Este es el comando mincstats que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
mincstats: calcula estadísticas simples a través de vóxeles de un archivo minc
SINOPSIS
mincstats [ ] .mnc
DESCRIPCIÓN
Mincstats calculará medidas estadísticas simples en todos los vóxeles de un archivo minc.
Tenga en cuenta que estas son medidas estadísticas globales y no medidas vóxel por vóxel (consulte
minpromedio para eso). De forma predeterminada, se calculan todas las estadísticas. Si alguna estadística es
solicitado a través de una opción de línea de comandos, sólo se imprimen las estadísticas solicitadas.
Una característica muy útil de este programa es la capacidad de restringir el conjunto de vóxeles
incluido en el cálculo estadístico, ya sea restringiendo el rango de valores incluidos,
o utilizando un archivo de máscara con un rango restringido. Múltiples rangos para el archivo de entrada o
se puede especificar el archivo de máscara. Para cada rango de valores de volumen incluidos y para cada rango
de valores de máscara, se imprimen las estadísticas relevantes (n * m valores, donde n es el número
de rangos de volumen ym el número de rangos de máscara). Estos cálculos se realizan en un solo
pasar a través de los datos, por lo que especificar varios rangos es mucho más rápido que ejecutar el
programa repetidamente. Esto es muy útil cuando se calculan muchos promedios regionales con un
Volumen de la máscara VOI.
Se debe dar una mención especial a los histogramas y las medidas estadísticas relacionadas. los
el rango predeterminado del histograma es desde el valor más pequeño del archivo hasta el más grande. En
el caso no infrecuente, pero especial, cuando el número de contenedores de histograma coincide exactamente con el
número de valores posibles en el archivo (por ejemplo, 256 bins para datos de bytes de rango completo),
El histograma puede terminar con algunas características extrañas cuando se usa el rango de histograma predeterminado. Esta
surge de la discretización de los datos que luego se reinventan en una
histgrama no coincidente. Para el ejemplo de datos de bytes, los valores que deben usarse son 256
contenedores y un rango de histograma que se extiende medio contenedor por debajo del valor más pequeño y medio contenedor
por encima del más grande. Opción de uso -histograma_discreto para resolver esto automáticamente, o use
-histograma_integer tener contenedores de ancho unitario si los datos de entrada son inherentemente enteros
(por ejemplo, datos de la etiqueta). En general, uno debe tener cuidado con el renacimiento de discretizados
datos a un histograma con un tamaño de contenedor cercano al nivel de discretización.
CAMPUS
Tenga en cuenta que las opciones se pueden especificar en forma abreviada (siempre que sean únicas) y
se puede dar en cualquier lugar de la línea de comando. El orden en el que se imprimen las estadísticas
serán siempre los mismos independientemente del orden en que se soliciten en el
de línea de comandos
General opciones
-golpear
Sobrescribe un archivo existente.
-noclobber
No sobrescriba un archivo existente (predeterminado).
-verboso
Imprime información adicional (más que la predeterminada).
-tranquilo Imprima solo los números solicitados
-max_buffer_size_in_kb tamaño
Especifique el tamaño máximo de los búferes internos (en kbytes). El valor predeterminado es 4 MB.
Inválido propuesta de opciones
-ignorar_nan
Excluya los valores no válidos (fuera del rango válido) de los cálculos estadísticos. Este es
el valor por defecto.
-incluir_nan
Trate los valores no válidos como ceros e inclúyalos en los cálculos estadísticos.
-reemplazar_nan propuesta de
Reemplace los valores no válidos con el valor especificado e incluya el nuevo valor en
cálculos estadísticos.
Volumen distancia opciones
-piso min1,min2, ...
Lista separada por comas de límites inferiores para rangos de datos para incluir en la estadística
cálculo.
-hacer techo max1,max2, ...
Lista separada por comas de límites superiores para rangos de datos para incluir en la estadística
cálculo.
-rango min1,max1,min2,max2, ...
Lista separada por comas de límites inferior y superior para rangos de datos para incluir en
cálculo estadístico.
-invalor val1,val2, ...
Lista de valores enteros separados por comas para incluir en el cálculo estadístico. Una gama
de +/- 0.5 se define alrededor de cada valor especificado.
-máscara nombre de archivo.mnc
Nombre del archivo que se utilizará para enmascarar los datos incluidos en el cálculo estadístico. Para
esto para que tenga algún efecto, debe especificar un rango de máscara con uno de los siguientes
.
-máscara_piso min1,min2, ...:
Me gusta -piso, pero aplicado al archivo de máscara.
-mask_ceil max1,max2, ...
Me gusta -hacer techo, pero aplicado al archivo de máscara.
-mask_range min1,max1,min2,max2, ...
Me gusta -rango, pero aplicado al archivo de máscara.
-mask_binvalue val1,val2, ...
Me gusta -invalor, pero aplicado al archivo de máscara.
Histograma opciones
-histograma nombre de archivo
Especifique el nombre de un archivo en el que se escribe el histograma. Si varios rangos
o se especifican rangos de máscara, entonces todos los histogramas se escriben en este archivo,
separados por líneas en blanco. La información que describe cada histograma se escribe antes
en líneas que comienzan con el carácter de almohadilla (almohadilla). Estos archivos se pueden cargar
en gnuplot.
-hist_bins número-de-contenedores
Especifique el número de bins en el histograma.
-cubos número-de-contenedores
Sinónimo de -hist_bins.
-hist_piso min
Especifique el límite inferior del histograma.
-hist_ceil max
Especifique el límite superior del histograma.
-rango_histórico min max
Especificar un rango para el histograma
-histograma_integer
Cree contenedores de ancho de unidad, centrados en valores enteros. Esto es útil para
datos enteros como etiquetas. El rango del histograma se redondea al número entero más cercano,
luego, el mínimo se reduce y el máximo se aumenta en 0.5. Se toma el número de contenedores
como la diferencia de estos dos valores. Tenga en cuenta que 0.01 se suma al mínimo y
restado del máximo antes del redondeo para asegurar que un
se conserva el rango correctamente especificado (por ejemplo, [0.5,255.5]). Si quieres tener
bins enteros que son más anchos que uno, tendrá que calcular el rango del histograma
y el número de contenedores usted mismo y no use esta opción.
-histograma_discreto
Intente hacer coincidir el histograma con la discretización de los datos de entrada. Este es
apropiado para datos continuos que se almacenan en una representación entera y
cuando se desea un ancho de contenedor cercano a la discretización. Esto es similar a
-histograma_integer, excepto que el rango del histograma se convierte primero a vóxel
valores que se redondean y amplían en medio contenedor a cada lado. Este nuevo vóxel
Luego, el rango se convierte de nuevo a valores reales. El número de contenedores se toma como
diferencia en el rango de valores de vóxel. Tenga en cuenta que esto no tiene en cuenta las variaciones.
en la escala de corte a corte, por lo que aún pueden producirse efectos de histograma extraños. Esta opcion es
destinado a dar un comportamiento similar al de estadísticas_de_volumen.
-int_max_bins número-de-contenedores
Especifique el histograma más grande que se puede dimensionar automáticamente con lo anterior
opciones. El límite evita la creación accidental de grandes histogramas. Esta opción
reemplazó el viejo -max_bins opción en MINC 1.1.
Basic statistics
-todas Calcule todas las medidas estadísticas. Este es el predeterminado.
-ninguna Sinónimo de -contar (por similitud con volume_stats). Tenga en cuenta que aunque esto fue
necesario para estadísticas_de_volumen, no es necesario aquí, ya que especificar cualquiera de estos
las opciones se apagan automáticamente -todas
-contar Cuente el número de vóxeles que están dentro del rango y la máscara.
-por ciento
Imprima el porcentaje de vóxeles dentro del rango y la máscara
-volumen
Imprima el volumen de los vóxeles dentro del rango y la máscara (en mm cúbicos).
- mín. Imprime el valor mínimo.
-máx Imprime el valor máximo.
-suma Imprime la suma de todos los valores.
-suma2 Imprime la suma de los cuadrados de todos los valores.
-media Imprime la media.
-diferencia
Imprime la variación.
-stddev
Imprime la desviación estándar.
-oblicuidad
Imprima la asimetría de la muestra (tercer momento).
-curtosis
Imprima la curtosis de muestra (4º momento).
-CoM Imprime el centro de masa. Tanto la coordenada vóxel como las coordenadas mundiales son
impreso. Las coordenadas del vóxel se imprimen en orden de archivo, mientras que el mundo
las coordenadas se imprimen en orden x, y, z.
-con Sinónimo de -CoM.
-solo_mundo
Imprima el centro de masa solo en coordenadas mundiales.
Histograma statistics
Tenga en cuenta que las estadísticas del histograma se derivan únicamente de los recuentos del histograma y
centros, por lo que resultados como la mediana no serán exactamente los mismos que el valor verdadero para
todos incluidos voxels. Por ejemplo, el error en la mediana puede ser tan grande como medio contenedor.
ancho. Además, si el rango del histograma es menor que el de los vóxeles incluidos, entonces el
El resultado se aplica solo a los vóxeles incluidos en el histograma.
-hist_count
Imprime el número de vóxeles en el histograma. Esto puede ser diferente del número de
vóxeles incluidos y enmascarados si el rango del histograma es menor que el rango del
datos incluidos.
-hist_porcentaje
Imprima el porcentaje de vóxeles incluidos en el histograma.
-mediana
Imprima la mediana del histograma.
-mayoria
Imprima el centro de la bandeja (valor de intensidad) para la bandeja con más recuentos.
-biModalT
Imprima el umbral bimodal separando el volumen en dos clases El valor predeterminado es
para usar el método otsu (ver opciones a continuación)
-otsu Utilice el método descrito en Otsu N, "Un método de selección de umbral de nivel de gris
Histogramas ", IEEE Trans on Systems, Man and Cybernetics. 1979, 9: 1; 62-66 a
calcular el umbral
-kittler
Utilice el algoritmo de Kittler & Illingworth '86 para calcular el umbral bimodal.
Kittler, J. & Illingworth J., "Umbral de error mínimo", Reconocimiento de patrones,
vol 19, págs. 41-47, 1986.
-kapur Utilice el método de Kapur et al. '85 algoritmo para calcular el umbral bimodal. Kapur,
Sahoo & Wong "Un nuevo método para el umbral de imagen de nivel de grises utilizando la entropía de
el histograma ", Computer Vision, Graphics, and Image Processing, vol 29, págs.
273-285, 1985.
-sencillo
Use un algoritmo de media de medias simple para calcular el umbral bimodal Esto es más
computacionalmente caro que algunas de las alternativas, y no parece hacer un
gran trabajo. Pero parece más robusto que algunos de los otros métodos.
-pctT Imprima el umbral necesario para un porcentaje crítico particular del histograma.
-entropía
Imprime la entropía de Shannon.
H (x) = - Suma (P (i) * log2 (P (i))
donde P (i) es la probabilidad bin
Generic opciones para todos comandos:
-ayuda Imprima un resumen de las opciones de la línea de comandos y salga.
-versión
Imprima el número de versión del programa y salga.
Use mincstats en línea usando los servicios de onworks.net
