cdhit-454 - آنلاین در ابر

برنامه:

نام

cd-hit-454 - توالی ها را به سرعت گروه بندی می کند، بهینه شده برای 454 داده

خلاصه

cdhit-454 [گزینه]

شرح

====== CD-HIT نسخه 4.6 (ساخته شده در 23 ژانویه 2016) ======

گزینه

-i نام فایل ورودی با فرمت fasta، مورد نیاز است

-o نام فایل خروجی، مورد نیاز

-c آستانه هویت توالی، پیش فرض 0.98 این یک "هویت توالی جهانی" است
محاسبه شده به صورت: تعداد اسیدهای آمینه یکسان در تراز تقسیم بر کامل
طول دنباله کوتاهتر + شکاف

-b پهنای باند تراز، پیش‌فرض 10

-M محدودیت حافظه (در مگابایت) برای برنامه، پیش فرض 800. 0 برای نامحدود؛

-T تعداد رشته ها، پیش فرض 1; با 0، تمام CPU ها استفاده خواهند شد

-n word_length، پیش فرض 10، راهنمای کاربر برای انتخاب آن را ببینید

-aL پوشش تراز برای دنباله طولانی تر، پیش فرض 0.0 اگر روی 0.9 تنظیم شود،
تراز باید 90٪ از دنباله را پوشش دهد

-AL کنترل پوشش تراز برای دنباله طولانی تر، پیش فرض 99999999 اگر روی 60 تنظیم شود،
و طول دنباله 400 است، سپس تراز باید >= 340 (400-60) باشد.
مانده ها

-مانند پوشش هم ترازی برای دنباله کوتاه‌تر، 0.0 پیش‌فرض اگر روی 0.9 تنظیم شود
تراز باید 90٪ از دنباله را پوشش دهد

-مانند کنترل پوشش هم ترازی برای دنباله کوتاه‌تر، اگر روی 99999999 تنظیم شود، 60 پیش‌فرض است.
و طول دنباله 400 است، سپس تراز باید >= 340 (400-60) باشد.
مانده ها

-B 1 یا 0، پیش‌فرض 0، به‌طور پیش‌فرض، اگر روی 1 تنظیم شود، توالی‌ها در RAM ذخیره می‌شوند.
بر روی هارد دیسک ذخیره می شوند، توصیه می شود از آن استفاده کنید -B 1 برای پایگاه داده های بزرگ

-g 1 یا 0، پیش فرض 0 توسط الگوریتم پیش فرض cd-hit، یک دنباله در خوشه
اولین خوشه ای که آستانه را برآورده می کند (خوشه سریع). اگر روی 1 تنظیم شود، برنامه این کار را انجام می دهد
آن را در شبیه ترین خوشه ای که آستانه را برآورده می کند (دقیق اما کند) خوشه کنید
حالت) اما 1 یا 0 نمایندگان خوشه های نهایی را تغییر نمی دهد

-D حداکثر اندازه در هر ایندل، پیش فرض 1

-همخوانی داشتن امتیاز منطبق، پیش فرض 2

-عدم تطابق
نمره عدم تطابق، پیش فرض -1

-شکاف نمره باز شدن شکاف، پیش فرض -3

شکاف-ext
امتیاز گسترش شکاف، پیش فرض -1

-بک نوشتن فایل خوشه پشتیبان (1 یا 0، پیش فرض 0)

-h چاپ این راهنما

سوالات، اشکالات، تماس با Weizhong لی در [ایمیل محافظت شده]

اگر cd-hit را مفید می‌دانید، لطفاً ذکر کنید:

"خوشه بندی توالی های بسیار همولوگ برای کاهش اندازه پروتئین بزرگ
پایگاه داده"، ویژونگ لی، لوکاس یاروسفسکی و آدام گودزیک. بیوانفورماتیک، (2001)
17:282-283 "Cd-hit: برنامه ای سریع برای خوشه بندی و مقایسه مجموعه های بزرگ
پروتئین یا توالی های نوکلئوتیدی، ویژونگ لی و آدام گودزیک. بیوانفورماتیک، (2006)
22:1658-1659 "بیفانگ نیو، لیمین فو، شولی سان و ویژونگ لی. مصنوعی و
تکرارهای طبیعی در pyrosequencing خواندن داده های متاژنومی. BMC بیوانفورماتیک
(2010) 11 صبح

با استفاده از خدمات onworks.net از cdhit-454 به صورت آنلاین استفاده کنید