Este es el comando idba_hybrid que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
idba_hybrid: ensamblador gráfico iterativo de Bruijn para datos de secuenciación híbrida
SINOPSIS
idba_híbrido -r leer.fa -o salida_dir [--referencia ref.fa]
DESCRIPCIÓN
IDBA-Tran es un ensamblador iterativo de lectura corta De Bruijn Graph De Novo para transcriptoma.
Es un ensamblador puramente de novo basado únicamente en lecturas de secuenciación de ARN. IDBA-Tran utiliza local
ensamblaje para reconstruir k-mers faltantes en transcripciones de baja expresión y luego emplea
corte progresivo en contigs para separar el gráfico en componentes. Cada componente
corresponde a un gen en la mayoría de los casos y no contiene muchas transcripciones. Una heurística
A continuación, se utiliza un algoritmo basado en lecturas de pares para encontrar las isoformas.
CAMPUS
-o, --fuera arg (= fuera)
directorio de salida
-r, --leer arg
archivo de lectura rápida (<= 128)
--leer_nivel_2 arg
lecturas de extremo emparejado fasta para andamios de segundo nivel
--leer_nivel_3 arg
lecturas de extremo emparejado fasta para andamios de tercer nivel
--leer_nivel_4 arg
lecturas de extremo emparejado fasta para andamios de cuarto nivel
--leer_nivel_5 arg
lecturas de extremo emparejado fasta para andamios de quinto nivel
-l, --long_read arg
archivo de lectura larga fasta (> 128)
--referencia arg
genoma de referencia
--visón arg (= 20)
valor k mínimo (<= 124)
--maxk arg (= 100)
valor k máximo (<= 124)
--paso arg (= 20)
incremento de k-mer de cada iteración
--visón_interior arg (= 10)
valor k mínimo interno
--paso_interior arg (= 5)
incremento interno de k-mer
--prefijo arg (= 3)
longitud de prefijo utilizada para construir la tabla sub k-mer
--min_count arg (= 2)
multiplicidad mínima para filtrar k-mer al construir el gráfico
--min_soporte arg (= 1)
apoyo mínimo en cada iteración
--num_hilos arg (= 0)
Número de hilos
--seed_kmer arg (= 30)
tamaño de semilla kmer para alineación
--min_contig arg (= 200)
tamaño mínimo de contig
--min_región arg (= 500)
tamaño mínimo de la región en el genoma de referencia
--similar arg (= 0.95)
similitud para la alineación
--max_mismatch arg (= 3)
desajuste máximo de corrección de errores
--min_pares arg (= 3)
número mínimo de pares
--max_gap arg (= 50)
espacio máximo en referencia
--no_local
no utilice montaje local
--sin cobertura
no iterar en la cobertura
--no correcto
no hagas corrección
--pre_corrección
realizar una corrección previa antes del montaje
Utilice idba_hybrid en línea utilizando los servicios de onworks.net
