این دستور bp_download_query_genbankp است که می تواند در ارائه دهنده هاست رایگان OnWorks با استفاده از یکی از چندین ایستگاه کاری آنلاین رایگان ما مانند Ubuntu Online، Fedora Online، شبیه ساز آنلاین ویندوز یا شبیه ساز آنلاین MAC OS اجرا شود.
برنامه:
نام
bp_download_query_genbank - اسکریپت برای درخواست Genbank و بازیابی سوابق
طریقه استفاده
bp_download_query_genbank -- query "Neurospora[ORGN]" --db nucest -o Ncrassa_ESTs.fa --format fasta
bp_download_query_genbank --queryfile 'filewithquery' --db nucest -o Ncrassa_ESTs.fa --format fasta
دیگر گزینه های
ارائه یکی از:
-q -- query query string OR
فایل پروفایل --queryfile با query OR
فایل --gi --gis --gifile به همراه لیست GI ها برای دانلود
نوع پایگاه داده:
پایگاه داده -d --db (نوکلئوتید [پیش‌فرض]، nucest، پروتئین، )
فایل خروجی -o --out --outfile (در غیر این صورت نتایج روی صفحه نمایش داده می شود)
-f فرمت خروجی فایل توالی فرمت (fasta به طور پیش فرض)
-v - خروجی اشکال زدایی مفصل
پرس و جو گزینه های
- حداکثر تعداد شناسه‌ها برای بازیابی در یک مجموعه (به طور پیش‌فرض 100 شناسه در هر زمان)
-- مرتبط کردن
--maxdate maxdate برای یک رکورد
- حداقل تاریخ ثبت
-datetype edat یا mdat (ورود یا اصلاح شده)
نویسنده جیسون استاجیچ
جیسون استاجیچ، jason-AT-bioperl.org
از bp_download_query_genbankp به صورت آنلاین با استفاده از خدمات onworks.net استفاده کنید
