Este es el comando gt-cds que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
gt-cds: agregue características de CDS (secuencia de codificación) a las características del exón proporcionadas en el archivo GFF3.
SINOPSIS
gt cds [opción ...] [GFF3_file]
DESCRIPCIÓN
-menorflen [propuesta de]
establecer la longitud mínima que debe tener un marco de lectura abierto (ORF) para agregar como un CDS
característica (medida en aminoácidos) (predeterminado: 64)
-codon de inicio [si | no]
requiere que un ORF debe comenzar con un codón de inicio (predeterminado: no)
-final stopcodon [si | no]
requieren que el ORF final debe terminar con un codón de parada (predeterminado: no)
-archivo seq [nombre de archivo]
establecer el archivo de secuencia del cual tomar las secuencias (predeterminado: indefinido)
-encseq [nombre de archivo]
establezca el nombre de índice de la secuencia codificada del cual tomar las secuencias (predeterminado:
indefinido)
-archivos seq
establecer los archivos de secuencia de los que extraer las funciones utilizar -- para terminar la lista
de archivos de secuencia
-matchdesc [si | no]
busque las descripciones de secuencia de los archivos de entrada para los ID de secuencia deseados (en
GFF3), informando la primera coincidencia (predeterminado: no)
-partidodescstart [si | no]
coincidir exactamente con las descripciones de secuencia de los archivos de entrada para la secuencia deseada
ID (en GFF3) desde el principio hasta el primer espacio en blanco (predeterminado: no)
-usedesc [si | no]
use descripciones de secuencia para mapear los ID de secuencia (en GFF3) a la secuencia real
entradas. Si una descripción contiene un rango de secuencia (por ejemplo, III: 1000001..2000000), el
la primera parte se utiliza como ID de secuencia (III) y la primera posición del rango como compensación
(1000001) (predeterminado: no)
-mapeo de regiones [cadena]
establecer el archivo que contiene la región de secuencia para la asignación de archivo de secuencia (predeterminado: indefinido)
-v [si | no]
ser detallado (predeterminado: no)
-o [nombre de archivo]
redirigir la salida al archivo especificado (predeterminado: indefinido)
-gzip [si | no]
escribir archivo de salida comprimido gzip (predeterminado: no)
-bzip2 [si | no]
escribir archivo de salida comprimido bzip2 (predeterminado: no)
-fuerza [si | no]
forzar la escritura en el archivo de salida (predeterminado: no)
-ayuda
mostrar ayuda y salir
-versión
mostrar información de la versión y salir
Formato de archivo para la opción -mapeo de regiones:
El archivo proporcionado a la opción -regionmapping define un "mapeo". Un mapeo mapea el
entradas de la región de secuencia dadas en el GFF3_archivo a un archivo de secuencia que contiene el
secuencia correspondiente. Las asignaciones se pueden definir en una de las dos formas siguientes:
mapeo = {
chr1 = "hs_ref_chr1.fa.gz",
chr2 = "hs_ref_chr2.fa.gz"
}
or
mapeo de funciones (secuencia_región)
return "hs_ref _" .. secuencia_region .. ". fa.gz"
final
La primera forma define un Lua (http://www.lua.org) tabla llamada "mapeo" que mapea cada
región de secuencia al archivo de secuencia correspondiente. El segundo define una función Lua
"Mapeo", que tiene que devolver el nombre del archivo de secuencia cuando se llama con el
secuencia_región como argumento.
PRESENTACIÓN DE INFORMES LOCO
Informar errores a[email protected]>.
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