro g96 pdb tng
-n [<.ndx>] (índice.ndx) (Opcional)
Archivo de índice
Otras opciones
-b (0)
Primer fotograma (ps) para leer de la trayectoria
-e (0)
Último fotograma (ps) para leer de la trayectoria
-dt (0)
Utilice el marco solo cuando t MOD dt = primera vez (ps)
-[ahora (no)
Ver salida .xvg, .xpm, .eps y .pdb archivos
- [no] pbc (no)
Utilice condiciones de contorno periódicas para calcular distancias
- [no] div (si)
Calcule y aplique el divisor para la ocupación de contenedores en función de los átomos / cubo mínimo
Talla. Establecer como VERDADERO para visualización y como FALSO (-nodiv) para obtener recuentos precisos
por fotograma
-ign (-1)
No muestre este número de cubos exteriores (los valores positivos pueden reducir el límite
motas -1 asegura que la superficie exterior sea visible)
-compartimiento (0.05)
Ancho de los contenedores (nm)
-coger (4)
Número de contenedores adicionales para garantizar una asignación de memoria adecuada
CONOCIDO CUESTIONES
· Cuando la memoria asignada no es lo suficientemente grande, puede ocurrir una falla de segmentación. Este es
generalmente detectado y el programa se detiene antes de la falla mientras se muestra una advertencia
mensaje que sugiere el uso de la -coger Opción (Número de contenedores adicionales). sin embargo, el
El programa no detecta todos estos eventos. Si encuentra una falla de segmentación, ejecútela
de nuevo con un aumento -coger .
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