clustalw - آنلاین در ابر

برنامه:

نام

clustalw - تراز چندگانه توالی اسید نوکلئیک و پروتئین

خلاصه

clustalw [-infile] file.ext [OPTIONS]

clustalw [-کمک | کمک کامل]

شرح

Clustal W یک برنامه همسویی چندگانه با هدف کلی برای DNA یا پروتئین ها است.

این برنامه تراز همزمان بسیاری از توالی های نوکلئوتیدی یا اسید آمینه را انجام می دهد. آی تی
به طور معمول به صورت تعاملی اجرا می شود و یک منو و یک راهنمای آنلاین ارائه می دهد. اگر ترجیح می دهید استفاده کنید
آن را در حالت خط فرمان (دسته ای)، باید چندین گزینه ارائه دهید که حداقل آن وجود دارد
-infile.

OPTIONS

داده ها (سکانس ها)
-infile=file.ext
توالی های ورودی

-profile1=file.ext و -profile2=file.ext
نمایه ها (تراز قدیمی)

افعال (انجام دادن چیزها)
-گزینه ها
پارامترهای خط فرمان را فهرست کنید.

-کمک or -بررسی
پارامترهای خط فرمان را مشخص کنید.

کمک کامل
خروجی کامل محتوای کمکی.

-تراز کردن
تراز کامل چندگانه را انجام دهید.

سه
درخت NJ را محاسبه کنید.

-پیم
ماتریس هویت درصد خروجی (در حین محاسبه درخت).

بوت استرپ=n
بوت استرپ درخت NJ (n= تعداد بوت استرپ. دف. = 1000).

-تبدیل
دنباله های ورودی را در قالب فایل متفاوتی خروجی بگیرید.

پارامترهای (تنظیم چیزها)
سوالات عمومی تنظیمات:
-در ارتباط بودن
خط فرمان را بخوانید، سپس منوهای تعاملی معمولی را وارد کنید.

درخت سریع
از الگوریتم FAST برای درخت راهنمای تراز استفاده کنید.

-type=
پروتئین or DNA دنباله ها

-منفی
تراز پروتئین با مقادیر منفی در ماتریس.

-outfile=
نام فایل تراز توالی.

-خروجی=
GCG, درجه, فیلیپ, PIR or NEXUS.

-خروجی=
INPUT or هم راستا

-مورد
پایین تر or بالا (فقط برای خروجی GDE).

-seqnos=
OFF or ON (فقط برای خروجی Clustal).

-seqnos_range=
OFF or ON (جدید: برای همه فرمت های خروجی).

محدوده =m,n
محدوده توالی برای شروع نوشتن m به m+n.

-maxseqlen=n
حداکثر طول توالی ورودی مجاز.

-ساکت
خروجی کنسول را به حداقل برسانید.

-stats=پرونده
ثبت برخی از آمار ترازها به پرونده.

سریع به صورت جفتی ترازها:
-ktuple=n
اندازه کلمه

-topdiags=n
تعداد بهترین دیاگ ها

-پنجره=n
پنجره اطراف بهترین دیاگ ها

-pairgap=n
پنالتی فاصله.

-نمره
صد در صد or مطلق.

آرام به صورت جفتی ترازها:
-pwmatrix=
:ماتریس وزن پروتئین=BLOSUM, PAM, GONNET, ID or نام فایل

-pwdnamatrix=
ماتریس وزن DNA=BLOSUMآی یو بی، BLOSUMCLUSTALW یا BLOSUMنام فایل.

-pwgapopen=f
پنالتی باز کردن فاصله

-pwgapext=f
جریمه افزایش فاصله

چندین ترازها:
-Newtree=
فایل درخت راهنمای جدید.

-usetree=
فایل درخت راهنمای قدیمی.

-ماتریس=
ماتریس وزن پروتئین =BLOSUM, PAM, GONNET, ID or نام فایل.

-dnamatrix=
ماتریس وزن DNA=آی یو بی, CLUSTALW or نام فایل.

-gapopen=f
پنالتی باز کردن فاصله

-gapext=f
جریمه افزایش فاصله

-درگیر می شود
بدون قلم جداکننده شکاف انتهایی.

-gapdist=n
قلم تفکیک شکاف. دامنه.

نوگپ
شکاف های خاص باقیمانده از بین رفته است.

-نوهگپ
شکاف های هیدروفیل از بین می روند.

-hgapresidues=
مواد هیدروفیل را فهرست کنید.

-maxdiv=n
درصد هویت برای تاخیر.

-type=
پروتئین or DNA

-ترنس وزن=f
انتقال وزن.

-تکرار=
NONE or درخت or هم ترازی.

-عدد=n
حداکثر تعداد تکرار برای انجام.

مشخصات ترازها:
-مشخصات
ادغام دو تراز با تراز نمایه.

-newtree1=
فایل درخت راهنمای جدید برای profile1.

-newtree2=
فایل درخت راهنمای جدید برای profile2.

-usetree1=
فایل درخت راهنمای قدیمی برای profile1.

-usetree2=
فایل درخت راهنمای قدیمی برای profile2.

دنباله به مشخصات ترازها:
- توالی ها
به ترتیب توالی های profile2 را به تراز پروفایل1 اضافه کنید.

-Newtree=
فایل درخت راهنمای جدید.

-usetree=
فایل درخت راهنمای قدیمی.

ساختار ترازها:
-nosecstr1
از ماسک جریمه ساختار ثانویه برای نمایه 1 استفاده نکنید.

-nosecstr2
از ماسک جریمه ساختار ثانویه برای نمایه 2 استفاده نکنید.

-secstrout=ساختار or ماسک or هر دو or NONE
خروجی در فایل تراز.

-helixgap=n
جریمه شکاف برای بقایای هسته مارپیچ.

-strandgap=n
جریمه شکاف برای بقایای هسته رشته.

loopgap=n
جریمه شکاف برای مناطق حلقه.

-terminalgap=n
جریمه شکاف برای انتهای سازه.

-helixendin=n
تعداد باقی مانده های داخل مارپیچ که باید به عنوان پایانه در نظر گرفته شوند.

-helixendout=n
تعداد باقی مانده های خارج از مارپیچ که باید به عنوان پایانه در نظر گرفته شوند.

-strandindin=n
تعداد باقی مانده های داخل رشته که باید به عنوان پایانه در نظر گرفته شوند.

-strandendout=n
تعداد باقیمانده های خارج از رشته که باید به عنوان پایانه در نظر گرفته شوند.

درختان:
-outputtree=nj OR فیلیپ OR ناحیه OR رابطه

-seed=n
شماره بذر برای بوت استرپ.

-کیمورا
از تصحیح کیمورا استفاده کنید.

پرتاب ها
موقعیت های دارای شکاف را نادیده بگیرید.

-bootlabels=گره
موقعیت مقادیر بوت استرپ در نمایش درختی.

- خوشه بندی =
NJ یا UPGMA.

از clustalw به صورت آنلاین با استفاده از خدمات onworks.net استفاده کنید