Esta es la aplicación de Linux llamada GapFiller cuya última versión se puede descargar como GapFiller-1.1.1.zip. Se puede ejecutar en línea en el proveedor de alojamiento gratuito OnWorks para estaciones de trabajo.
Descargue y ejecute en línea esta aplicación llamada GapFiller con OnWorks de forma gratuita.
Siga estas instrucciones para ejecutar esta aplicación:
- 1. Descargue esta aplicación en su PC.
- 2. Ingrese en nuestro administrador de archivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con el nombre de usuario que desee.
- 3. Cargue esta aplicación en dicho administrador de archivos.
- 4. Inicie el emulador en línea OnWorks Linux o Windows en línea o el emulador en línea MACOS desde este sitio web.
- 5. Desde el SO OnWorks Linux que acaba de iniciar, vaya a nuestro administrador de archivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con el nombre de usuario que desee.
- 6. Descarga la aplicación, instálala y ejecútala.
Relleno
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DESCRIPCIÓN
GapFiller es un ensamblador local de semilla y extensión para llenar el vacío dentro de lecturas emparejadas.
Se puede utilizar tanto para ADN como para ARN y se ha probado con datos de Illumina.
GapFiller se puede utilizar siempre que se vaya a ensamblar una secuencia a partir de las lecturas que se encuentran en sus extremos, siempre que se disponga de una estimación imprecisa de la longitud de la secuencia.
Caracteristicas
- Formato de entrada admitido: FASTQ (.gz, .bz2), FASTA (.gz, .bz2), SAM, BAM
- Parámetros de montaje altamente personalizables
- Posibilidad de especificar diferentes conjuntos de datos para la siembra y el ensamblaje.
- Posibilidad de almacenar información de diseño (leer posición y orientación dentro de contigs ensamblados)
Interfaz de usuario
Línea de comando
Lenguaje de programación
C + +
Categorías
Esta es una aplicación que también se puede obtener de https://sourceforge.net/projects/gapfiller/. Se ha alojado en OnWorks para poder ejecutarlo online de la forma más sencilla desde uno de nuestros Sistemas Operativos gratuitos.
