این دستور bp_fast_load_gffp است که می تواند در ارائه دهنده هاست رایگان OnWorks با استفاده از یکی از چندین ایستگاه کاری آنلاین رایگان ما مانند Ubuntu Online، Fedora Online، شبیه ساز آنلاین ویندوز یا شبیه ساز آنلاین MAC OS اجرا شود.
برنامه:
نام
bp_fast_load_gff.pl - بارگذاری سریع پایگاه داده Bio::DB::GFF از فایل های GFF.
خلاصه
% bp_fast_load_gff.pl -d testdb dna1.fa dna2.fa features1.gff features2.gff ...
شرح
این اسکریپت یک پایگاه داده Bio::DB::GFF را با ویژگی های موجود در لیستی از GFF بارگیری می کند.
فایل ها و/یا فایل های دنباله ای FASTA. شما باید از نوع دقیق GFF که در توضیح داده شده است استفاده کنید
بیو::DB::GFF. گزینه های مختلف خط فرمان به شما امکان می دهد کنترل کنید که کدام پایگاه داده بارگیری شود
و اینکه آیا به پایگاه داده موجود اجازه رونویسی داده شود یا خیر.
این اسکریپت مشابه load_gff.pl است، اما بسیار سریعتر است. با این حال، به سختی کدگذاری شده است
از MySQL استفاده می‌کند و احتمالاً فقط روی پلتفرم‌های یونیکس کار می‌کند، زیرا به لوله‌ها وابسته است. دیدن
bp_load_gff.pl برای یک لودر افزایشی که با تمام پایگاه های داده پشتیبانی شده کار می کند
Bio::DB::GFF، و bp_bulk_load_gff.pl برای یک لودر MySQL سریع که از همه پلتفرم ها پشتیبانی می کند.
NOTES
اگر نام فایل به صورت "-" داده شود، ورودی از ورودی استاندارد گرفته می شود. فشرده شده
فایل های (gz.، .Z، .bz2.) به طور خودکار فشرده نمی شوند.
فایل های فرمت FASTA با پسوند نام فایلشان از فایل های GFF متمایز می شوند. فایل ها
به .fa، .fasta، .fast، .seq، .dna ختم می شود و انواع بزرگ آنها به عنوان FASTA در نظر گرفته می شود
فایل ها. هر چیز دیگری به عنوان یک فایل GFF در نظر گرفته می شود. اگر می خواهید فایل های -fasta را از
STDIN، سپس از خط فرمان -f swith با آرگومان '-' استفاده کنید
gunzip my_data.fa.gz | bp_fast_load_gff.pl -d test -f -
ماهیت بار مستلزم آن است که پایگاه داده روی ماشین محلی باشد و
کاربر مشخص شده از امتیاز "فایل" برای بارگیری جداول و داشتن فضای کافی در آن برخوردار است
/usr/tmp (یا هر چیزی که توسط متغیر محیطی \$TMPDIR مشخص شده است)، برای نگه داشتن
جداول به صورت گذرا اگر MySQL شما نسخه 3.22.6 است و با استفاده از "load
گزینه local file"، سپس ممکن است بتوانید پایگاه داده های راه دور را با داده های محلی بارگیری کنید
گزینه --local.
درباره maxfeature: مقدار پیش فرض 100,000,000 پایه است. اگر ویژگی هایی دارید که هستند
طول نزدیک یا بیشتر از 100 مگابایت، پس مقدار maxfeature باید افزایش یابد
به 1,000,000,000. این مقدار باید توان 10 باشد.
اگر لیست فایل های GFF یا fasta از محدودیت هسته برای حداکثر تعداد فراتر رود
آرگومان های خط فرمان، از گزینه --long_list /path/to/files استفاده کنید.
آداپتور مورد استفاده dbi::mysqlopt است. در حال حاضر هیچ راهی برای تغییر این وجود ندارد.
خط فرمان OPTIONS
گزینه های خط فرمان را می توان به اختصار به گزینه های تک حرفی تبدیل کرد. به عنوان مثال -d به جای
-- پایگاه داده
-- پایگاه داده نام پایگاه داده Mysql
--ایجاد مقداردهی مجدد/ایجاد جداول داده بدون درخواست
--local سعی کنید یک پایگاه داده راه دور را با استفاده از داده های محلی بارگیری کنید.
-- نام کاربری برای ورود به عنوان
--fasta فایل یا دایرکتوری حاوی فایل های fasta برای بارگذاری
رمز عبور رمز عبور برای استفاده از احراز هویت
فهرست --long_list حاوی تعداد بسیار زیادی از
فایل های GFF و/یا FASTA
--maxfeature مقدار حداکثر اندازه ویژگی را تنظیم کنید (پیش‌فرض 100 مگابایت، باید توان 10 باشد)
--group لیستی از یک یا چند نام تگ (با کاما یا فاصله جدا شده)
برای گروه بندی در ستون نهم استفاده می شود.
--gff3_munge munging نام GFF3 را فعال کنید (به Bio::DB::GFF مراجعه کنید)
--summary ایجاد آمار خلاصه برای رسم هیستوگرام پوشش.
این را می توان در یک پایگاه داده قبلا بارگذاری شده یا در طول اجرا کرد
بار
--موقعیت مکان دایرکتوری خراش قابل نوشتن
از bp_fast_load_gffp به صورت آنلاین با استفاده از خدمات onworks.net استفاده کنید
