این دستور bp_flanksp است که می تواند در ارائه دهنده هاست رایگان OnWorks با استفاده از یکی از چندین ایستگاه کاری آنلاین رایگان ما مانند Ubuntu Online، Fedora Online، شبیه ساز آنلاین ویندوز یا شبیه ساز آنلاین MAC OS اجرا شود.
برنامه:
نام
bp_flanks - یافتن دنباله های طرفین برای یک نوع در موقعیت دنباله
خلاصه
bp_flanks --position POS [-p POS ...] [--flanklen INT]
الحاق | نام فایل
شرح
این اسکریپت به شما اجازه می دهد تا یک دنباله در اطراف یک منطقه مورد علاقه را از یک استخراج کنید
دنباله موجود خروجی اگر سریع فرمت شده توالی ورودی که در آن خط سرصفحه
حاوی اطلاعات اضافی در مورد مکان است.
OPTIONS
اسکریپت یک آرگومان بی نام می گیرد که یا نام فایل در سیستم فایل محلی است
یا یک شماره توالی نوکلئوتیدی.
-p Position از جدول ویژگی های توالی نوکلئوتیدی ساده استفاده می کند
- نماد موقعیت برای تعریف منطقه مورد نظر، معمولاً a
تکرار SNP یا ریزماهواره که کناره ها در اطراف آن قرار دارند
تعریف شده است.
ممکن است بیش از یک گزینه موقعیت وجود داشته باشد یا می توانید
یک لیست جدا شده با کاما به گزینه یک موقعیت بدهید.
فرمت یک موقعیت:
[id:] int | محدوده | در بین [-]
شناسه اختیاری نامی است که می خواهید با نام جدید تماس بگیرید
توالی. اگر در داده نشده باشد، شماره در حال اجرا را به
نام ورودی با خط زیر.
موقعیت یا یک نقطه است (مثلا 234)، یک محدوده (مثلاً
250..300) یا نقطه درج بین نوکلئوتیدها
(به عنوان مثال 234^235)
اگر موقعیت کاملاً درون منبع نباشد
دنباله دنباله خروجی کوتاه خواهد شد و آن را
یک هشدار چاپ خواهد کرد.
خط فاصله اختیاری [-] در انتهای موقعیت
نشان می دهد که شما می خواهید دنباله بازیابی شده باشد
در رشته مخالف
-f پیش فرض 100 است. این طول نوکلئوتیدها است
- دنباله فلانکلن در هر دو طرف موقعیت داده شده بازیابی می شود.
اگر فایل منبع حاوی نیست
OUTPUT FORMAT
خروجی یک ورودی با فرمت سریع است که در آن فایل توضیحات حاوی جفت‌های tag=value است
برای اطلاعات در مورد جایی که در دنباله اصلی دنباله بعدی گرفته شده است.
شناسه ورودی fasta نامی است که در خط فرمان داده می شود که با خط فاصله به آن متصل می شود
نام فایل یا دسترسی به دنباله منبع. در صورت عدم وجود شناسه یک سری متوالی داده می شود
اعداد صحیح استفاده می شود.
جفت های tag=value عبارتند از:
oripos=int
موقعیت در فایل منبع
رشته=1|-1
رشته توالی در مقایسه با دنباله منبع
allelepos=int
موقعیت منطقه مورد نظر در ورودی فعلی برچسب همان است که استفاده می شود
توسط dbSNP@NCBI
توالی موقعیت متغیر آلل را با نشان دادن آن با حروف بزرگ و استراحت برجسته می کند
دنباله با حروف کوچک.
مثال
% bp_flanks ~/seq/ar.embl
>1_/HOME/HEIKKI/SEQ/AR.EMBL oripos=100 strand=1 allelepos=100
taataactcagttttttttgcacctacttcagtggacactgaatttggaaggtggagga
ttttgtttttttttttaagatctgggcatttttgaatCtacccttcaagtattaagag
acagactgtgagcctagcagggcagatcttgtccaccgtgtgtcttcttctgcacgagac
tttgaggctgtcagagcgct
ALL
فرض بر این است که فایل های ورودی در قالب EMBL هستند و دنباله ها فقط از آنها بازیابی می شوند.
پایگاه داده EMB این را عمومی تر کنید و از رجیستری استفاده کنید.
head1 بازخورد
پستی لیست
بازخورد کاربر بخشی جدایی ناپذیر از تکامل این ماژول و سایر ماژول های Bioperl است. ارسال
نظرات و پیشنهادات شما ترجیحا به لیست های پستی Bioperl مشارکت شما
بسیار قابل تقدیر است.
[ایمیل محافظت شده] - بحث عمومی
http://bioperl.org/wiki/Mailing_lists - در مورد لیست های پستی
گزارش اشکالات
اشکالات را به سیستم ردیابی اشکال Bioperl گزارش دهید تا به ما در پیگیری اشکالات و آنها کمک کند
وضوح. گزارش اشکال را می توان از طریق وب ارسال کرد:
https://github.com/bioperl/bioperl-live/issues
نویسنده - هیکی Lehvaslaiho
پست الکترونیک:
با استفاده از خدمات onworks.net از bp_flanksp به صورت آنلاین استفاده کنید
