Este es el comando showaligne que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
showalign: muestra una alineación de secuencia múltiple en un formato bonito
SINOPSIS
mostrar alineación -secuencia conjunto de secuencias [-matriz matriz] [-refseq cadena] [-fondo booleano]
[-espectáculo lista] [-pedido lista] [-Caso similar booleano] [-consenso booleano]
-en mayúsculas distancia -número booleano -regla booleano -anchura entero -margen entero
-html booleano -destacar distancia -pluralidad flotar -setcase flotar -identidad flotar
-brechas booleano -archivo de salida archivar
mostrar alineación -ayuda
DESCRIPCIÓN
mostrar alineación es un programa de línea de comandos de EMBOSS (“European Molecular Biology Open
Paquete de programas"). Es parte de la "Alineación: Múltiple, Recuperación de datos: Datos de secuencia"
grupo (s) de mando.
OPCIONES
Entrada .
-secuencia conjunto de secuencias
La alineación de la secuencia que se mostrará.
-matriz matriz
Este es el archivo de matriz de puntuación que se utiliza al comparar secuencias. Por defecto es el
archivo 'EBLOSUM62' (para proteínas) o el archivo 'EDNAFULL' (para secuencias nucleicas). Estas
Los archivos se encuentran en el directorio "datos" de la instalación de EMBOSS.
Beneficios adicionales .
-refseq cadena
Si da el número en la alineación o el nombre de una secuencia, se llevará a
ser la secuencia de referencia. La secuencia de referencia siempre se muestra completa y es la
uno con el que se comparan todas las demás secuencias. Si se establece en 0, entonces el
La secuencia de consenso se utilizará como secuencia de referencia. Por defecto el consenso
La secuencia se utiliza como secuencia de referencia.
-fondo booleano
Si esto es cierto, la secuencia de referencia se muestra en la parte inferior de la
alineación en lugar de la parte superior. Valor predeterminado: Y
-espectáculo lista
Valor predeterminado: N
-pedido lista
Valor predeterminado: I
-Caso similar booleano
Si se establece en True, cuando -show se establece en 'Similitudes' o 'No identidades' y
un residuo es similar pero no idéntico al residuo de la secuencia de referencia, será
cambiado a minúsculas. Si -show se establece en 'Todos', entonces no idéntico, no similar
los residuos se cambiarán a minúsculas. Si esto es falso, entonces no hay cambios en el caso de
los residuos se elaboran sobre la base de su similitud con la secuencia de referencia.
Valor predeterminado: Y
-consenso booleano
Si esto es cierto, se muestra la línea de consenso. Valor predeterminado: Y
Avanzada .
-en mayúsculas distancia
Regiones para poner en mayúsculas. Si esto se deja en blanco, entonces se deja el caso de secuencia
solo. Un conjunto de regiones se especifica mediante un conjunto de pares de posiciones. Las posiciones son
enteros. Están separados por cualquier carácter no alfabético ni numérico. Ejemplos de region
las especificaciones son: 24-45, 56-78 1:45, 67 = 99; 765..888 1,5,8,10,23,45,57,99
-número booleano
Si esta opción es verdadera, se muestra una línea que indica las posiciones en la alineación.
cada 10 caracteres por encima de la alineación. Valor predeterminado: Y
-regla booleano
Si esta opción es verdadera, entonces una línea de regla marcando cada quinto y décimo carácter en el
se muestra la alineación. Valor predeterminado: Y
-anchura entero
Valor predeterminado: 60
-margen entero
Esto establece la longitud del margen izquierdo para los nombres de secuencia. Si el margen está configurado
en 0, no se muestran márgenes ni nombres. Si el margen se establece en un valor que
es menor que la longitud de un nombre de secuencia, entonces se muestra el nombre de la secuencia
truncado a la longitud del margen. Si el margen se establece en -1, entonces el mínimo
ancho de margen que permitirá que todos los nombres de secuencia se muestren en su totalidad más un
El espacio al final del nombre se seleccionará automáticamente. Valor predeterminado: -1
-html booleano
Valor predeterminado: N
-destacar distancia
Regiones para colorear si se formatea para HTML. Si se deja en blanco, entonces la secuencia es
dejado solo. Un conjunto de regiones se especifica mediante un conjunto de pares de posiciones. los
las posiciones son números enteros. Van seguidos de cualquier color de fuente HTML válido. Ejemplos de
Las especificaciones regionales son: 24-45 azul 56-78 naranja 1-100 verde 120-156 rojo Un archivo de
los rangos de color (un rango por línea) se pueden especificar como '@filename'.
-pluralidad flotar
Establezca un límite para el% de coincidencias con puntuación positiva por debajo del cual no hay consenso.
La pluralidad predeterminada se toma como el 50% del peso total de todas las secuencias en el
alineación. Valor predeterminado: 50.0
-setcase flotar
Establece el umbral para las puntuaciones de las coincidencias positivas por encima del cual se encuentra el consenso.
en mayúsculas y por debajo del cual el consenso está en minúsculas. De forma predeterminada, esto está configurado
para ser la mitad del número (ajustado por peso) de secuencias en la alineación. Defecto
valor: @ ($ (sequence.totweight) / 2)
-identidad flotar
Proporciona la posibilidad de establecer el número requerido de identidades en una posición para
para dar un consenso. Por lo tanto, si se establece en 100% solo columnas de identidades
contribuir al consenso. Valor predeterminado: 0.0
-brechas booleano
Si esta opción es verdadera, los caracteres de espacio pueden aparecer en el consenso. los
la alternativa es 'N' para nucleótido o 'X' para proteína Valor predeterminado: Y
Salida .
-archivo de salida archivar
Utilice showaligne en línea utilizando los servicios de onworks.net
