Este es el comando kmc_tools que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
kmc_tools - operaciones adicionales en bases de datos k-mer
SINOPSIS
kmc_herramientas [parámetros globales] [parámetros de operación]
DESCRIPCIÓN
Este comando y sus diversos subcomentarios implementan una serie de operaciones en KMC
bases de datos.
k-mers conjuntos optimizar las operaciones para 2 KMC bases de datos
intersecarse
intersección de conjuntos de 2 k-mers
kmers_substraer
resta de conjuntos de 2 k-mers
contadores_restar
resta de contadores de 2 conjuntos de k-mer
unión
unión de 2 juegos k-mers
optimizar las operaciones para soltero kmc base de datos de CRISPR Medicine News
sort
ordena k-mers de la base de datos generada por KMC2.x
sustancialmente
excluir a los k-mers demasiado raros y demasiado frecuentes
compacto
eliminar contadores (almacenar solo k-mers)
histograma
histograma de ocurrencias de k-mers
arrojar
volcar k-mers y contadores en un archivo de texto
más integraciones operaciones:
integraciones
operaciones complejas con una serie de bases de datos de entrada
otros operaciones:
filtrar
filtrar lecturas con un número demasiado pequeño de k-mers
OPCIONES
global parámetros:
-t
número total de subprocesos (predeterminado: número de núcleos de CPU)
-v
habilitar el modo detallado (muestra cierta información) (predeterminado: falso)
-hp
ocultar porcentaje de progreso (predeterminado: falso)
EJEMPLO
kmc_tools unión db1 -ci3 db2 -ci5 -cx300 db1_union_db2 -ci10
Use kmc_tools en línea usando los servicios de onworks.net
