این دستور bp_search2tribep است که می تواند در ارائه دهنده میزبانی رایگان OnWorks با استفاده از یکی از چندین ایستگاه کاری آنلاین رایگان ما مانند Ubuntu Online، Fedora Online، شبیه ساز آنلاین ویندوز یا شبیه ساز آنلاین MAC OS اجرا شود.
برنامه:
نام
bp_search2tribe - گزارش(های) قابل تجزیه SearchIO را به ماتریس TRIBE تبدیل کنید
خلاصه
طریقه استفاده:
bp_search2tribe [-o outputfile] [-f reportformat] [-w/--weight] file1 file2 ..
شرح
این اسکریپت احتمالاً برای استفاده بیشتر افراد بسیار کند است. بهتر است از چیزی استفاده کنید
مانند scripts/searchio/fastam9_to_table، خروجی -m 9 از BLAST، یا blast2table از
کتاب BLAST O'Reilly را برای دریافت خروجی جدولی از این برنامه ها و سپس تغذیه
جدول به MCL با اسکریپت mcxdeblast و گزینه --m9.
این اسکریپت گزارش جستجوی پروتئین (BLASTP، FASTP، SSEARCH) را به Markov تبدیل می‌کند
ماتریس برای خوشه بندی TribeMCL.
گزینه ها عبارتند از:
نام فایل -o - نام فایل خروجی [پیش‌فرض STDOUT]
فرمت -f - قالب نتیجه جستجو (blast، fasta)
(جستجو با فرمت سریع است). پیش فرض انفجار است.
-w یا --weight VALUE - وزن پیش فرض را برای بازدیدهای E(0.0) تغییر دهید
به VALUE (پیش‌فرض=200 (یعنی 1e-200)
-h - این منوی راهنما
علاوه بر این، نام فایل هایی را که می خواهید در خط فرمان پردازش کنید، مشخص کنید. اگر فایلی وجود ندارد
مشخص می شوند و سپس ورودی STDIN فرض می شود. شما این را با انجام: bp_search2tribe مشخص می کنید
file1 file2 file3
از bp_search2tribep به صورت آنلاین با استفاده از خدمات onworks.net استفاده کنید
