Este es el comando infernal que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
Infernal: análisis de secuencia utilizando perfiles de secuencia de ARN y estructura secundaria
consenso
SINOPSIS
cmalinear
Alinear secuencias a un modelo de covarianza
cmconstruir
Construya modelos de covarianza a partir de secuencias múltiples de ARN anotadas estructuralmente
alineación (s)
cmcalibrar
Ajustar colas exponenciales para la determinación del valor E del modelo de covarianza
cmconvertir
Convertir archivos de modelo de covarianza infernal
cmemitir
Secuencias de muestra de un modelo de covarianza
cmfetch
Recuperar modelo (s) de covarianza de un archivo
presionar
Prepare una base de datos del modelo de covarianza para cmscan
cmscan
Secuencia de búsqueda (s) contra una base de datos de modelo de covarianza
cmbúsqueda
Buscar modelo (s) de covarianza en una base de datos de secuencia
cmstat
estadísticas de resumen para un archivo de modelo de covarianza
DESCRIPCIÓN
Infernal es un conjunto de varios programas para la alineación y la base de datos de secuencias de ARN estructural
búsqueda de homología. Utiliza modelos probabilísticos llamados "modelos de covarianza" (CM) para
representan los probables homólogos evolutivos de una alineación múltiple (o secuencia única) de
una familia de secuencias de ARN estructural.
Junto con la base de datos Rfam de familias de ARN y CM asociados
(http://rfam.sanger.ac.uk), Infernal se puede utilizar para anotar homólogos de estructuras estructurales conocidas.
Familias de ARN en genomas.
Infernal está estrechamente relacionado con el paquete de software HMMER para el análisis de familias de secuencias utilizando
HMM de perfil (http://hmmer.org), pero está diseñado específicamente para la secuencia de ARN estructural
familias. Además de modelar la secuencia conservada de una familia como lo hacen los HMM de perfil,
Los CM modelan la estructura secundaria conservada y bien anidada (no pseudoanudada) de la familia como
bien. En consecuencia, los métodos de búsqueda y alineación de CM son relativamente computacionalmente
costoso. Infernal usa perfiles HMM como filtros y para derivar restricciones para hacer
Métodos CM más prácticos.
Infernal se utiliza en tres modos principales: para buscar en una base de datos de secuencias nuevos homólogos de un
Familia de ARN (o anotar homólogos en un genoma); para buscar una base de datos de CM (como Rfam) para encontrar
a qué familia conocida pertenece una secuencia de consulta; y para construir automáticamente grandes
múltiples alineaciones (es decir, con un número efectivamente ilimitado de secuencias) usando un CM
representante de una familia de secuencias.
Suponga que tiene una alineación de secuencia múltiple anotada estructuralmente de una secuencia de ARN
familia de interés y desea buscar homólogos adicionales en una base de datos de secuencias.
El cmconstruir El programa crea modelos de covarianza a partir de múltiples alineaciones y cmcalibrar
determina parámetros importantes para estimar la significación estadística de la base de datos
hits al modelo en búsquedas posteriores.
El cmbúsqueda El programa busca CM (s) en una base de datos de secuencias.
Suponga que tiene secuencias que desea analizar utilizando una base de datos CM basada en Infernal
como Rfamhttp://rfam.sanger.ac.uk). La presionar el programa formatea un modelo de covarianza
(como el archivo que descargaría de Rfam) en una base de datos binaria Infernal. los
cmscan El programa busca secuencia (s) en esa base de datos.
Suponga que desea alinear muchas secuencias. Puede construir un pequeño y manejable
alineación estructural de un conjunto representativo de secuencias, construir un CM con cmconstruir, y
utilizar el cmalinear programa para alinear cualquier número de secuencias a ese CM.
Infernal también incluye algunas herramientas auxiliares para trabajar con grandes bases de datos de CM. cmfetch
obtiene uno o más CM de una base de datos. cmstat imprime estadísticas resumidas sobre un CM
archivo.
Para compatibilidad con versiones anteriores de Infernal, así como con HMMER, el cmconvertir
El programa convierte archivos CM a algunos otros formatos.
El cmemitir El programa genera (simula) secuencias "homólogas" mediante el muestreo de un CM. Eso
también puede generar una secuencia de "consenso".
Cada programa tiene su propia página de manual.
Use infernal en línea usando los servicios de onworks.net
