mia-3dmotioncompica-nonrigid - Online en la nube

PROGRAMA:

NOMBRE

mia-3dmotioncompica-nonrigid: registro no lineal de una serie de imágenes 3D.

SINOPSIS

mia-3dmotioncompica-no rígido -i -o [opciones]

DESCRIPCIÓN

mia-3dmotioncompica-no rígido Este programa implementa una versión 3D del movimiento
algoritmo de compensación descrito en Wollny G, Kellman P, Santos A, Ledesma-Carbayo MJ,
"La compensación automática del movimiento de la respiración libre adquirió los datos de perfusión miocárdica por
utilizando análisis de componentes independientes ", Medical Image Analysis, 2012,
DOI: 10.1016 / j.media.2012.02.004.

CAMPUS

Archivo-IO
-i --in-file = (entrada, obligatorio); io
imágenes de entrada de archivos numerados consecutivamente (nameXXXX.ext)
tipos de archivo ver PLUGINS: 3dimage / io

-o --out-file = (salida, obligatorio); io
nombre de la imagen de salida (como cadena de formato C que incluye% 04d para definir
la numeración de archivos) Para conocer los tipos de archivos admitidos, consulte PLUGINS: 3dimage / io

--save-refs =
guardar imágenes de referencia, la cadena dada se utiliza como base de nombre de archivo, el
patrón numérico sigue las imágenes de entrada, y el formato de salida es siempre
'vista'

--save-regs =
guardar imágenes registradas intermedias, la cadena dada se utiliza como nombre de archivo
base, el patrón numérico sigue las imágenes de entrada y el formato de salida es
siempre 'vista'

--save-coeffs =
guardar la matriz de mezcla en un archivo de texto

--save-features =
guardar imágenes de funciones como PNG

Ayuda & Info
-V --verbose = advertencia
verbosidad de la salida, imprimir mensajes de nivel dado y prioridades más altas.
Las prioridades admitidas que comienzan en el nivel más bajo son:
info - Mensajes de bajo nivel
rastrear - Seguimiento de llamadas a funciones
fallar - Informar fallas en las pruebas
advertencia - Advertencias
error - Informar errores
depurar - Salida de depuración
mensaje - Mensajes normales
fatal - Informar solo errores fatales

--derechos de autor
imprimir información de derechos de autor

-h --ayuda
imprime esta ayuda

-? --uso
imprimir una breve ayuda

--versión
imprima el número de versión y salga

ICA
-C - componentes = 0
Componentes ICA 0 = estimación automática Componentes ICA 0 = automático
estimación

--no normalizar
no normalizar los circuitos integrados

--sin franja
no quites la media de las curvas de mezcla

-k --skip = 0
omitir imágenes al comienzo de la serie, por ejemplo, porque como son de otros
modalidades omitir imágenes al comienzo de la serie, por ejemplo, porque
son de otras modalidades

-m --max-ica-iter = 400
número máximo de iteraciones en ICA número máximo de iteraciones en ICA

Procesamiento
--threads = -1
Número máximo de subprocesos a utilizar para el procesamiento, este número debe ser menor
o igual al número de núcleos de procesador lógico en la máquina. (-1:
estimación automática) .Número máximo de subprocesos a utilizar para el procesamiento, esto
El número debe ser menor o igual al número de núcleos de procesador lógico en
la máquina. (-1: estimación automática).

Registro
-O --optimizer = gsl: opt = gd, step = 0.1
Optimizador utilizado para la minimización

-a --start-c-rate = 32
la tasa de coeficiente de inicio en las espinas, se divide por --c-rate-divider con
cada tasa de coeficiente de arranque en espinas, se divide por --c-rate-divider
con cada pase

--c-rate-divider = 4
divisor de tasa deficiente para cada pasada divisor de tasa deficiente para cada pasada

-d --start-divcurl = 20
start divcurl weight, se divide por --divcurl-divider con cada passstart
divcurl weight, se divide por --divcurl-divider con cada pasada

--divcurl-divider = 4
escalado de peso divcurl con cada nueva escala de peso divcurl con cada
nuevo pase

-w --imagecost = image: weight = 1, cost = ssd,
costo de la imagen

-l - mg-niveles = 3
niveles de resolución múltiple niveles de resolución múltiple

-P - pasa = 3
pases de registro pases de registro

COMPLEMENTOS: 3dimage / io

analizar Analizar imagen 7.5

Extensiones de archivo reconocidas: .HDR, .hdr

Tipos de elementos admitidos:
8 bits sin firmar, 16 bits firmados, 32 bits firmados, coma flotante 32 bits,
coma flotante de 64 bits

grupo de datos E / S virtual hacia y desde el grupo de datos interno

Extensiones de archivo reconocidas:. @

dicom Serie de imágenes Dicom en 3D

Extensiones de archivo reconocidas: .DCM, .dcm

Tipos de elementos admitidos:
16 bits firmados, 16 bits sin firmar

hdf5 E / S de imagen HDF5 3D

Extensiones de archivo reconocidas: .H5, .h5

Tipos de elementos admitidos:
datos binarios, 8 bits con signo, 8 bits sin firmar, 16 bits con signo, 16 bits sin firmar,
32 bits firmados, 32 bits sin firmar, 64 bits firmados, 64 bits sin firmar, flotantes
punto de 32 bits, punto flotante de 64 bits

inría Imagen INRIA

Extensiones de archivo reconocidas: .INR, .inr

Tipos de elementos admitidos:
firmado de 8 bits, sin firmar de 8 bits, firmado de 16 bits, sin firmar de 16 bits, firmado de 32
bit, 32 bit sin signo, 32 bit de coma flotante, 64 bit de coma flotante

mhd E / S de imagen MetaIO 3D utilizando la implementación VTK (experimental).

Extensiones de archivo reconocidas: .MHA, .MHD, .mha, .mhd

Tipos de elementos admitidos:
firmado de 8 bits, sin firmar de 8 bits, firmado de 16 bits, sin firmar de 16 bits, firmado de 32
bit, 32 bit sin signo, 32 bit de coma flotante, 64 bit de coma flotante

ingenioso E / S de imagen 1D NIFTI-3

Extensiones de archivo reconocidas: .NII, .nii

Tipos de elementos admitidos:
firmado de 8 bits, sin firmar de 8 bits, firmado de 16 bits, sin firmar de 16 bits, firmado de 32
bit, 32 bits sin firmar, 64 bits firmados, 64 bits sin firmar, coma flotante 32
bit, coma flotante 64 bit

vff Formato ráster VFF Sun

Extensiones de archivo reconocidas: .VFF, .vff

Tipos de elementos admitidos:
8 bits sin firmar, 16 bits con signo

vista Vista 3D

Extensiones de archivo reconocidas: .V, .VISTA, .v, .vista

Tipos de elementos admitidos:
datos binarios, 8 bits con signo, 8 bits sin firmar, 16 bits con signo, 16 bits sin firmar,
32 bits firmados, 32 bits sin firmar, coma flotante 32 bits, coma flotante 64
poco

vti Entrada y salida de imagen 3D VTK-XML (experimental).

Extensiones de archivo reconocidas: .VTI, .vti

Tipos de elementos admitidos:
firmado de 8 bits, sin firmar de 8 bits, firmado de 16 bits, sin firmar de 16 bits, firmado de 32
bit, 32 bit sin signo, 32 bit de coma flotante, 64 bit de coma flotante

vtk Entrada y salida heredada de imágenes 3D VTK (experimental).

Extensiones de archivo reconocidas: .VTK, .VTKIMAGE, .vtk, .vtkimage

Tipos de elementos admitidos:
datos binarios, 8 bits con signo, 8 bits sin firmar, 16 bits con signo, 16 bits sin firmar,
32 bits firmados, 32 bits sin firmar, coma flotante 32 bits, coma flotante 64
poco

EJEMPLO

Registre la serie de perfusión dada en imágenes imagesXXXX.v utilizando ICA de 4 clases
Estimacion. Omita dos imágenes al principio, use como máximo 4 hilos de registro, un nlopt
optimizador basado y otras formas utilizan los parámetros predeterminados. Almacene el resultado en
registradoXXXX.v

mia-3dmotioncompica-nonrigid -i images0000.v -o registrado% 04d.v -k 2 -C 4 -t 4 -O
nlopt: opt = ld-var1, xtola = 0.001, ftolr = 0.001, maxiter = 300

AUTOR (es)

Gert Wollny

DERECHOS DE AUTOR

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con ABSOLUTAMENTE NINGUNA GARANTÍA y puede redistribuirlo bajo los términos de GNU
LICENCIA PÚBLICA GENERAL Versión 3 (o posterior). Para obtener más información, ejecute el programa con el
opción '--copyright'.

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