cmcalibrate - آنلاین در ابر

برنامه:

نام

cmcalibrate - برازش دنباله های نمایی برای مدل کوواریانس تعیین ارزش E

خلاصه

cm کالیبره کنید [گزینه ها] فایل cm

شرح

cm کالیبره کنید پارامترهای دنباله نمایی را برای تعیین E-value با تولید تعیین می کند
دنباله های تصادفی، جستجوی آنها با CM و جمع آوری نمرات حاصل
بازدید. یک هیستوگرام از امتیاز بیت های ضربه ها با یک دم نمایی متناسب است، و
پارامترهای دم نصب شده در فایل CM ذخیره می شوند. پارامترهای دم نمایی
سپس برای برآورد اهمیت آماری بازدیدهای یافت شده در استفاده می شود cmsearch و
cmscan.

یک فایل CM باید با آن کالیبره شود cm کالیبره کنید قبل از اینکه بتوان در آن استفاده کرد cmsearch or cmscan،
با یک استثنا: نیازی به کالیبره کردن فایل‌های CM که فقط شامل می‌شوند نیست
مدل هایی با جفت پایه صفر قبل از اجرا cmsearch

cm کالیبره کنید بسیار کند است کالیبره کردن یک اندازه متوسط ​​چند ساعت طول می کشد
CM روی یک CPU. cm کالیبره کنید اگر Infernal روی تمام هسته های موجود به صورت موازی اجرا شود
بر روی سیستمی ساخته شده است که از threading POSIX پشتیبانی می کند (بخش نصب را ببینید
راهنمای کاربر برای اطلاعات بیشتر). استفاده كردن هسته ها تقریباً منجر می شود برابر
شتاب در مقابل یک CPU. MPI (رابط عبور پیام) نیز می تواند مورد استفاده قرار گیرد
موازی سازی با --mpi اگر Infernal با فعال بودن MPI ساخته شده باشد، اما از آن استفاده کند، گزینه ای است
بیش از 161 پردازنده توصیه نمی شود زیرا افزایش بیش از 161 سرعت نمی بخشد
کالیبراسیون برای اطلاعات بیشتر به بخش نصب راهنمای کاربر مراجعه کنید.

La --پیش بینی می توان از گزینه برای تخمین مدت زمان اجرای برنامه برای a استفاده کرد
داده فایل cm روی ماشین فعلی برای پیش بینی زمان اجرا در پردازنده با
MPI، علاوه بر این از -- پیش بینی گزینه.

دنباله های تصادفی جستجو شده در cm کالیبره کنید توسط یک HMM که روی آن آموزش دیده است، تولید می شوند
توالی های ژنومی واقعی با محتویات GC مختلف. هدف داشتن توزیع های GC است
در توالی های تصادفی مشابه توالی های ژنومی واقعی باشد.

چهار دور جستجو و تناسب‌های دنباله‌ای نمایی بعدی انجام می‌شود، هر یک برای
چهار الگوریتم CM مختلف که می توان در آن استفاده کرد cmsearch و cmscan: گلوکال CYK،
glocal Inside، محلی CYK و Local Inside.

پارامترهای E-values ​​تعیین شده توسط cm کالیبره کنید فقط توسط cmsearch و cmscan
برنامه ها. اگر قصد استفاده از این برنامه ها را ندارید، زمان را برای کالیبره کردن تلف نکنید
مدل های شما

OPTIONS

-h کمک؛ یک یادآوری مختصر از استفاده از خط فرمان و گزینه های موجود چاپ کنید.

-L طول کل دنباله های تصادفی را برای جستجو تنظیم کنید مگابایت (Mb). توسط
پیش فرض، is 1.6 مگابایت در حال افزایش است باعث می شود دم نمایی بیشتر جا بیفتد
دقیق و E-ارزش دقیق تر است، اما زمان بیشتری طول می کشد (دوبرابر تقریبا
دوبرابر زمان اجرا). در حال کاهش توصیه نمی شود زیرا باعث می شود
دقت کمتری دارد و E-values ​​دقت کمتری دارد.

OPTIONS برای پیش بینی مورد نیاز TIME و حافظه

--پیش بینی
زمان اجرای کالیبراسیون را پیش بینی کنید فایل cm (با گزینه های ارائه شده) روشن است
ماشین فعلی و خروج کالیبراسیون انجام نمی شود. پیش بینی ها
باید برآوردهای تقریبی در نظر گرفته شود. اگر Multithreading فعال باشد (نگاه کنید به
بخش نصب راهنمای کاربر)، زمان بندی شماره را در نظر می گیرد
از هسته های موجود

-- پیش بینی
با --پیش بینی، آن را مشخص کنید پردازنده ها برای کالیبراسیون استفاده خواهند شد.
این ممکن است برای پیش‌بینی زمان اجرای MPI با استفاده از آن مفید باشد
پردازنده ها

--memreq
مقدار حافظه مورد نیاز برای کالیبراسیون را پیش بینی کنید فایل cm (با ارائه
گزینه ها) در دستگاه فعلی و خروج. کالیبراسیون انجام نمی شود.

OPTIONS کنترل نمایی دم تأیید

--gtailn
دم نمایی را برای glocal Inside و glocal CYK را به بالاترین امتیازات
در دم هیستوگرام، جایی که is برابر تعداد مگابایت جستجو شده در
مقدار پیش فرض 250 است. مقدار 250 انتخاب شد زیرا به خوبی کار می کند
از نظر تجربی نسبت به سایر ارزش ها

--ltailn
مناسب دم نمایی برای داخلی داخلی و محلی CYK به بالاترین امتیازات
در دم هیستوگرام، جایی که is برابر تعداد مگابایت جستجو شده در
مقدار پیش فرض 750 است. مقدار 750 انتخاب شد زیرا به خوبی کار می کند
از نظر تجربی نسبت به سایر ارزش ها

--tailp
نادیده گرفتن --gtailn و --ltailn گزینه های پیشوند و متناسب با دم کسری از
هیستوگرام به دنبال نمایی، برای همه حالت های جستجو.

اختیاری OUTPUT فایل ها

--hfile
هیستوگرام ها را متناسب با فایل ذخیره کنید . فرمت این فایل دو فضایی است
ستون های محدود شده در هر خط ستون اول مقادیر محور x امتیاز بیت است
هر سطل ستون دوم مقادیر محور y تعداد بازدید در هر bin است. هر یک
سری با یک خط با یک کاراکتر "&" مشخص می شود. فایل حاوی خواهد بود
یک سری برای هر یک از چهار دنباله نمایی به ترتیب زیر قرار می گیرد:
glocal CYK، glocal Inside، local CYK، و local Inside.

--sfile
اطلاعات طرح بقا را در فایل ذخیره کنید . فرمت این فایل دو فضایی است
ستون های محدود شده در هر خط ستون اول مقادیر محور x امتیاز بیت است
هر سطل ستون دوم مقادیر محور y کسری از بازدیدهایی است که با یا مطابقت دارند
از امتیاز هر سطل تجاوز کنید. هر سری با یک خط با یک مجرد مشخص می شود
شخصیت "&". این فایل شامل سه سری داده برای هر یک از چهار CM خواهد بود
حالت های جستجو به ترتیب زیر: glocal CYK، glocal Inside، محلی CYK، و
داخلی داخلی سری اول نمودار بقای تجربی از هیستوگرام است
از بازدیدها به دنباله تصادفی. سری دوم دم نمایی مناسب است
توزیع تجربی سری سوم تناسب نمایی دم در صورت لامبدا است
ثابت شدند و به عنوان گزارش طبیعی 2 (0.691314718) تنظیم شدند.

--qqfile
اطلاعات نمودار چندک را در فایل ذخیره کنید . فرمت این فایل می باشد
دو ستون با فاصله در هر خط. ستون اول مقادیر محور x و
ستون دوم مقادیر محور y است. فاصله نقاط از
خط هویت (y=x) معیاری است که نشان می دهد تناسب دنباله نمایی چقدر خوب است
هر چه نقاط به خط هویت نزدیکتر باشند، تناسب بهتری دارند. هر سری است
با یک خط با یک کاراکتر "&" مشخص شده است. فایل شامل یک سری خواهد بود
داده‌های تجربی برای هر یک از چهار دنباله نمایی در زیر مطابقت دارد
ترتیب: glocal CYK، glocal Inside، Local CYK و Local Inside.

-- فایل
صرفه جویی در فضا آمار محدود از دم نمایی مختلف متناسب با فایل .
فایل حاوی مقادیر لامبدا و mu برای دم های نمایی متناسب با آن خواهد بود
دم هیستوگرام در اندازه های مختلف. فیلدهای موجود در فایل دارای برچسب هستند
به صورت اطلاع رسانی

--xfile
فهرستی از امتیازات را در هر دنباله هیستوگرام مناسب در فایل ذخیره کنید . هر خط از
این فایل دارای امتیاز متفاوتی است که نشان می دهد یک ضربه در دم با وجود داشته است
آن نمره هر سری با یک خط با یک کاراکتر "&" مشخص می شود. در
فایل شامل یک سری برای هر یک از چهار دم نمایی متناسب در
ترتیب زیر: glocal CYK، glocal Inside، local CYK، و local Inside.

OTHER OPTIONS

-- دانه
مولد اعداد تصادفی را با ، یک عدد صحیح >= 0. اگر غیر صفر است،
شبیه سازی های تصادفی قابل تکرار خواهند بود. همان فرمان همان را خواهد داد
نتایج. اگر 0 است، مولد اعداد تصادفی به طور دلخواه بذر می شود، و
شبیه‌سازی‌های تصادفی از اجرا به اجرای همان فرمان متفاوت خواهند بود. پیشفرض
دانه 181 است.

--بتا
به طور پیش فرض باند وابسته به پرس و جو (QDB) برای تسریع جستجوی CM استفاده می شود
الگوریتم هایی با احتمال از دست دادن دم بتا 1E-15. این مقدار بتا می تواند باشد
تغییر یافته است به با --بتا . پارامتر بتا مقدار احتمال است
جرم حذف شده در طول محاسبه باند، مقادیر بالاتر بتا باعث افزایش سرعت بیشتر می شود
اما دقت بیشتری را فدای مقادیر پایین تر می کند. مقدار پیش فرض استفاده شده 1E-15 است.
(برای اطلاعات بیشتر در مورد QDB به Nawrocki and Eddy، PLoS Computational Biology مراجعه کنید
3(3): e56.)

-- بدون نوار
QDB را در حین کالیبراسیون E-value خاموش کنید. این کار کالیبراسیون را کند می کند.

--nonull3
مدل اضافی null3 post hoc را خاموش کنید. این توصیه نمی شود مگر اینکه
شما قصد دارید از همین گزینه استفاده کنید cmsearch و / یا cmscan.

--تصادفی
در عوض از مدل تهی پس‌زمینه CM برای تولید دنباله‌های تصادفی استفاده کنید
از HMM واقعی تر. مگر اینکه CM با استفاده از --خالی گزینه ای برای
cmbuild، مدل تهی پس‌زمینه 25% هر A، C، G و U خواهد بود.

--gc
توالی های تصادفی را با استفاده از توزیع نوکلئوتیدی از توالی ایجاد کنید
پرونده .

--cpu
مشخص کنید که از کارگران CPU موازی استفاده شود. اگر به عنوان "0" تنظیم می شود، سپس
برنامه در حالت سریال و بدون استفاده از موضوعات اجرا می شود. شما همچنین می توانید کنترل کنید
این عدد با تنظیم یک متغیر محیطی، INFERNAL_NCPU. این گزینه خواهد بود
فقط در صورتی در دسترس باشد که دستگاهی که Infernal بر روی آن ساخته شده است قادر به استفاده باشد
رشته POSIX (برای اطلاعات بیشتر به بخش نصب راهنمای کاربر مراجعه کنید
اطلاعات)

--mpi به عنوان یک برنامه موازی MPI اجرا شود. این گزینه تنها در صورتی در دسترس خواهد بود که Infernal داشته باشد
با پرچم "--enable-mpi" پیکربندی و ساخته شده است (نصب را ببینید
بخش راهنمای کاربر برای اطلاعات بیشتر).

با استفاده از خدمات onworks.net از cmcalibrate آنلاین استفاده کنید